蔣氏回憶的最后這個(gè)細(xì)節(jié)特別令人難忘，在如此艱危的情形中，蔣介石居然連一箱珠寶也記得清楚并掛然于心，可見他對(duì)這批立足之本的重視程度和考慮的細(xì)致入微。除把約10億美元的黃金和銀元連同蔣經(jīng)國(guó)后來披露的當(dāng)時(shí)不為外人所知的珍寶秘密運(yùn)臺(tái)外，根據(jù)國(guó)民政府訓(xùn)令，科學(xué)教育界能搬遷的人、財(cái)、物盡量搬遷，先以臺(tái)灣大學(xué)為基地，而后慢慢站穩(wěn)腳跟，以達(dá)“求生存、圖發(fā)展”的目的。因臺(tái)灣大學(xué)原校長(zhǎng)莊長(zhǎng)恭履任半年就攜眷悄然向當(dāng)局呈請(qǐng)辭職開溜，國(guó)民政府決定由傅斯年接任臺(tái)大校長(zhǎng)，著力經(jīng)營(yíng)關(guān)乎科學(xué)教育這一立國(guó)之本的重要基地。經(jīng)蔣介石批準(zhǔn)，朱家驊和傅斯年多次晤談，傅勉強(qiáng)表示從命，欲“跳這一個(gè)火坑”。

1948年11月10日晚，國(guó)民政府行政院長(zhǎng)翁文灝以故宮博物院理事長(zhǎng)身份，召集朱家驊、王世杰、杭立武、傅斯年、李濟(jì)、徐森玉等故宮和中博兩院理事在官邸舉行談話會(huì)，決定先把當(dāng)年運(yùn)往倫敦展覽的精品文物500箱運(yùn)往臺(tái)灣，同時(shí)將中央研究院史語(yǔ)所、中央博物院籌備處、中央圖書館等機(jī)構(gòu)的主要文物、圖書一并運(yùn)往臺(tái)灣，并由朱家驊向蔣介石呈報(bào)，爭(zhēng)取海軍派軍艦押運(yùn)。

11月26日，在南京國(guó)民黨中常會(huì)擴(kuò)大會(huì)上，派骨干分子陳立夫等人猛烈攻擊教育部長(zhǎng)朱家驊鎮(zhèn)壓學(xué)潮不力，當(dāng)場(chǎng)要其下臺(tái)。朱氏心力交瘁、吐血病倒，但在胡適、傅斯年等人的強(qiáng)力支持下，仍咬牙苦撐，堅(jiān)不去職。幾天后，朱家驊從病床上爬起來，奉命召開“中央研究院在京人員談話會(huì)”，由總干事薩本棟主持，分別召集在京的七個(gè)研究所負(fù)責(zé)人及相關(guān)人員參加。出席會(huì)議的有傅斯年、李濟(jì)、陶孟和、姜立夫、陳省身、張鈺哲、俞建章、羅宗洛、趙九章等，會(huì)議緊急商定了幾條應(yīng)對(duì)措施：立即停止各所的基建、擴(kuò)建工程，原備木料全部制成木箱以備搬遷之需；各所盡快征詢同人意見，做好遷臺(tái)準(zhǔn)備。眷屬可自行疏散，或于十日內(nèi)遷往上海，可能出國(guó)者盡量助其成；南京地區(qū)文物、圖書、儀器、文卷等先行集中上海，由安全小組封存，伺機(jī)再南運(yùn)臺(tái)灣等。會(huì)議之后，各所組織人員攜公私物資陸續(xù)向上海撤退，“靜觀待變”。

于是，故宮博物院南京分院、中央博物院籌備處、中央圖書館、中央研究院歷史語(yǔ)言研究所、外交部檔案室等五機(jī)關(guān)聯(lián)合組成統(tǒng)一機(jī)構(gòu)，將所藏的珍貴文物、圖書和歷史檔案、外交檔卷等裝箱運(yùn)往臺(tái)灣。本次遷運(yùn)，由教育部次長(zhǎng)、故宮博物院理事會(huì)秘書、中央博物院籌備處主任杭立武全權(quán)指揮。

待一切準(zhǔn)備就緒，由蔣介石特批，海軍司令部派來“中鼎”號(hào)運(yùn)輸艦與一個(gè)排的官兵協(xié)助裝運(yùn)。此時(shí)整個(gè)國(guó)統(tǒng)區(qū)已是人心惶惶，流言四起，慌亂無(wú)計(jì)，紛紛設(shè)法出逃。據(jù)當(dāng)時(shí)參加裝運(yùn)的南京故宮博物院人員那志良回憶說：“海軍部人員聽說有船開往臺(tái)灣，大家攜家?guī)Ь鞄Я诵欣?，趕來搭便船，船上擠滿了人。我們覺得對(duì)文物安全是有問題的，由杭立武先生找來海軍司令桂永清解決這事。他上了船，百般勸慰，說另有船疏散眷屬，他們才相繼下船?！盵5]

此船共裝運(yùn)五家機(jī)構(gòu)運(yùn)來的古物、標(biāo)本、儀器、歷史檔案、外交文書等772箱，由李濟(jì)擔(dān)任押運(yùn)官，全程負(fù)責(zé)運(yùn)輸、裝卸事宜。這時(shí)的李濟(jì)已辭卻中央博物院籌備處主任之職，以故宮博物院理事與史語(yǔ)所考古組主任的身份擔(dān)負(fù)這份重任。在搬遷之前，中共方面已得到消息，急派中共地下黨員、李濟(jì)的一個(gè)學(xué)生出面勸阻，但李并未聽從，并告訴對(duì)方：“保護(hù)這批古物是我的職責(zé)，自盧溝橋事變之后，我已護(hù)送這批珍寶跋涉了大半個(gè)中國(guó)，終得以保全。現(xiàn)在我同樣不能眼看著祖宗留下的國(guó)寶毀于戰(zhàn)火。國(guó)共之戰(zhàn)我管不了，但如果我能保全這批文物而撒手不管，是為不忠不孝，同樣對(duì)不起后世子孫?！盵6]