1949年1月20日，傅斯年正式就任臺(tái)灣大學(xué)校長(zhǎng)。時(shí)臺(tái)大中文系教授黃得時(shí)仰慕傅的聲名，請(qǐng)其寫幾個(gè)字作為留念。尚以齊魯之士自居和自豪的傅斯年，揮毫寫下了“歸骨于田橫之島”短幅相贈(zèng)。[1]眾人見之，頓生凄愴之感，更想不到竟一語(yǔ)成讖。

抵臺(tái)后的傅斯年仍兼任隨遷的“中央研究院”史語(yǔ)所所長(zhǎng)，但主要精力則投入臺(tái)大的興建改革之中。

臺(tái)灣大學(xué)的前身為臺(tái)北帝國(guó)大學(xué)，是日本在中日甲午海戰(zhàn)之后，強(qiáng)占臺(tái)灣并于1928年創(chuàng)建的一所綜合性大學(xué)。1945年抗日戰(zhàn)爭(zhēng)勝利，臺(tái)灣重新回歸中國(guó)。當(dāng)時(shí)國(guó)民政府派中央研究院植物研究所所長(zhǎng)羅宗洛赴臺(tái)接管該校，并改名為“國(guó)立臺(tái)灣大學(xué)”，羅任校長(zhǎng)。此時(shí)的臺(tái)大經(jīng)濟(jì)拮據(jù)，舉步維艱，剛上任的羅宗洛大有亂桿子撲頭——痛中帶暈之感，于是很快掛冠回滬，專任他的植物研究所所長(zhǎng)去了。此后國(guó)民政府又相繼委派中央大學(xué)教授陸志鴻和北平研究院研究員莊長(zhǎng)恭出任臺(tái)大校長(zhǎng)，此二人又都因地方長(zhǎng)官的冷漠和校內(nèi)種種困難而辭職。當(dāng)傅斯年執(zhí)掌臺(tái)大時(shí)，已是抗戰(zhàn)勝利之后第四任校長(zhǎng)，而這個(gè)時(shí)候正是國(guó)民黨大撤退，臺(tái)灣地區(qū)大動(dòng)蕩、大混亂、大失控時(shí)期。學(xué)校內(nèi)部房舍狹小，經(jīng)費(fèi)奇缺，校務(wù)混亂，學(xué)潮迭起。再加上一百多萬從大陸撤退的國(guó)民黨政府軍政人員及家眷蜂擁而至，要求入學(xué)就讀者驟然增加。原在“臺(tái)北帝大”時(shí)代只有幾百人的校舍，根本無法容納狂潮一樣洶涌而來的學(xué)生，一旦權(quán)要顯貴人物的子女親屬有入學(xué)者稍不如愿，高官大員們便憑借手中權(quán)力橫生枝節(jié)，給學(xué)校當(dāng)局制造麻煩甚至災(zāi)難。傅斯年接手后仍是這種令人激憤和無奈的局面。

在“臺(tái)北帝大”時(shí)代，學(xué)生大都是富家子弟，全部走讀，學(xué)校不設(shè)宿舍。傅斯年執(zhí)掌臺(tái)大后，本著“決不讓任何學(xué)生因經(jīng)濟(jì)拮據(jù)而喪失他的學(xué)業(yè)”的辦學(xué)宗旨，不論學(xué)生出身貧富，一律按招考標(biāo)準(zhǔn)予以錄取，從而使貧苦人家的孩子得有入學(xué)就讀的機(jī)會(huì)。經(jīng)此嬗變，出身貧窮且遠(yuǎn)離家鄉(xiāng)的學(xué)生不斷增多，臺(tái)大的師資力量更顯得異常奇缺。盡管在撤離大陸時(shí)，朱家驊、傅斯年對(duì)這一問題有前瞻性考慮和準(zhǔn)備，無奈被“搶救”到臺(tái)灣的學(xué)人實(shí)在太少，著名的教授只有沈剛伯、錢思亮、毛子水、鄭通和、余又蓀、臺(tái)靜農(nóng)、姚從吾、王國(guó)華、東方美、夏德義、李宗侗、英千里、楊樹人、潘貫、薩孟武、杜聰明、彭九生、陳振鐸等三十幾人，顯然無法填補(bǔ)大多數(shù)學(xué)科一流坐椅的空白。所幸的是“中央研究院史語(yǔ)所”大部分人員與數(shù)學(xué)所幾位精英遷往臺(tái)灣，才算把臺(tái)大各院系勉強(qiáng)充實(shí)起來。如史語(yǔ)所抵臺(tái)的李濟(jì)、董作賓、凌純聲、芮逸夫、石璋如、勞榦、高去尋、屈萬里，連同晚一輩的陳槃、王叔岷、嚴(yán)耕望、周法高等年輕學(xué)者，皆應(yīng)聘到該校兼課。因了這些條件，臺(tái)大的師資力量才有所改觀。

當(dāng)然，此時(shí)的傅斯年一直沒有忘記繼續(xù)拉攏大陸學(xué)人赴臺(tái)。據(jù)留在北大的鄧廣銘說：傅氏做了臺(tái)灣大學(xué)校長(zhǎng)，“此后便經(jīng)常以朱家驊的名義給北大鄭天挺先生打電報(bào)，號(hào)召北大教授到臺(tái)灣大學(xué)去任教，有時(shí)也指名道姓，說要某某人去。記得點(diǎn)過張政烺先生的名，也點(diǎn)過我的名。當(dāng)時(shí)鄭先生問我去不去，我說，要論和傅先生的師生關(guān)系，我應(yīng)該響應(yīng)他的號(hào)召，到臺(tái)灣去。不過，傅先生與蔣介石關(guān)系密切，所以跟他去。我與蔣介石沒有什么關(guān)系，不愿跟他到那孤島上去。我還和別人開玩笑說，如今國(guó)民黨的軍隊(duì)是不戰(zhàn)、不和、不守，我的態(tài)度是不死、不降、不走。我沒有做過蔣介石的官，和國(guó)民黨沒任何關(guān)系，用不著為他們盡節(jié)殉死。我和共產(chǎn)黨沒仇恨，我在大學(xué)教書，人民政府是否讓我繼續(xù)教下去，當(dāng)然還很難說，但這并不是一個(gè)投降不投降的問題。我不跟傅先生去，也不跟國(guó)民黨走，決意留在北京大學(xué)”。 [2] 鄧是北大歷史系學(xué)生，與傅斯年的侄子傅樂煥既是同班同學(xué)又是好友，深得傅的賞識(shí)。鄧畢業(yè)后受傅的邀請(qǐng)赴昆明和李莊出任北京大學(xué)文科研究所助教，其間一直受傅的提攜。兩年后，鄧廣銘離開李莊，受傅斯年之薦任復(fù)旦大學(xué)副教授，抗戰(zhàn)勝利后隨傅到北大出任校長(zhǎng)室不掛名的秘書，直到胡適接掌北大仍任此職。再后來轉(zhuǎn)入北大史學(xué)系任副教授、教授，并一度出任過歷史系主任，算是與北大瓜葛較深的一人。