6月6日，天色陰沉，下著小雨。兩名美國聯邦調查局的特工來到錢學森的辦公室。錢學森現在占據了馮·卡門以前位于古根海姆大樓第二層的辦公室。房間很大，辦公桌上擺滿中文雜志。桌子后面是一塊寫滿了數學公式的黑板。兩名特工的來意很簡單：錢學森是不是，或是有沒有加入過共產黨？

聯邦調查局宣稱，20世紀30年代，錢學森在加州理工學院過從甚密的好幾個人都是共產黨員。在威因鮑姆家中舉行的社交聚會，實際上是美國共產黨帕薩迪納支部122教授小組的集會。錢學森的名字出現在一份1938年的黨員名單上，并與一個化名“約翰·德克爾”有關。聯邦調查局特工向錢學森調查了他與美國共產黨和威因鮑姆的關系。

錢學森否認所有“指控”。他不承認自己曾經加入過共產黨。至于他的名字為什么會出現在共產黨的花名冊上，錢學森說，他對此毫不知情。他從來沒有聽說過約翰·德克爾這個名字。

此外，錢學森對聯邦調查局特工表示，他相信威因鮑姆是忠于美國政府的。與錢學森其他的朋友一樣，威因鮑姆或許偶爾會表現出一些左翼傾向，但錢學森并無法確定他們就是共產黨。聯邦調查局的報告稱：“錢學森說，作為一名科學家，他衡量一個人是否忠誠的唯一標準是事實，但對于一個人的忠誠或政治信仰這種無形的東西，事實的標準又不能適用。因此，他拒絕懷疑他的那些朋友。”

但是，美國政府已經對錢學森的忠誠產生了懷疑。錢學森的保密許可證被收回。就在聯邦調查局找錢學森談話的那一天，加州理工學院校方收到了一封來自駐扎在舊金山的美國陸軍第六軍總部的信件。信上說，錢學森不再被允許參與機密軍事項目。對于錢學森來說，這可不是一件小事。按照計劃，他本來要為噴氣推進實驗室和美國航空噴氣發(fā)動機公司擔任顧問，而且經手加州理工學院的保密國防合同?，F在那些都變得不可能了。鑒于噴氣推進實驗室研究項目的90%都屬于保密范疇內，保密許可證幾乎是在這里工作的必要條件。然而，錢學森知道，政府的行動并不會妨礙他的理論研究，這并不需要保密許可證。

加州理工學院的教職員工聽到這條新聞時都感到不敢相信。錢學森，一個共產黨員？在有些人眼里，錢學森可能是他們認識的人中貴族氣最重的了。而且他不是娶了蔣介石軍事顧問的女兒嗎？不可能。在加州理工學院的教授里，錢學森可能是最不像共產黨的人了。

當聯邦調查局的特工離開他的辦公室時，錢學森的直接反應是什么？沒有人知道。但可以想象，他該是多么的震驚。多年以后，他的朋友們記得，在這段時間里，錢學森對成為這樣一條“指控”的對象大惑不解，而且感到被深深地傷害了。這種傷害的程度是如此之深，以至于兩個星期后，錢學森發(fā)表了一個令人震驚的聲明：他將從加州理工學院辭職，返回中國。

當聯邦調查局通過加州理工學院的一位情報員獲知此事時，他們又找上了錢學森。這一次，是電話問訊。錢學森說，他覺得“除此以外，他已別無選擇”。但他同意與聯邦調查局的人再次見面。

6月19日，錢學森向聯邦調查局遞交了一份事先寫好的聲明文件。他說，在過去的10年里，在美國，他一直是一個受歡迎的客人，而他也生活得很好。他相信，這是一種互惠的關系，因為在“二戰(zhàn)”期間，他為美國的科學進步貢獻良多。既然現在這種受歡迎的地位已經不復存在，而懷疑的陰影也在他的頭上盤旋，那么，最紳士的辦法就是離開。

沒人知道為什么錢學森決定在這時候離開。關于他的動機的種種猜測在加州理工學院流傳多年，而他后來的行動也令這個故事更加撲朔迷離。令事情更加復雜的是，在錢學森返回中國后，在許多事情的敘述上，他都改口了?；剡^頭來看，在當時，這種突然決定離開的做法，只有證實了聯邦調查局最初對錢學森的猜疑：他就是一個共產黨，或許還是一個間諜。

必須考慮到，錢學森從一開始就是一個極其驕傲的人，而一連串的成功又助長了他的傲慢，使得他有些時候甚至表現得令人無法忍受。他把剝奪了保密許可證這件事當成一種巨大的侮辱，覺得自己“丟了臉”。

在錢學森突然決定離開的背后，也隱藏著另一個更重要的原因。1949年10月新中國成立后不久，錢學森就開始收到父親錢家治的來信，一封比一封口氣更急迫。錢學森的父親催促他盡快回國，因為自己將接受一個胃部手術。很顯然，他也希望能夠與從未謀面的孫子孫女共享天倫之樂。

在保密許可證被撤銷前，錢學森和朋友們談起過這些來信，表現得深為內疚?！八恢涝撛趺醋?，”他的朋友馬丁·薩默菲爾德回憶道?！翱瓷先?，他深為忠孝不能兩全而苦惱，我認為，他想要留在美國，他想入籍成為美國公民，但是他必須找到安慰父親的辦法?！?

撤銷保密許可證這件事改變了錢學森的看法。他對美國的忠誠開始動搖，并且開始懷疑，專注于工作是否令他忽略了身為人子的責任。或許現在正是一個返回中國并待上一段時間的良機也未可知。

或許在那個時候，錢學森最需要的是來自他所信任的導師馮·卡門的撫慰和建議。然而，出任美國政府科學顧問的馮·卡門當時正好在巴黎出差。