一開始，錢學(xué)森對驅(qū)逐令的上訴并不成功。1952年2月，美國移民局的官員駁回了格蘭特·庫珀的上訴，否認主持聽證會的官員因不恰當(dāng)?shù)厥褂米C據(jù)而作出驅(qū)逐錢學(xué)森的決定。他們認為，錢學(xué)森在20世紀(jì)30年代的所作所為均顯示他確為一名共產(chǎn)黨。在他們看來，無論如何，錢學(xué)森曾試圖帶著可能威脅美國安全的文件離開美國，而在接受關(guān)于這些科學(xué)文件的用途的質(zhì)詢時，表現(xiàn)得含糊其辭。更重要的是，移民局還表示，盡管錢學(xué)森說他并不一定永遠留在中國，但他卻沒有申請重新入境許可證，這會讓他根本回不了美國。

李·杜布里奇對這一決定怒不可遏。1952年2月25日，他寫信給格蘭特·庫珀說：“這個決定不是基于當(dāng)且僅當(dāng)一個人的罪行無可置疑時才推定他為有罪的原則，而是認為，只要有理由對一個人的清白產(chǎn)生懷疑，就可以認定這個人有罪。”他希望庫珀繼續(xù)上訴，并強調(diào)錢學(xué)森所攜帶的那些所謂保密文件實際上毫無秘密可言。3月6日，庫珀托人傳話給杜布里奇，告訴他自己已經(jīng)再度向移民局提起上訴，如果這次上訴再被駁回，庫珀將寫信給總檢察長。他已經(jīng)作好了在1952年5月在華盛頓為錢學(xué)森的案子戰(zhàn)斗到底的準(zhǔn)備。

然而，這些努力最后均以失敗告終。1952年11月，錢學(xué)森的最后一次上訴被駁回。庫珀警告錢學(xué)森說，接下來的一年里他可能隨時被捕入獄。與此同時，杜布里奇寫信給助理總檢察長斯坦利·巴恩斯，請求他推薦在司法部工作、可能對錢學(xué)森施以援手的人。杜布里奇表示，他愿意前往華盛頓，與這些人親自會面。他寫道：“我個人堅信，錢學(xué)森永遠會忠實地為美國服務(wù)。對他的種種不公正待遇會令美國失去一個天賦異稟的科學(xué)家所貢獻的無價的科學(xué)服務(wù)?！?

杜布里奇從巴恩斯那里得到的回復(fù)并不鼓舞人心。巴恩斯回信說，他已經(jīng)和移民局的特派員阿蓋爾·麥基確認過了，后者告訴他，錢學(xué)森已經(jīng)窮盡了所有可能的法律救援方法。杜布里奇還輾轉(zhuǎn)獲悉，因為對整個情勢越來越憤懣失望，錢學(xué)森已經(jīng)不太可能繼續(xù)與美國政府抗?fàn)幜恕Ｔ谶@時候，加州理工學(xué)院的其他人也準(zhǔn)備索性放棄斗爭。

由于別無選擇，錢學(xué)森只好繼續(xù)工作和教學(xué)，以此保持智力上的活躍。他靜待接下來的事情發(fā)生，不管那將是什么樣的事情，也不管將會在何時發(fā)生。他轉(zhuǎn)換了研究領(lǐng)域，轉(zhuǎn)為開展博弈論和經(jīng)濟行為的研究。1954年，錢學(xué)森出版了《工程控制論》（Engineering Cybernetics），一本關(guān)于通訊和控制系統(tǒng)的教科書。這本書一問世便大受歡迎。

幾年后，麻省理工學(xué)院教授、知名控制論專家華萊士·范德·維爾德（Wallace Vander Velde）用“非同凡響”和“那個時代的卓越成就”來描述這本書。

錢學(xué)森的精神能量繼續(xù)釋放著炫目的智慧火花。有一次，當(dāng)錢學(xué)森在黑板上演算一個很長的推理證明時，一位學(xué)生打斷了他，向他請教與此無關(guān)的另一個難題。錢學(xué)森開始時沒有理睬那名學(xué)生，繼續(xù)在黑板上書寫等式，直到寫滿了整整4塊10英尺長4英尺高的黑板?！八尤荒馨涯敲炊鄸|西都記在腦子里，這真了不起，”弗雷德里克·哈特維?；貞浀溃骸暗钱?dāng)他轉(zhuǎn)過身來，隨即給出那個學(xué)生剛剛問起的那個難題的答案時，我們?nèi)寂宸梦弩w投地。他是怎樣做到一邊大寫板書，一邊同時解決兩個難題的呢？我永遠都想不明白?！?

奇怪的是，盡管身處困境，錢學(xué)森此時卻成了一個溫和得多的老師——或許這正是困境使然。在此期間，在一些學(xué)生的記憶里，當(dāng)學(xué)生在工作時間向他請教問題時，錢學(xué)森永遠都是那么謙遜有禮，有求必應(yīng)?！拔蚁矚g和他談話，”第一個拿到錢學(xué)森負責(zé)的古根海姆獎學(xué)金、同時也是錢學(xué)森門下第一個從加州理工學(xué)院拿到博士學(xué)位的學(xué)生羅伯特·梅格萊布里安（Robert Meghreblian）回憶道，“有時候我只不過是跑到他的辦公室里去問聲好。我坐在窗臺上，錢學(xué)森在屋子里來回踱步，和我討論不同的話題。我發(fā)現(xiàn)他感情極其豐富，而且與我趣味相投。我把他當(dāng)朋友看待?！泵犯袢R布里安承認，錢學(xué)森在麻省理工學(xué)院的時候或許是個糟糕的教師，但當(dāng)他回到加州理工學(xué)院之后，“顯然他已經(jīng)改變了許多”。

有時候，除了直接把答案告訴給學(xué)生，錢學(xué)森還會問他們一些關(guān)鍵性的問題，讓他們了解到還需要進一步關(guān)注的一些事項，從而促使他們走上正確的方向。錢學(xué)森甚至改變了有些學(xué)生的一生。他曾替一位非常有潛力的碩士研究生卡爾·霍姆奎斯特申請到了海軍的許可，讓他可以順利完成自己的博士論文，進而最終實現(xiàn)其夢想——1970年，霍姆奎斯特成為美國海軍研究部門的主管。

然而，年復(fù)一年，隨著局勢未能得到任何緩解，錢學(xué)森開始從加州理工學(xué)院的社交圈子中淡出。一些教授開始躲著錢學(xué)森，因為擔(dān)心如果和他走得太近，自己也會成為被調(diào)查的對象。他的一名學(xué)生優(yōu)素?！ぜs勒觀察到，錢學(xué)森表現(xiàn)得越來越?jīng)]有耐心，越來越容易生氣，他因此換了一位加州理工學(xué)院教授來擔(dān)任自己的論文指導(dǎo)老師。到1954年的時候，錢學(xué)森看起來比以往任何時候都更孤僻和情緒化。人們對他的擔(dān)心與日俱增?！八雌饋砭Ａ?，不堪重負，”加州理工學(xué)院校友富蘭克林·迪德里?；貞浀?，“我不知道他和政府之間發(fā)生的那些事，還以為他是病了呢?！?/p>