1906年冬，即中國(guó)同盟會(huì)在日本東京成立的第二年，同盟會(huì)召集干事會(huì)編纂“革命方略”，并討論中華民國(guó)國(guó)旗的樣式問(wèn)題，孫中山主張繼續(xù)沿用興中會(huì)的青天白日旗，其理由為該旗為陸?zhàn)〇|所發(fā)明，興中會(huì)諸先烈及惠州革命軍將士先后為此旗留血，不可不留作紀(jì)念。其他同盟會(huì)員也提出他幾種方案，有的提議采用五色，以順延中國(guó)歷史上的習(xí)慣；有的提議用十八星，以代表當(dāng)時(shí)中國(guó)的十八行??；有的提議用金瓜鉞斧，以發(fā)揚(yáng)漢族精神；有的提議用井字，以表示井田之義。

黃興對(duì)于青天白日，頗持異議，一來(lái)因?yàn)闃邮讲⒉幻溃僬咴撈炫c日本太陽(yáng)旗相近。但是孫中山爭(zhēng)之甚力，并且在原來(lái)的方案上增加了紅色，改作紅藍(lán)白三色，以符世界上自由平等博愛(ài)的真義。但因意見(jiàn)分歧太大，到最后也沒(méi)有解決，后來(lái)經(jīng)過(guò)章太炎、劉揆一得設(shè)法調(diào)解，才算是暫時(shí)擱置了爭(zhēng)議。于是各種方案均由庶務(wù)干事劉揆一保存，這件事情就成了懸案。但正因?yàn)閼野肝礇Q，到了辛亥革命，各省革命黨人按照自己團(tuán)體的意愿，各樹(shù)一幟，一時(shí)間出現(xiàn)十八星旗、五色旗、井字旗、青天白日旗紛然并起的局面。

后來(lái)1907年的潮州黃岡起義、惠州七女湖起義、欽州防城起義、廣西鎮(zhèn)南關(guān)起義；1908年的欽州馬篤山起義、云南河口起義；1910年的廣州起義；1911年廣州諸役，革命黨軍都用青天白日滿(mǎn)地紅之三色旗為革命旗幟。

后來(lái)辛亥革命發(fā)生，武昌新軍所用的是共進(jìn)會(huì)制作的十八黃星旗，并非青天白日旗。馮自由當(dāng)時(shí)任舊金山《大同日?qǐng)?bào)》主筆，特意撰文揭示中華民國(guó)國(guó)旗的歷史沿革，并對(duì)紅藍(lán)白三色的意義作了說(shuō)明：“紅者血之色，言必流血而自由可求也；青者天空之色，即公正之義，言公正即平等也；白者清潔之色，言人心清潔乃能博愛(ài)也。”此文后來(lái)被上?！睹窳ⅰ贰短扈I》兩份報(bào)紙及商務(wù)印書(shū)館所印行的革命小冊(cè)子先后轉(zhuǎn)載。