1906年冬，即中國同盟會在日本東京成立的第二年，同盟會召集干事會編纂“革命方略”，并討論中華民國國旗的樣式問題，孫中山主張繼續(xù)沿用興中會的青天白日旗，其理由為該旗為陸?zhàn)〇|所發(fā)明，興中會諸先烈及惠州革命軍將士先后為此旗留血，不可不留作紀念。其他同盟會員也提出他幾種方案，有的提議采用五色，以順延中國歷史上的習慣；有的提議用十八星，以代表當時中國的十八行省；有的提議用金瓜鉞斧，以發(fā)揚漢族精神；有的提議用井字，以表示井田之義。

黃興對于青天白日，頗持異議，一來因為樣式并不美，再者該旗與日本太陽旗相近。但是孫中山爭之甚力，并且在原來的方案上增加了紅色，改作紅藍白三色，以符世界上自由平等博愛的真義。但因意見分歧太大，到最后也沒有解決，后來經(jīng)過章太炎、劉揆一得設法調(diào)解，才算是暫時擱置了爭議。于是各種方案均由庶務干事劉揆一保存，這件事情就成了懸案。但正因為懸案未決，到了辛亥革命，各省革命黨人按照自己團體的意愿，各樹一幟，一時間出現(xiàn)十八星旗、五色旗、井字旗、青天白日旗紛然并起的局面。

后來1907年的潮州黃岡起義、惠州七女湖起義、欽州防城起義、廣西鎮(zhèn)南關(guān)起義；1908年的欽州馬篤山起義、云南河口起義；1910年的廣州起義；1911年廣州諸役，革命黨軍都用青天白日滿地紅之三色旗為革命旗幟。

后來辛亥革命發(fā)生，武昌新軍所用的是共進會制作的十八黃星旗，并非青天白日旗。馮自由當時任舊金山《大同日報》主筆，特意撰文揭示中華民國國旗的歷史沿革，并對紅藍白三色的意義作了說明：“紅者血之色，言必流血而自由可求也；青者天空之色，即公正之義，言公正即平等也；白者清潔之色，言人心清潔乃能博愛也?！贝宋暮髞肀簧虾！睹窳ⅰ贰短扈I》兩份報紙及商務印書館所印行的革命小冊子先后轉(zhuǎn)載。