在這樣的情況下，以前用來作為進攻的橋頭堡的九邊重鎮(zhèn)就從戰(zhàn)略前線轉變成了防御的邊疆。而在這種強化防守的大方針下，顯得最為重要、最為緊迫的當屬離北京最近的幾個重鎮(zhèn)了。而在離北京較近的幾個重鎮(zhèn)中，又以薊門最為突出。它是北京的北大門，要想牢牢地守住薊門，就必須由遼東、宣府、薊州三州統(tǒng)一行動加強協(xié)調，形成堅固的防線，并借助山勢有力地阻擊北邊敵人的進攻。

為此，戚繼光提出建筑敵臺的動議，也就是修復長城。其實，大多數明長城正是這個時候建造的。這項工程由于花費太大，遭到許多人的反對，但卻得到張居正的鼎力支持。他認為這是設險阻、守要塞的最佳策略，立即予以批復。他還寫信給譚綸，一再表明建筑敵臺，設防固守，實行以防御為主的戰(zhàn)略主張。經過兩年多的施工，從山海關西到鎮(zhèn)邊（今昌平）的兩千里防線上，修筑敵臺一千余座，敵臺下駐軍屯田，遇有敵情，以烽火為號，群起抗擊。同時，又對原有的長城進行整修，加高、加厚城墻，沿線植樹設險。西自嘉峪關，東至山海關，綿延萬里，有效地阻止了蒙古舊部的南下。但最終，清軍就是通過這條森嚴而又充滿艱難險阻的防線突然進入北京的。面對如此遺憾的歷史結果，只能說張居正是一個務實的行政高手，但卻并不是一個高明的戰(zhàn)略家。

出身軍人世家的張居正，深知強兵之道在于訓練。鑒于軍隊的組織紊亂，軍紀松懈，他大力支持戚繼光展開整軍練兵活動，將薊鎮(zhèn)防區(qū)分設十二路，根據薊州的地理環(huán)境與作戰(zhàn)的特點，建置車營七座，并配以騎兵、步兵進行混合訓練，以積累不同兵種協(xié)同作戰(zhàn)的經驗。

但是，張居正作為一個南方大臣又要使用南方的將領，好多北方的士兵有些不滿，不好好訓練。為了鼓舞士氣，激勵北方士兵，張居正又派遣杭嘉參將胡守仁調來三千浙江士兵到薊鎮(zhèn)進行示范。這些浙江士兵剛到薊門，才排好隊準備訓練，恰好下起了傾盆大雨，他們從早到晚，任憑風吹雨打，“植立不動”，“北軍見之大驚失色，無不折服”，北方的士兵這才信服了，開始遵守軍紀嚴格訓練。隆慶二年（1568年），明軍與蒙古朵頤部初次交手，大敗酋長董狐貍，一時軍威大振。

與此同時，張居正又在京城整頓軍營，訓練士兵，糾正驕惰之風。為了進一步鼓足全軍士氣，張居正準備策動皇帝舉行一次大閱兵。要說動懶惰成性的皇帝舉行閱兵典禮已屬不易，卻又遭到南京刑科給事中駱問禮的激烈反對，認為練兵不是當今的急務，不必驚動圣駕，這使得閱兵一事幾乎擱淺。張居正并不氣餒，再次上疏陳述，認為如今舉國上下軍備懈怠，如果皇帝不親自出面，不足以激勵將士，揚我軍威。經過反復力爭，終于得到皇帝的同意，于隆慶三年（1569年）在京師北郊舉行了軍事大演習，規(guī)模之壯闊，軍容之威武，為歷年所未有的盛況，有力地激勵了士氣、鼓舞了民心。

憑借敵臺天險和提高戰(zhàn)斗力的訓練，明軍在北方邊境建立了一條堅固的防線。這是自明中葉以后，百年來中國人孜孜以求的盛事，在隆慶年間初步得到實現。而這一切無不歸功于主持這項事務的張居正，沒有他勇于力排眾議，舉薦任用在抗倭戰(zhàn)斗中成長起來的戚繼光等著名武將，并根據具體形勢的轉變及時改變戰(zhàn)略重心，將明朝以攻為守的戰(zhàn)略策略轉變?yōu)橐允貫橹鞯呐e措，這些都是不可能的，明朝也就可能會更早地走完其歷程。