在積累了雄厚的資本之后，人類又開始每年以數(shù)十億計(jì)的資金給東江還債。為確保供應(yīng)港澳充足的水量和良好的水質(zhì)，早在1995年，廣東省政府就成立了東深水質(zhì)保護(hù)領(lǐng)導(dǎo)小組，負(fù)責(zé)對(duì)供水工程水質(zhì)保護(hù)的協(xié)調(diào)工作，還專門成立了東深水質(zhì)保護(hù)監(jiān)理站，負(fù)責(zé)東深水質(zhì)保護(hù)的監(jiān)督、檢查和協(xié)調(diào)工作。近年來，廣東省先后在東江流域建設(shè)新豐江、楓樹壩和白盆珠等一系列水量調(diào)節(jié)樞紐工程，并對(duì)其實(shí)施以防洪與供水為主的調(diào)度運(yùn)行方式，實(shí)現(xiàn)了東江水量的多年調(diào)節(jié)，保證供香港的水量需求。為了嚴(yán)格控制水污染，廣東省一直在加強(qiáng)東江流域建設(shè)項(xiàng)目的嚴(yán)格管理。但石馬河依然是東江流域一條久治不愈的污水河。

除了石馬河的污染，還有東江中上游的河源近年來愈演愈烈的生態(tài)危機(jī)。東江從河源市穿境而過，長達(dá)250余公里，一條東江，河源差不多占了總長度的一半。東江水質(zhì)如何，東莞、惠州、廣州、深圳和香港2000多萬名居民飲用水的水質(zhì)如何，一大半要看河源的水質(zhì)如何。河源必須作出犧牲，他們?cè)诠I(yè)、旅游業(yè)上均受到嚴(yán)格的限制，這也讓河源市成了東江流域和珠三角地區(qū)一個(gè)經(jīng)濟(jì)滯后的縣級(jí)市，尤其是新豐江水庫四周的河源居民，為了保護(hù)東江水資源，他們只能作出犧牲，只能眼看著別人開工廠、搞旅游，他們卻什么也不能干。至今，這里還有20多萬人生活于貧窮線以下。這在沿海地區(qū)似乎是不可思議的。發(fā)展是硬道理。發(fā)展對(duì)于這些生活在貧窮線以下的老百姓也同樣是硬道理。他們的活路到底在哪里？自2006年以來，他們終于找到了一棵搖錢樹——突然開始大量種植作為經(jīng)濟(jì)用材的尾葉桉。大片野生的、原生態(tài)的森林被人類的植樹造林所取代。這些善良、憨厚的老鄉(xiāng)們并不覺得他們?cè)跉缡裁础Ｊ聦?shí)上，很多中國的老百姓到現(xiàn)在還不是十分清楚，這樣大面積種植某種單一的樹種可能帶來的災(zāi)難性后果，他們覺得他們還在植樹造林，就是天經(jīng)地義合情合理的了。他們并不覺得他們?cè)跉缡裁础６潭處啄?，東江中上游河源一帶的原生態(tài)森林就這樣被毀掉了，很多不能作為經(jīng)濟(jì)用材的野生雜樹大都被連根鏟除，只有漫山遍野的桉樹在瘋狂地生長、蔓延，大量物種正在滅絕或已經(jīng)滅絕。這是比工業(yè)、旅游業(yè)更具殺傷力的生態(tài)大破壞。有人預(yù)測(cè)，如果沒有一種力量來阻擋這種單一物種的瘋長，過不了多久，東江水源很可能遭遇斷流的滅頂之災(zāi)。