與此同時(shí)，朝鮮東學(xué)道起義規(guī)模越來(lái)越大，前往鎮(zhèn)壓的朝鮮官軍一敗涂地。5月31日起義軍攻占重鎮(zhèn)全州，朝鮮舉國(guó)震動(dòng)。在中國(guó)駐朝特使袁世凱的積極主張下，6月3日，朝鮮政府正式請(qǐng)求清廷派兵幫助戡亂。光緒皇帝認(rèn)為代屬國(guó)平亂是宗主國(guó)義不容辭的責(zé)任，5日，諭令北洋大臣李鴻章派軍隊(duì)入朝。日本等待多時(shí)的良機(jī)就此到來(lái)。

以直隸提督葉志超、太原鎮(zhèn)總兵聶士成率領(lǐng)，原駐防在直隸（主要包括今天天津以及河北大部）周邊的山海關(guān)、古北口、蘆臺(tái)、正定等地的淮軍計(jì)2465人陸續(xù)渡海，在朝鮮牙山灣登陸。聽(tīng)聞中國(guó)軍隊(duì)就要到來(lái)，加上夏收農(nóng)忙季節(jié)臨近，東學(xué)道很快就退出全州，偃旗息鼓。初到朝鮮的中國(guó)軍隊(duì)，失去了對(duì)手，整天忙于憐恤孤苦，很有一番天朝上國(guó)天兵降臨的做派，然而更大的變局就此開(kāi)始。

就在中國(guó)軍隊(duì)?wèi)?yīng)邀進(jìn)入朝鮮幾天后，6月9日深夜由420人組成的日本先頭軍隊(duì)在朝鮮仁川港登陸，不請(qǐng)自來(lái)，而且直接進(jìn)據(jù)朝鮮京城漢城。緊接著，至16日，日本第五師團(tuán)第九旅團(tuán)長(zhǎng)大島義昌少將率領(lǐng)的7000余人混成旅團(tuán)全部到達(dá)朝鮮，并迅速占領(lǐng)漢城周邊的所有要地以及仁川港，日本海軍也以優(yōu)勢(shì)力量的艦只駐泊朝鮮，中日兩國(guó)在朝鮮的兵力對(duì)比出現(xiàn)嚴(yán)重失衡。

至于突然出兵朝鮮的理由，日本曲解《天津條約》中“將來(lái)朝鮮國(guó)如有重大變亂事件，中、日兩國(guó)或一國(guó)要出兵，應(yīng)先互行文知照”的條文，稱該條款賦予了日本同等的出兵權(quán)，日本派兵進(jìn)入朝鮮是為了保護(hù)使館和僑民的安全。在親日派領(lǐng)袖金玉均被凌遲示眾后不久，日本軍隊(duì)突然大兵臨境，引起中朝政府極度不安，立刻與日本展開(kāi)旨在使中日兩國(guó)同時(shí)從朝鮮撤兵的談判。

突然出兵，成功邁出爭(zhēng)奪東亞戰(zhàn)略要地第一步后，日本政府顯然不會(huì)就此收手。應(yīng)對(duì)中國(guó)提出的撤兵方案，日本反將一軍，稱朝鮮內(nèi)政腐敗，亂局未定，“若不從根本上改革其弊政，就絕不可能求得永遠(yuǎn)的安寧。目下若只采取各種姑息的辦法，以彌縫一時(shí)，那我國(guó)政府在領(lǐng)土接近的鄰邦情誼上，實(shí)在一天也不能安心。帝國(guó)政府非至真正獲得此種安全，不論發(fā)生如何情況，也不能撤退目前駐在朝鮮的軍隊(duì)?！盵9]隨之日本拋出一個(gè)中、日兩國(guó)聯(lián)合改革朝鮮內(nèi)政的議案，按照這一方案，只要朝鮮內(nèi)政改革一天不成功，日本就將繼續(xù)在朝鮮駐軍，這種近似蠻橫無(wú)理的要求無(wú)非就是為了霸占這塊東亞大陸橋頭堡。

面對(duì)日本的訛詐，清政府在外交談判中并不讓步，但沒(méi)有估計(jì)到事態(tài)的嚴(yán)重程度，再加上清廷內(nèi)部意見(jiàn)存在分歧，導(dǎo)致決策步步滯后。對(duì)駐扎在朝鮮已經(jīng)處于弱勢(shì)的清軍，清政府既不增援以制衡日軍，又不果斷下令單方面撤軍，陷日本于外交被動(dòng)，反而抱著傳統(tǒng)的宗藩關(guān)系不放，與虎謀皮，幻想以此說(shuō)服日本，并寄極大希望于西方列強(qiáng)的從中調(diào)停。