石美瑜無法回答聽眾席上眾人的責問，當即宣布退庭，與律師等人躲進庭長室。憤怒的記者們不顧憲兵的阻攔，擁進庭長室，紛紛向法庭提出抗議。然而事已定局，記者們的抗議只是徒勞。

岡村寧次事先曾聽傳言，國民黨軍方以外有不少人主張判處無期徒刑，石美瑜曾擬判有期徒刑七年，他思想上已有服刑的準備，不料結果竟判無罪，令他深感意外。他要求向庭長致謝，但被拒絕會見。

這時，一位法庭副官對他低語：

“哎，先生還是乘此混亂之際，從后門走脫為妙?！?

岡村寧次這才恍然大悟，急忙與陪他來法庭的松岡從后門溜出，徒步返回寓所。

28日傍晚，軍事法庭一位副官來到岡村寧次“保外就醫(yī)”的寓所，通知他于次日早晨6時30分之前到戰(zhàn)犯監(jiān)獄集合，與獄中的戰(zhàn)犯同乘美國輪船回國。

原來，國民黨政府為使岡村寧次能搭乘美輪回國，特提前宣判。

30日上午10時，美輪從上海吳淞港起航。船駛出中國領海之后。東京廣播電臺就報道：

“在華全體日本戰(zhàn)犯正在返回日本途中?！?

與此同時，中國國內因岡村寧次被軍事法庭宣判無罪一事陡起風波。延安中共新華社發(fā)表文章，向國民黨政府提出抗議，遣責對岡村寧次的判決。并要求引渡岡村，以此作為維持國內和平的條件之一。

當時蔣介石已宣布下野。李宗仁代總統(tǒng)為爭取和平，下令重新逮捕岡村寧次。但上海警備司令湯恩伯卻將命令押壓不發(fā)。軍事法庭庭長石美瑜考慮自己對此事負有直接責任，乘飛機到南京請示對策。李宗仁得知岡村寧次已乘船回國，便命令國民黨駐日本代表團團長商震待船到日本后，將岡村寧次重新扣押。商震接到命令，前往駐日盟軍總司令部提出重新逮捕岡村的要求，被美軍方面拒絕。

當天中午，盟軍總司令麥克阿瑟命令厚生省打破嚴禁懸掛日本國旗的禁令，破例在日本東京國立醫(yī)院懸掛國旗，向岡村寧次表示慰勞，并派肯尼中校前往醫(yī)院慰問岡村寧次。

盟軍最高統(tǒng)帥與國民黨政府對岡村寧次施以如此特殊優(yōu)厚的待遇，令岡村本人大惑不解。直到翌年，蔣介石聘他為臺灣“革命實踐研究院”高級教官后，他才明白蔣公諸人的用心。