章太炎憤怒之下，發(fā)表《偽民報檢舉狀》，而陶成章也作《布告同志書》一冊，兩人合力痛斥孫中山“乾沒巨款”、“借革命為新騙術(shù)”，“直言孫文種種之非”；最后，他們干脆公然與同盟會分裂并在東京恢復(fù)了光復(fù)會的名號。在一邊看熱鬧的?；逝蓚兇髽罚布娂姶笫鹿脑?，借以打擊革命氣焰。作為反擊，革命黨則將章太炎致劉師培賣身求助的信函加以公布。原來，章太炎在想去印度當和尚期間，苦于缺乏經(jīng)費，便向已投靠兩江總督端方的革命前友劉師培寫信，提請端方資助，但事未辦成反遭革命黨登報譏諷，于是章太炎與革命陣營也就愈走愈遠。

清帝退位后，革命大功告成，章太炎公開聲稱“革命軍起，革命黨消”，要求將原來秘密的革命黨組織改為合法組織，開展公開的政治活動。1912年后，在“革命黨消”的呼聲中，一場熱火朝天的組黨運動也開始在全國各大城市相繼上演，并在1913年國會選舉前形成高潮。

作為當時的風(fēng)頭人物，章太炎成為了民初組黨運動的急先鋒。1912年1月3日，章太炎聯(lián)合江蘇都督程德全成立了中華民國聯(lián)合會，章太炎自任會長，程德全為副，原清末立憲派中的名流張謇、熊希齡、唐文治等人都成為了會中骨干。不久，章太炎的同道、光復(fù)會領(lǐng)袖陶成章被陳其美派人刺死，章太炎將中華民國聯(lián)合會改組為統(tǒng)一黨，并更加激烈地指責(zé)和斥罵同盟會。在他看來，同盟會是一個有嚴重暴力傾向的組織，這些人置國家利益與民族大義于不顧，在和議已成的情況下還想繼續(xù)搗亂（革命），倘若這些人僥幸獲得了國家政權(quán)，必定要排斥異己，血流成河，搞一黨專制無疑。

章太炎甚至在自己的談話和通信中直言不諱地指出，他另搞其他政黨就是針對同盟會的，而這一時期他指責(zé)孫中山乃至公開謾罵黃興、陳其美等人是“土匪”，也幾乎是家常便飯、張口就來。在“漢冶萍借款”、“遷都”、“善后大借款”等問題上，章太炎處處與孫中山等人為難。對于章太炎的倒戈反向，同盟會的人也憤而反擊，他們在報紙上大罵章太炎是個“瘋子”，并放出流言說章太炎要拿槍打國務(wù)總理唐紹儀，他才具有嚴重的暴力傾向。

說到“瘋”字，章太炎確實有間歇性的癲癇癥狀，但被人稱為“章瘋子”，則是因為其生平喜歡特立獨行，好做驚人之語。對于這個綽號，章太炎非但不以為忤，反希望他的同志朋友都能帶點神經(jīng)病。他曾在東京發(fā)表演說：“大凡非常的議論，不是神經(jīng)病的人斷不能想，就能想亦不能說，遇著艱難困苦的時候，不是精神病的人斷不能百折不回，孤行己意。所以古來有大學(xué)問成大事業(yè)的，必得有神經(jīng)病，才能做到。為這緣故，兄弟承認自己有精神病，也愿諸位同志人人個個都有一兩分精神病。近來傳說某某有精神病，某某也有精神病，兄弟看來，不怕有精神病，只怕富貴利祿當面出現(xiàn)的時候，那精神病立刻好了，這才是要不得呢！”

《宋書?袁粲傳》中說：“昔有一國，國中一水，號曰‘狂泉’。國人飲此水，無不狂；唯國君穿井而汲，獨得無恙。國人既并狂，反謂國王之不狂為狂。于是聚謀，共執(zhí)國主，療其狂疾，火艾針藥，莫不畢具。國主不任其苦，于是到泉所，酌水飲之，飲畢便狂。君臣大小，其狂若一，眾乃歡然?！闭f的大概就是這個意思。

魯迅也曾在他的文章中回憶說，民國元年，章太炎先生在京期間好發(fā)議論，而且毫無顧忌地褒貶他人，常常被貶的一群人便給他起了個綽號，曰“章瘋子”，其人即是瘋子，議論當然是瘋話，是沒有價值的人。但每有言論，也仍在他們的報章上發(fā)表，不過題目特別，道“章瘋子大發(fā)其瘋”。有一回，他可是罵到他們的反對黨頭上去了，第二天報上報道時，那題目卻成了：“章瘋子居然不瘋！”

章太炎的“瘋”，還影響到他的婚姻。章太炎早年曾發(fā)過癲癇病，加上滿嘴的反動言論，當?shù)厝藷o人敢將女兒嫁給他，沒辦法，他母親只好將自己的陪嫁丫頭王氏許配給了他。這種婚姻，按當時習(xí)俗不能算正式婚儀而只能算“納妾”，王氏為章太炎生了三個子女后在1903年不幸去世。在之后的十年間，章太炎為革命而奔波流亡，一直未娶。