這時(shí)袁世凱加緊推行南北議和。他一方面用民軍壓清朝皇室，迫使宣統(tǒng)退位；一方面又以北洋新軍壓民國(guó)政府。民國(guó)政府內(nèi)部混進(jìn)了許多立憲黨人和清朝政府官員，這些人為了升官發(fā)財(cái)，鬧著要孫中山交出總統(tǒng)職務(wù)，實(shí)現(xiàn)南北議和。孫中山看到推翻清朝的目的已經(jīng)達(dá)到，為了大局，遂交出大總統(tǒng)一職。袁世凱當(dāng)了第二任民國(guó)大總統(tǒng)，并把首都遷到北京。革命黨人張振武、陳獨(dú)秀眼看革命果實(shí)為奸雄袁世凱所得，不禁扼腕嘆息。袁世凱得到密報(bào)，便把張振武騙到北京，宴席間擲杯為號(hào)，殺了張振武。陳獨(dú)秀在安徽站不住腳，逃往上海，教書為生。袁世凱派心腹往各省接管省政權(quán)，只有江浙兩省還是革命黨人的天下。

陳獨(dú)秀在上海教書度日，余暇時(shí)常想著：現(xiàn)在國(guó)家號(hào)稱民國(guó)，怎么沒有一點(diǎn)革命后的新氣象？袁世凱為民國(guó)大總統(tǒng)，居然也仿效歷代帝王，鬧起了到曲阜祭孔的把戲，這是為什么呢？想來想去，他認(rèn)為這是革命中人們忙于推翻清朝，忘了對(duì)國(guó)民進(jìn)行民主科學(xué)的教育。國(guó)民性沒有得到改造，所以對(duì)袁世凱搞的祭孔這些把戲，人們不以為怪，反以為是正常的事。想到這里，他決心創(chuàng)辦一個(gè)雜志，宣傳科學(xué)民主精神，進(jìn)行國(guó)民性改造。

陳獨(dú)秀到上海后，正值國(guó)民議會(huì)選舉。同盟會(huì)這時(shí)已改組為國(guó)民黨，宋教仁領(lǐng)導(dǎo)國(guó)民黨開展競(jìng)選，居然一路順利，穩(wěn)操勝券。宋教仁也曾動(dòng)員陳獨(dú)秀參加競(jìng)選，獨(dú)秀搖搖頭說：“你想從袁世凱那里奪取總理寶座，不是與虎謀皮嗎？

我勸你小心些，不要做張振武第二！”宋教仁見勸不動(dòng)他，只好走了。陳獨(dú)秀一面教書，一面四處奔走創(chuàng)辦雜志，也就把這事忘了。

1913年3月20日，陳獨(dú)秀出去辦事，發(fā)現(xiàn)街上軍警密布，氣氛森嚴(yán)，不知出了什么事。第二天一早，報(bào)紙送來，頭版赫然登著“宋教仁昨在上海東站被刺”。他不相信自己的眼睛，拭目再看，果然報(bào)紙上登著這條消息。原來宋教仁帶領(lǐng)國(guó)民黨參加競(jìng)選，大得選民擁護(hù)，已獲得多數(shù)選票，眼看國(guó)民黨就要成為國(guó)會(huì)中第一大黨，宋教仁即將擔(dān)任總理組閣。不意昨天來上海競(jìng)選，一下火車，即有兇手連開數(shù)槍，將他擊斃，兇手乘混亂逃去。陳獨(dú)秀看完報(bào)紙恨恨地說：

“這一定是袁世凱干的，他慣于用這樣的辦法殺掉政敵?！?/p>

過了幾天，陳獨(dú)秀又在《申報(bào)》上看到了名記者邵飄萍的一篇北京通訊，不禁大喊起來：“果是袁賊干的?！?/p>

邵飄萍是北京《京報(bào)》的館主，又兼任《申報(bào)》駐京記者，長(zhǎng)于采訪。宋教仁被刺后，他用重金買通袁世凱的爪牙洪述祖的小妾，盜出洪述祖的日記，上面清清楚楚地寫著袁世凱怎么下令，洪述祖怎么組織刺殺宋教仁的全部經(jīng)過。

這篇通訊一發(fā)表，宋案真相大白。革命黨人云集上海討論對(duì)策。陳獨(dú)秀拍案而起，大聲疾呼：“諸君，我們犧牲了多少像鄒容大將軍一樣的好同志，才推翻清朝?，F(xiàn)在烈士墳上的封土未干，袁賊又向著我們殺來了。不推翻袁賊，革命就要失敗?，F(xiàn)在李烈鈞主江西，我們?cè)谀戏竭€有些辦法，乘這個(gè)時(shí)機(jī)，我們?cè)僭谀戏狡鸨?，討伐袁賊，為烈士報(bào)仇?！贝蠹乙宦狚R聲叫好，隨后紛紛去江西江蘇協(xié)助李烈鈞起兵。臨走時(shí)，大家問陳獨(dú)秀：“獨(dú)秀，你什么時(shí)候走？”陳獨(dú)秀搖搖頭：“我不走了?！贝蠹也唤尞?。陳獨(dú)秀解釋說：“我留在上海，是要辦一個(gè)雜志，痛罵袁賊?！贝蠹疫@才恍然大悟，要他早日創(chuàng)辦，為大家鼓氣。

孫中山這時(shí)也從日本回到上海，領(lǐng)導(dǎo)國(guó)民黨討伐袁世凱。這年7月，李烈鈞在江西起兵，號(hào)稱“二次革命”。哀兵起義，士氣高漲。袁世凱早已料到國(guó)民黨會(huì)起兵，事先布置了軍隊(duì)等著。李烈鈞組建的軍隊(duì)到底不如北洋軍甲堅(jiān)槍利，被北洋軍打敗。袁世凱這時(shí)志高意滿，干脆扯下共和的旗幟，要人們寫勸進(jìn)表，推他當(dāng)洪憲皇帝，復(fù)辟帝制。