杰斐遜的所有施政措施都是經(jīng)過深思熟慮的，其目的只有一個——把聯(lián)邦的航船引入人類自由民主的偉大航程。

但在面對廣闊的西部土地的時候，杰斐遜卻放棄了孤立原則，使美國領(lǐng)土不斷擴(kuò)展——杰斐遜一向鼓吹農(nóng)業(yè)理想國的理論，而這一理論往往并不排斥領(lǐng)土擴(kuò)張。

西班牙對其屬地路易斯安納的統(tǒng)治鞭長莫及，因此于1801年將其交與法國，以便獲取其他利益。此事觸動了美國人的神經(jīng)，他們認(rèn)為自己在美洲擁有特權(quán)，臥榻之旁不容他人酣睡。這件事的曝光也引起了杰斐遜對國家安全問題的擔(dān)憂，他不愿意看到法蘭西人對自己的家園虎視眈眈。于是杰斐遜與有關(guān)人士探討奪取新奧爾良問題，他的態(tài)度是非常急切的，甚至提出如果法國不與美國合作美國就與英國結(jié)盟。他派特使羅伯特·利文斯頓與法國政府談判此項事宜。拿破侖此時想稱霸歐洲，遂放棄了他的“美洲帝國”計劃，因此答應(yīng)出售整個路易斯安納，價款為一千五百萬美元。談判一經(jīng)完成，杰斐遜就以最快的速度促使國會批準(zhǔn)了購買議案。這一極其廉價的土地買賣仍遭到了許多政客的質(zhì)疑和責(zé)難，還有人指責(zé)杰斐遜違背了他一貫主張的從嚴(yán)解釋憲法的原則。

1802年，杰斐遜年輕時向朋友之妻求愛的事情被披露，政敵們添枝加葉，大肆炒作。面對人身攻擊，杰斐遜采取了保持沉默的策略，他認(rèn)為，只要盡心盡力地為國民服務(wù)，時間會洗刷掉身上的污點(diǎn)。

在購得路易斯安納之后，杰斐遜命令其秘書梅里韋塞·路易斯和威廉·克拉克對西部土地進(jìn)行了一次探險遠(yuǎn)征。探險工作歷時兩年半，從密蘇里河越過大陸分水嶺，漂流哥倫比亞，最終到達(dá)北美大陸的西海岸?？疾熘杏性S多驚人的發(fā)現(xiàn)，并取得了大量第一手資料，在政治、經(jīng)濟(jì)和科學(xué)研究方面的意義不可估量，由此激發(fā)了許許多多美國人的探索和冒險精神。

杰斐遜的第一任期國泰民安，疆域擴(kuò)大，人民生活水平也大大提高，在一定程度上實(shí)現(xiàn)了他的政治綱領(lǐng)和抱負(fù)。在1804年大選中，雖然反對勢力給他潑了性混亂、反對宗教等污水甚至還編造了一個被稱為“非洲維納斯”的女奴是杰斐遜的情婦的花邊新聞，但憑借民眾的擁戴，他仍以絕對優(yōu)勢得以連任。

在杰斐遜第二任期內(nèi)，美國政府遇到了一個又一個困難，然而，憑借自己的威望、政治智慧和內(nèi)閣成員的鼎力相助，他最終克服了一個又一個危機(jī)。

就在他競選連任順利進(jìn)行的時候，二女兒瑪麗亞生病去世，他十分傷心。不久又發(fā)生了前副總統(tǒng)伯爾叛國事件。1800年大選中伯爾雖然為共和黨的勝利起了重要作用，但他也是個品質(zhì)惡劣的政治野心家和陰謀家。當(dāng)他在政壇上失勢后，即開始從事陰謀活動，試圖分裂國家，事情敗露后被逮捕。伯爾的叛國對杰斐遜是一個沉重打擊，但最讓他難以忍受的是，一向與他作對的聯(lián)邦最高法院最終竟宣判伯爾無罪。