最高法院“掌門人” 1801年初，馬歇爾受命出任聯(lián)邦最高法院首席法官。亞當斯之所以任命馬歇爾主要基于兩點考慮：第一，馬歇爾是一位堅定的聯(lián)邦主義者，具有很強的原則性；第二，馬歇爾是弗吉尼亞人，最高法院中應該有這個重要的州的代表。事實證明，這是亞當斯總統(tǒng)所做出的最重要的決策之一，馬歇爾對最高法院產(chǎn)生的影響是極其深遠的。馬歇爾扮演了最高法院“掌門人”的角色，以維護司法權的地位和尊嚴為己任。正是在馬歇爾任內(nèi)，最高法院確立了眾多司法慣例，司法權的獨立地位得以確立。

亞當斯總統(tǒng)卸任前大力擴充下級聯(lián)邦司法機構(gòu)，把許多聯(lián)邦黨人塞入政府部門。杰斐遜政府力圖通過制定《撤銷法》撤銷這些機構(gòu)。馬歇爾認為這是對司法權的挑戰(zhàn)，于是他便利用“馬伯里訴麥迪遜案”來證明法院的權威。該案的內(nèi)容是：被提名擔任已經(jīng)取消了法院職務的聯(lián)邦黨人要求法院下令，迫使國務卿麥迪遜頒布委任狀。最高法院的裁決是：馬伯里有權得到他的補償，但判給他補償不在最高法院的職權范圍內(nèi)。該判決使最高法院獲得了極為重要的司法復審權。馬歇爾強調(diào)法律對契約和財產(chǎn)的保護，從而限制了政府對個人經(jīng)濟事務的介入。馬歇爾還使最高法院獲得了判定各項法律是否違憲和審理下級法院的決議等重要權力。他所堅持的聯(lián)邦權力高于州權的思想對后世具有深遠的影響力。在杰斐遜總統(tǒng)第2任期間，伯爾叛國事件敗露。在審判伯爾時，馬歇爾主張對憲法關于叛國罪的定義從嚴進行解釋，并親任審判長，最終以“證據(jù)不足”為由使伯爾無罪開釋。這是對杰斐遜政府的一次沉重打擊。

由于馬歇爾堅持他一貫主張的原則，敢于與聯(lián)邦政府公開抗爭，使他成為政府反對派人士心目中的英雄。馬歇爾在最高法院任職一直到他離開人世，他與行政權之間，特別是與杰斐遜、麥迪遜等總統(tǒng)的相互斗爭始終在持續(xù)著，并不時摩擦出火花。但有學者認為：正是這一矛盾斗爭使得美國的政治體制日益充實完善，在充分發(fā)揮聯(lián)邦政府職能作用的同時，有力地發(fā)揮司法權的限制和保護作用。

馬歇爾的活動范圍不僅僅限于司法領域，他在其他領域亦有所建樹。他編寫出版了《喬治·華盛頓生平》一書，在當時產(chǎn)生了轟動，但也有人指責他以歌頌華盛頓為名，宣揚聯(lián)邦黨人的觀點。

1835年7月6日，七十九歲高齡的約翰·馬歇爾在費城病逝——據(jù)說自由鐘恰在此時破裂，好像在為一位重量級人物的去世表示哀悼。