不可否認，蘇聯(lián)從中長鐵路撈取了不少特權。協(xié)定規(guī)定，蘇聯(lián)政府有權在鐵路上用加封的車輛運輸過境軍需品，且不受海關檢查。由蘇聯(lián)至大連、旅順往返的貨物，免征中國關稅。

大連的行政主權歸中國，但應蘇方要求，中方同意將所有港口工事及設備的一半無償?shù)刈饨o蘇聯(lián)，租期為30年。另指定碼頭及倉庫租給蘇聯(lián)。

據(jù)當事人說，蘇聯(lián)在草擬條約的最后時刻大?！皟擅媾墒址ā?。中長鐵路協(xié)定注明30年期滿后“無償”歸還中國，但“這兩個字在俄文本中沒寫上”。原來商定經大連出口的蘇聯(lián)貨物和經大連港進口的外國貨物均應免稅，俄文本卻改為“運到大連供當?shù)叵M的貨物免予征稅”。而經大連運往其他市場的貨物仍須納稅，這就增加了大連蘇聯(lián)當局的財政收入。

根據(jù)《中蘇關于旅順口之協(xié)定》，蘇聯(lián)取得了在旅順駐扎陸、海、空軍的權利。而且，蘇聯(lián)在軍事委員會中占居多數(shù)。就連旅順市主要民事行政人員的任免，中方還要征得蘇聯(lián)軍事指揮機關的同意。

條約簽訂之后，蔣介石承認，國民黨政府在下列涉及國家權益問題上，“不得不作出重大讓步”：（1）承認外蒙的獨立自治；（2）東北長春鐵路的共同經營；（3）宣布大連為自由港，對于長春鐵路直運蘇俄及由蘇俄直運出口之貨物，免除關稅；（4）旅順口由兩國共同使用為海軍基地。

盡管如此，蔣介石“總體上對條約是滿意的”。他還坦言，條約的簽訂表明蘇聯(lián)準備幫助他統(tǒng)一中國的武裝力量，支持國民黨建立政府。

當然，斯大林對條約感到更加滿意。蘇聯(lián)以最小的代價換來了在法律上承認外蒙古的獨立，以及恢復了沙皇在中國東北的大部分特權，從而大大改善了蘇聯(lián)在遠東和太平洋地區(qū)的戰(zhàn)略地位。斯大林曾洋洋得意地說：“旅順口是我們的，大連是我們的”，而且“中長鐵路是我們的”，中國、蒙古，“一切都已正常”。