幕府內(nèi)強有力人物之間的矛盾也激化了。公元 1284年六波羅探題因與“執(zhí)權(quán)”對抗而被殺。翌年，曾伙同“執(zhí)權(quán)”北條時賴消滅三浦氏有功的安達氏，因發(fā)動叛亂也被消滅。現(xiàn)在，在“執(zhí)權(quán)”近臣之間又發(fā)生了權(quán)勢之爭。公元1293年，由于打倒安達氏炫耀有功的平賴綱父子也被“執(zhí)權(quán)”殺害。

通過不斷的內(nèi)部斗爭，北條氏得宗一族的專制一直在加強。幕府的各機關(guān)有名無實。結(jié)果，北條氏得宗一家就成了所有矛盾的焦點。從公家、寺院、神社一直到“國人”、“地侍”和一般農(nóng)民，所有的社會階級和階層的反抗都集中到“執(zhí)權(quán)”身上，后醍醐天皇又成了集結(jié)這一切反北條勢力的核心。

在此之前，在皇室內(nèi)部也在爭奪日趨減少的領(lǐng)地，產(chǎn)生了尖銳的對立與分裂。公元1259年，從后嵯峨上皇廢長子后深草天皇，立次子山天皇繼位之后，后深草天皇與山天皇就產(chǎn)生了矛盾。居住在持明院的后深草天皇系統(tǒng)（持明院統(tǒng)）與隱跡于大覺寺的山天皇系統(tǒng)（大覺寺統(tǒng)）之間，圍繞皇位展開了尖銳的斗爭。由于幕府的介入，公元1308年雖決定由兩系統(tǒng)輪流繼承皇位，但因幕府的介入使自己一派處于不利的大覺寺系統(tǒng)卻成了反幕府的力量。大覺寺系統(tǒng)的后醍醐天皇于公元1318年即位。他暗懷推翻幕府之志，起用以北畠親房（公元1293—1354年）為首的人才為親信。當時的“執(zhí)權(quán)”北條高時非?；杪?，一向不問政治，日夜沉湎于游宴。因熱衷于斗犬而得了“犬將軍”的綽號。這又給后醍醐天皇們以討伐幕府的良機。

天皇的計劃在公元1324年（正中元年）因被幕府察覺并逮捕了其親信日野資朝而一度受挫（“正中之變”）。這時，天皇卻假托與已無關(guān)，又重新制定計劃，并暗中與皇室、貴族領(lǐng)有的莊園的武士以及延歷寺、興福寺等聯(lián)系。然而，公元1331年（元弘元年）又由于叛徒告密，計劃又為幕府偵悉。后醍醐天皇逃至奈良，隨后又遁入笠置山。以河內(nèi)國金剛山麓為據(jù)點，從其祖輩就以該地“地侍”首領(lǐng)而知名的楠木正成（公元1294—1336年）首先擁護天皇而舉兵。但后醍醐天皇不久就被幕府逮捕流放于隱岐島。其后，幕府遂擁立了持明院系統(tǒng)的光嚴天皇。

一旦得以公然樹起推翻幕府的旗幟，以近畿與中國的武士為首的反北條勢力就陸續(xù)揭竿而起了。動亂逐年擴大與深入?！暗厥獭彼暑I(lǐng)的群眾也在各處蜂起，“地頭”與莊官或是混戰(zhàn)，或是聯(lián)合起來對抗上級領(lǐng)主。動亂已不局限于后醍醐天皇及其一派的武士們對幕府的斗爭，實際上也開始具有針對包括皇室在內(nèi)的所有舊統(tǒng)治者的群眾起義的因素。

動亂一旦發(fā)展到全國，公元1333年（元弘三年）閏2月，后醍醐天皇為伯耆地方的強有力的武士名和長年們所擁戴逃出了隱岐島。反幕府勢力日益加強。鑒于這種形勢，受命幕府追剿近畿叛亂者的率大軍赴京都途中的下野的豪族足利高氏（即足利尊氏，公元1305—1358年）發(fā)動叛亂，5月7日消滅了幕府的六波羅探題。同一時期，上野的新田義貞（公元1302—1338年）率東國的武士團進攻鐮倉，5月22日滅亡了北條氏一族。在北條氏勢力所及的九州，九州探題也被島津、大友與少等強有力的守護易如反掌地推翻了。鐮倉幕府就此而徹底滅亡。