鑒于貪污在1千萬元以下的中小貪污分子占全體貪污人數(shù)的95%至97%，中央曾規(guī)定，對其中情節(jié)不嚴重者，一般應(yīng)免予刑事處分，有的還可以免予行政處分。這樣，大約85%以上的中小貪污分子可以免予刑事處分。毛澤東認為，這個規(guī)定便于爭取團結(jié)和教育改造這一批人，以利開展"三反"斗爭和建設(shè)工作。同時，他覺得對很多的小貪污分子的行政處分還可更寬一些，在中央已規(guī)定的撤職、降級、調(diào)職、記過這四項外，再加一項最輕的處分--警告。毛澤東解釋說，這樣，很多小貪污分子（約占全體貪污人數(shù)的70%上下），只須給以警告就可以了，"使大多數(shù)小貪污分子減輕對抗情緒，利于團結(jié)改造"。

不久，毛澤東在給陳毅的一份電報中又提出："中央正考慮不單是50萬以下而且是100萬以下的所謂貪污分子，一般不算作貪污而算作占小便宜或公私不分，以便解脫更多的人，便于教育"。同日，毛澤東告訴周恩來，百萬元以下的人大部予以解脫，發(fā)一指示。3月1日，李富春送給毛澤東一份報告，是關(guān)于起草處理貪污分子和追贓的規(guī)定。毛澤東當即批示周恩來酌處，并說"還要寬一點，富春說得還太嚴了。"

按照毛澤東的指示，中節(jié)委起草了《中央關(guān)于三反中處理科學家、學者的問題的指示》，其中提出："三反斗爭中對于這類有用的專門科學家和學者的處理，應(yīng)該以思想改造為主，對于解放以前有貪污行為者，均作為思想問題來解決。對于解放以后有貪污行為者的處理的方法，必須事先經(jīng)市委批準，以免造成偏向。"此稿送毛澤東審閱時，毛澤東在"必須事先經(jīng)市委批準"后面又加上了一句："有些人須經(jīng)省委或中央局批準。"

處理人一定要審慎，必須克服和避免濫捕亂抓，這是"三反"運動后期毛澤東一再強調(diào)和堅持的。3月29日，毛澤東親筆批示向全國轉(zhuǎn)發(fā)上海市委在"三反"中嚴格執(zhí)行各項紀律的經(jīng)驗。上海市委的經(jīng)驗主要是：（1）本市各機關(guān)團體，如欲逮捕"三反"中有關(guān)人犯，必須經(jīng)市委批準，交市公安局與區(qū)委聯(lián)系后依法執(zhí)行。中央及華東各地在滬各單位，則須經(jīng)華東局批準后，與市委接洽辦理；華東以外各大行政區(qū)所屬各單位，除經(jīng)當?shù)刈罡邫C關(guān)之批準外，并須來市委接洽辦理。（2）無論本市外埠任何機關(guān)團體，如因"三反"須傳訊本市有關(guān)人員，須經(jīng)市委批準，再與區(qū)委聯(lián)系后，由公安分局以傳票傳至公安分局訊問，對被傳之人，未經(jīng)補辦扣留手續(xù)，不得扣留過夜。（3）關(guān)于"三反"中退贓、追贓問題，華東局已有指示，其中所示退贓、追贓方式是完全正確的。但上海目前正處在"五反"時期，不宜由各單位徑自進行追贓，無論本市外埠任何機關(guān)團體，凡須在本市追贓時，必須攜帶材料來市增產(chǎn)節(jié)約委員會聯(lián)系與接洽，由其斟酌情形，分別先后，予以查明核實，再將結(jié)果復(fù)告有關(guān)單位，至于被追出之贓款、贓物，則該處統(tǒng)一交存人民銀行，對收贓、存贓等有關(guān)"三反"人員之調(diào)查訊問，亦應(yīng)即日停止。（4）凡因"三反"追贓而須將私人資財加以凍結(jié)、扣押，或?qū)λ饺水a(chǎn)業(yè)加以查封、沒收時，一律必須經(jīng)市增產(chǎn)節(jié)約委員會批準后，由軍管會軍法處或市人民法院依法執(zhí)行。