然而，真正的夢境卻給他帶來了前所未有的震撼—他在夢中變成蛇并襲擊了韋斯萊先生，盡管韋斯萊先生因他而獲救，但他的心里開始發(fā)憷，他懷疑自己是否就是小天狼星口中的“武器”。伴隨著傷疤的劇疼，他越來越頻密地夢到一條長長的走廊和一道似乎永遠無法開啟的門。斯內(nèi)普被鄧布利多派來單獨教他大腦封閉術(shù)，他被斯內(nèi)普折磨得腦子麻痹、筋疲力盡。在霍格莫德村，剛剛交往的秋也因為他不合時宜的話而哭泣著扔下他跑開，他與秋短暫的戀情也似乎就此破滅。緊接著，D.A.聚會遭到出賣，鄧布利多為保護哈利不得不自動解職，烏姆里奇被魔法部成功任命為霍格沃茨校長，事情已經(jīng)發(fā)展到不可收拾的地步了，而這一切似乎都是因為他才接踵發(fā)生的。更令他難過的是，他從斯內(nèi)普的記憶里看到了其學生時代被當眾受辱的痛苦回憶，他發(fā)現(xiàn)詹姆不過是個“傲慢無禮、欺負弱小的下三濫”，甚至連莉莉當年對詹姆也不屑一顧，哈利覺得他的世界似乎顛倒了。而他長久以來篤定的信念也發(fā)生了可怕的偏移，他覺得“那么恐懼、難過”，他從來沒想到“自己會為斯內(nèi)普感到難過”。

自小天狼星在壁爐里向他解釋詹姆當年傻頭傻腦的行為后，他夢中那道長久以來無法打開的門終于在傷疤尖銳的疼痛中開啟，在夢中他借由伏地魔的眼睛清楚看到小天狼星在布滿玻璃球的神秘事務(wù)司里備受折磨、生命垂危。盡管赫敏一再認為這有可能是陷阱，但他無法理智地把小天狼星那張痛苦的面孔忽視，他不顧一切地與羅恩、赫敏連帶納威、金妮與盧娜一同騎夜騏趕往神秘事務(wù)司。當他發(fā)現(xiàn)第九十七排架子盡頭什么也沒有時，他把一個標著自己名字的玻璃球從高高的架子上取下。

哈利立刻被以盧修斯·馬爾福為首的食死徒包圍了，他被告知受折磨的小天狼星不過是伏地魔為引誘他前來而誤導(dǎo)的幻象。他與朋友們在神秘事務(wù)司與食死徒展開了一場殊死搏斗。哈利看著朋友們由于寡不敵眾而備受重傷，絕望地感到是他“把自己的朋友引向無謂的死亡”。鳳凰社成員在這關(guān)鍵時刻闖進屋內(nèi)，哈利與他們并肩作戰(zhàn)，用他熟悉的每一道咒語進行著攻擊和防御，他與小天狼星站到了一起，他們默契十足地配合作戰(zhàn)，他聽見小天狼星對他大喊“干得漂亮”，然而，在他還來不及反應(yīng)的一瞬間，一道光束擊中了小天狼星的前胸，他的教父“身體向后彎曲著”倒進了古老的拱門里。他聽到了貝拉特里克斯得意的尖叫，他被告知小天狼星已經(jīng)死了，深愛的教父不會再回來了。他帶著強烈的憎恨和殺戮的決心把貝拉特里克斯追至魔法部大廳，他對一切都不在乎了，他只想讓那個殺死小天狼星的兇手痛苦、生不如死，他沒有意識到伏地魔已經(jīng)突然出現(xiàn)在魔法部，也沒有意識到當伏地魔與鄧布利多大戰(zhàn)不敵后接著打算干什么，他感到自己被一個紅眼睛的怪物緊緊纏住，而那只怪物用他的嘴命令鄧布利多把他殺死。他被纏得太緊，動彈不得，但他迫切地希望鄧布利多能殺死自己，他要與身體里的伏地魔同歸于盡，結(jié)束一切，然后或許他還可以在世界的盡頭看見剛剛離去的小天狼星。

身受重傷的伏地魔還是潛逃了。福吉帶著眾多魔法部官員紛沓而至，哈利的朋友們和鳳凰社成員也得以全身而退。當他回到鄧布利多的辦公室后，鄧布利多告訴哈利由于小天狼星從不善待老克利切，于是他遭到了這個長期處在鳳凰社總部的小精靈的報復(fù)，而伏地魔正是利用哈利與小天狼星互相珍為生命的弱點達到了目的。激憤的哈利當著鄧布利多的面摔壞了一切可以摔壞的東西，這是他第一次發(fā)這么大的脾氣，因為他內(nèi)心深處有一個小小的聲音告訴他：小天狼星在對待克利切的問題上確實有做得不妥的地方。但他不想去考慮這個問題，此刻他比所有人都憎恨克利切“豬嘴一樣的鼻子和布滿血絲的大眼睛”，他沖著鄧布利多憤怒地大喊大叫，聽著這位年邁老人對這五年來的苦心經(jīng)營懺悔，從哈利必須留在德思禮家的秘密，到伏地魔極力想得到的預(yù)言，他聽到了特里勞妮教授關(guān)于“兩個人不能都活著，只有一個生存下來”的可怕預(yù)言，他得知納威與自己一樣也是預(yù)言中可以打敗伏地魔的男孩，但伏地魔最終選擇了與自己有著驚人相似之處的哈利，并在他額頭上留下勁敵的標記。他的命運自被標記的一刻起已被鎖定，他明白自己無處可藏，擺在他眼前的路要么是死，要么便是奮起與歷史上最強大的黑魔法巫師決斗，哪怕是粉身碎骨、同歸于盡。

福吉在眾多的謾罵聲中轟然倒臺，一時之間，他成了魔法界人盡皆知的“救世之星”，連一向嚴厲的隆巴頓夫人都認為“那個哈利·波特比整個魔法部的人加在一起還有骨氣”。他從小天狼星處繼承了格里莫廣場12號和老克利切，鄧布利多帶著他在霍拉斯·斯拉格霍恩的住所輾轉(zhuǎn)后，他們很快便來到了陋居并獲悉自己被選為格蘭芬多魁地奇球隊的隊長。當他與朋友們前往對角巷購買新學年的物品時，他無意中發(fā)現(xiàn)德拉科·馬爾福鬼鬼祟祟地潛入博金—博克店要挾店主博金為其修理一件東西，盡管羅恩與赫敏對此不感興趣，但哈利認為“能讓馬爾福顯得那么高興的準不是什么好事”。他懷疑馬爾福已經(jīng)像其父母一樣成了食死徒，并且計劃用博金修好的黑魔法物件做見不得人的勾當。

斯拉格霍恩應(yīng)約坐上了霍格沃茨特快前往魔法學校教書，這時候的哈利并不知道鄧布利多再三懇請斯拉格霍恩復(fù)出的用意，也不知道眼前這個大蜘蛛一樣的人物即將變成魔藥課的老師。由于他沒買魔藥課本，斯拉格霍恩從儲存柜里借給他一本屬于“混血王子”的破破爛爛的舊教科書，他根據(jù)這本書筆記的指導(dǎo)意外變成魔藥課堂上連赫敏也無法超越的、最拔尖的學生。但在他最引以為傲的黑魔法防御術(shù)課里，他被斯內(nèi)普盡情地諷刺打擊，面對斯內(nèi)普蠻不講理的懲罰，他變得越來越暴躁，他已無法保持對斯內(nèi)普所作所為感到怯生生、為莫名其妙被扣分感到委屈的十一歲小男孩的心態(tài)了，他對斯內(nèi)普反唇相譏，哪怕?lián)Q來的只是斯內(nèi)普用惡狠狠的語氣沒完沒了地對他說“關(guān)禁閉”，哈利已不在乎違反校規(guī)、扣分和關(guān)禁閉了，這些懲罰從一年級開始便沒打算離開他，更別提他非法成立D.A.，在全校師生的眼皮底下干著魔法部最害怕的事。

當鄧布利多提出要單獨給他上課后，他滿心期待地來到鄧布利多辦公室，他發(fā)現(xiàn)鄧布利多所謂的“上課”是帶他重游所有與伏地魔有關(guān)的記憶。鄧布利多希望與他一起“離開堅實的事實基礎(chǔ)，共同穿越昏暗模糊的記憶沼澤，進入錯綜復(fù)雜的大膽猜測”，并希望他從那些零碎的記憶里更多地了解伏地魔。在一次不太愉快的霍格莫德之旅中，一條被施了魔咒的異常華麗的蛋白石項鏈使凱蒂·貝爾進了圣芒戈魔法傷病醫(yī)院，這似乎與后來羅恩在生日當天中毒的事件有著微妙聯(lián)系，盡管疑點重重，但這些都不如在他看到了金妮與迪安接吻時剎那的震撼，他感到“似乎有個全身長鱗的大家伙在哈利心頭突然活了起來，并用爪子抓撓著他的五臟六腑”，一股強烈的沖動令他“只想用惡咒把迪安變成一堆果子凍”。一切都變得不對勁，有些事情似乎出乎意料地脫了軌，比如說長久以來他對金妮的兄長之情。

圣誕節(jié)前夕，哈利被迫參加“鼻涕蟲俱樂部”的聚會，他意外發(fā)現(xiàn)斯內(nèi)普與馬爾福間有個決不能違背的“牢不可破的誓言”，并且馬爾福在這學期總是在城堡里消失得無影無蹤，連活點地圖也無法標出其所在位置，這更加重了他肯定馬爾福在秘密策劃大陰謀的想法。探尋年輕時代伏地魔的過程被斯拉格霍恩虛假的記憶絞進了死胡同，哈利奉命獲取那段重要記憶。在福靈劑的幫助下，他利用斯拉格霍恩喜歡莉莉的弱點取得了這段寶貴的記憶，當他把它交給鄧布利多后，他們發(fā)現(xiàn)伏地魔不死的秘密是因為他從斯拉格霍恩口中得知分裂靈魂能使人獲得永生，這才導(dǎo)致伏地魔不惜用殺人來分裂靈魂，并把它們藏在有代表意義的器皿里，還稱之為“魂器”。鄧布利多告訴哈利“愛”這件伏地魔永遠看不起卻唯一能把他打敗工具便是哈利最強勁的武器，伏地魔被預(yù)言操控著選擇了哈利，但他，哈利，可以跳出預(yù)言、自己選擇與之對抗的方式。

此后，哈利與馬爾福大吵大鬧，他用“混血王子”筆記里的咒語致使馬爾福身受重傷，斯內(nèi)普陰郁地要求他交出這本書，他不得不把這本能令他魔藥學出類拔萃的書收藏在有求必應(yīng)屋里。由于再次被關(guān)禁閉，哈利無法參加本學期魁地奇的決賽，當金妮替格蘭芬多奪得魁地奇杯后，他“沒有想，沒有準備，沒有擔心有五十個人在看著”便與金妮接吻了。他們交往的事情也迅速傳遍了校園，他與金妮愉快地頻繁約會，他覺得這段美好的日子都“像是從別人那里偷來的”。但當鄧布利多告訴他十六年前是斯內(nèi)普偷聽了預(yù)言并立刻轉(zhuǎn)告伏地魔后，他不得不馬上起程與鄧布利多趕赴巖洞銷毀魂器。