7月1日，康生又來到北大作“重要報(bào)告”，其間他竟然無視作為校長坐在他身邊的馬寅初，陰陽怪氣地說：“聽說你們北大出了個(gè)‘新人口論’，它的作者也姓馬，這是哪家的馬呵？是馬克思的馬，還是馬爾薩斯的馬呢？我看是馬爾薩斯的馬！”因?yàn)榭瞪摹爸匾v話”，北大的“批馬”運(yùn)動(dòng)進(jìn)入了高潮。

據(jù)《馬寅初傳》的作者彭華先生統(tǒng)計(jì)，1958年下半年，僅僅數(shù)月之內(nèi)，《人民日?qǐng)?bào)》《光明日?qǐng)?bào)》《文匯報(bào)》《北京日?qǐng)?bào)》《新建設(shè)》《經(jīng)濟(jì)研究》《學(xué)術(shù)月刊》《理論戰(zhàn)線》《計(jì)劃經(jīng)濟(jì)》等大報(bào)大刊，共發(fā)表各種“批馬”文章60多篇，且批判的調(diào)門越來越高，罪名越來越大，帽子自然也越來越高、越大；而《北京大學(xué)?？泛汀侗本┐髮W(xué)學(xué)報(bào)》發(fā)表批判馬寅初的文章竟然也有18篇之多；不僅如此，北京大學(xué)還于1959年5月公開召開了批判馬寅初“新人口論”的大會(huì)。要知道，此時(shí)的馬寅初名義上還是北京大學(xué)的校長——我們實(shí)在很難想象，作為校長的馬寅初，看著自己管理的學(xué)校的?？蛯W(xué)報(bào)，竟然連篇累牘地發(fā)表批判自己的文章，還要參加師生們組織的批判自己的大會(huì)，心中會(huì)是什么滋味！1959年12月29日，馬寅初給時(shí)任教育部部長的楊秀峰打電話，要求辭去北京大學(xué)校長職務(wù)。1960年1月3日，馬寅初親自來到教育部向楊秀峰部長再次提出辭職請(qǐng)求。1月4日，馬寅初正式向教育部遞交書面辭呈。3月18日，教育部報(bào)國務(wù)院同意，批準(zhǔn)馬寅初辭職。不久，馬寅初的全國人大常委的職務(wù)也被罷免。

然而在這一過程中，馬寅初并不是一直被動(dòng)地接受批判，相反，他一直在反思，在檢討，在堅(jiān)守，在辯解，在抗?fàn)帯?/p>

1958年3月21日，馬寅初在北大貼出兩張大字報(bào)，對(duì)自己在1957年4月27日的演講中的一些錯(cuò)誤說法進(jìn)行主動(dòng)的檢討；

1958年4月1日，針對(duì)樊弘教授和經(jīng)濟(jì)系學(xué)生的大字報(bào)，馬寅初也貼出了《我對(duì)樊弘教授提出些意見》《我對(duì)經(jīng)濟(jì)系二年級(jí)談話的內(nèi)容》兩張大字報(bào)。前者批評(píng)樊弘教授“太馬虎”，“沒有把被批評(píng)的文章好好地閱讀一遍，就貿(mào)然地加以批判”；后者對(duì)經(jīng)濟(jì)系二年級(jí)學(xué)生提出的質(zhì)疑和指責(zé)作了具體解釋、說明和辯解。

1958年5月，馬寅初寫了《再談我的平衡論中的“團(tuán)團(tuán)轉(zhuǎn)”理論》一文，發(fā)表于5月9日的《光明日?qǐng)?bào)》，為自己辯解。只是《光明日?qǐng)?bào)》在發(fā)表該文時(shí)加了“編者按語”，明為“征稿”，實(shí)為“招兵買馬”，欲以組織集團(tuán)力量來進(jìn)一步對(duì)付單槍匹馬的馬寅初。然而馬寅初毅然于1959年2月，主動(dòng)將此文連同《光明日?qǐng)?bào)》發(fā)表時(shí)所加的“編者按語”送到《北京大學(xué)學(xué)報(bào)》要求轉(zhuǎn)載，并寫了《兩個(gè)請(qǐng)求轉(zhuǎn)載的理由》，欲以此擴(kuò)大影響再次反擊。甚至在1959年5月北京大學(xué)公開舉行批判馬寅初“新人口論”的大會(huì)時(shí)，他不僅親自出席批判會(huì)，而且當(dāng)場(chǎng)作了公開答辯。