國內是沒法立足了，那就索性去日本吧，當時很多人都漂洋過海到日本留學。1901年，陳獨秀從安慶逃往日本，入東京高等師范學校速成科學習。他在日本十分活躍，參加了中國留日學生組織的勵志社，同時又接觸到了盧梭、孟德斯鳩、斯賓塞等人的西方自由平等思想。第二年，陳獨秀回到安慶，組織了藏書樓演說會，集結了一幫人探討救國方略，這引起了當局的不滿。陳獨秀又不得不回到日本，組織了青年會。他們的反清革命活動引起了清政府對日的嚴重交涉，陳獨秀又被迫回國。

1904年，陳獨秀與友人合辦了《安徽俗話報》，編輯、排版、校核、分發(fā)、郵寄，他一一親自動手。當時條件十分艱苦，每頓只能喝稀飯，住的房間潮濕，被子發(fā)了霉，甚至生了跳蚤，但這些苦對陳獨秀來說都算不了什么大事。20歲出頭的陳獨秀腦子里充滿了想法，渾身都是干勁，這個報共出版了22期，陳獨秀在上面發(fā)表了50多篇文章。陳獨秀先后辦報刊數(shù)十種，他曾經跟人說，我辦十年雜志，全國思想都改觀。此種說法，雖有些夸張，但也是有一定依據(jù)的。

第二年，陳獨秀在蕪湖與好友一起創(chuàng)辦了一個秘密的反清軍事團體，號稱岳王會，陳獨秀被推選為會長。1908年，岳王會發(fā)動武裝起義遭到了殘酷鎮(zhèn)壓，受株連者達到300多人。這件事對于陳獨秀的打擊很大，此后的幾年，他一直沉默寡言，很少發(fā)表政見，也沒再參加大的政治活動。

辛亥革命的槍聲又激起了陳獨秀內心的苦悶和沉寂，重新點燃了他心中的革命之火，他又踴躍發(fā)表文章，討伐清王朝。革命勝利后，他還當上了安徽都督府秘書長。袁世凱篡權后，陳獨秀毅然辭職。

1914年，章士釗在日本辦了《甲寅》雜志，特邀陳獨秀協(xié)辦。陳獨秀辦雜志積累了不少經驗，又正受到袁世凱政府的通緝，便立刻答應赴日。也正是在這一年，陳獨秀結識了李大釗，誰也未曾料到日后這兩人共同創(chuàng)立了偉大的中國共產黨。

1915年初夏，他又啟程回國了，他已經在醞釀著自己創(chuàng)辦一份雜志，這就是新文化運動的搖籃——《青年雜志》。也許他自己也未曾想過，這個雜志注定了他一生的生命軌跡。9月15日，16開本的《青年雜志》月刊第一期問世了，陳獨秀發(fā)表了創(chuàng)刊宣言《敬告青年》，號召青年奮起智能，力排陳腐朽敗。國人欲脫蒙昧時代，當以科學和人權并重。陳獨秀在中國第一次擎起了科學和民主兩面大旗，揭開了新文化運動的大幕。