9月17日，盧日科夫被召到克里姆林宮。梅德韋杰夫的辦公廳主任要他“悄悄地走人”，但他沒有悄悄走人。他先去奧地利休了一個星期的假，然后在9月27日給梅德韋杰夫?qū)懥艘环庑?，指責他發(fā)動了一場“空前的污蔑運動”，想要趕走一位“太獨立、太難管”的市長。盧日科夫要求恢復市長選舉，還說梅德韋杰夫要把他趕下臺的唯一目的就是要把他自己的親信安插在市長的位子上，使他自己在將來的總統(tǒng)選舉中勝算更大?！澳阌袃蓚€選擇，”盧日科夫?qū)懙?，“如果你有足夠理由的話就開除我，要不就公開疏遠那些幫了你這個忙（策劃抹黑宣傳戰(zhàn)）的人?！钡诙煸缟?，梅德韋杰夫解除了他的職務(wù)，說他“失去了總統(tǒng)的信任”。

任命新市長花了整整兩個星期的時間—這說明普京和梅德韋杰夫在人選問題上難以達成協(xié)議—最后選中了普京的得力助手謝爾蓋·索比亞寧。他是普京的辦公廳主任，是普京一手提拔起來的。（順便要說的是，他在首都才住了5年，對這個他即將掌管的城市一無所知。至于莫斯科臭名昭著的交通擁堵，他只是在乘坐政府配發(fā)的轎車沿高官專用道飛馳而過的時候透過黑色的車窗玻璃掃過一眼。）如果盧日科夫懷疑得不錯，梅德韋杰夫確實想安插他自己親信的話，那么這場重要的戰(zhàn)役他敗給了普京。以后他還有更多次失敗。

梅德韋杰夫就任總統(tǒng)以來力圖建立自由開明的形象。但石油大亨米哈伊爾·霍多爾科夫斯基仍然身陷囹圄，這使得梅德韋杰夫的努力效果大打折扣?；舳酄柨品蛩够?011年底服刑期滿，但他的敵人（霍多爾科夫斯基特別點名副總理伊戈爾·謝欽）堅決要多關(guān)他幾年，無論如何也不想讓他在議會選舉和總統(tǒng)大選之前獲釋，于是2009年2月對他進行了第二次審判，對他提出的新指控完全不合情理。第一次審判已經(jīng)判他犯了詐騙罪和逃稅罪。這次檢方想證明他和另一個被告人普拉東·列別捷夫侵吞了尤科斯從1998年到2003年生產(chǎn)的全部石油—可是過去檢方說尤科斯出售了那些石油，卻沒有上繳應繳的稅款。如果已經(jīng)確認石油是霍多爾科夫斯基“出售”了，那么怎么可能又被他“偷竊”了呢？

工業(yè)部長維克托·赫里斯捷恩科和前經(jīng)濟部長格爾曼·格列夫都出庭作證，對檢方的指控提出懷疑。這似乎給辯方打了一劑強心針。格列夫說：“如果發(fā)現(xiàn)有侵吞的事情，應該會向我報告?！焙绽锼菇荻骺苿t表示，他不知道幾百萬桶石油消失的事。

不幸，霍多爾科夫斯基的辯護律師們沒有高興多久。法官本應于12月15日作出判決，但那天一早來到法院的記者們卻看到門上貼了一張通知，說宣判推遲到27日，卻沒有任何解釋。也許有一個解釋：第二天，也就是16日，總理要出席一年一度的電視連線節(jié)目，一定會有人問他有關(guān)這場審判的問題。那就尷尬了，普京要想影響判決肯定也太晚了?，F(xiàn)在判決推遲，他就可以利用回答民眾打電話問問題的機會公然干涉司法進程。當有人問到這個案子的時候，普京說，“小偷就得進監(jiān)獄”。這聽上去像是向當時正在斟酌各種選擇的丹尼爾金法官發(fā)出的直接命令。就連梅德韋杰夫總統(tǒng)都不認同這么公開的干涉。他在電視采訪中說：“任何官員都沒有權(quán)力在法院宣判前發(fā)表對案子的立場?！边@是梅德韋杰夫第一次超越了僅僅發(fā)表與普京稍有不同意見的界限，實際上是公開的申斥。

可是這對審判的結(jié)果沒有絲毫影響。丹尼爾金法官按照強人的意志宣判霍多爾科夫斯基有罪，并判處他14年徒刑，與對他的第一次判決合并執(zhí)行，時間追溯到他被捕的2003年。他要等到2017年才能重獲自由。