后來王直到了雙嶼島為許棟做管庫。朱紈攻下雙嶼島后許棟逃亡，王直被眾人推舉為首領(lǐng)，后前往日本當(dāng)中國貿(mào)易的經(jīng)紀(jì)人。其后王直幫助官府剿滅海盜盧七、陳思盼等，威望大增，徐海、葉麻、毛海峰、徐惟學(xué)等公推王直為“海上盟主”。

本來，王直以為以自己的功勞，官府會改變對他的態(tài)度，甚至“松弛海禁”，允許通番互市。然而，正當(dāng)他與朝廷會商之時(shí)，參將俞大猷卻率軍前來攻擊。王直帶著滿腔憤恨沖出包圍逃到了日本。

在這件事情中，明政府的做法確實(shí)欠妥。本來，王直可以像后來的鄭芝龍那樣被招安，成為一支可用的武裝。但明廷卻以為“擒賊先擒王”殺了王直之后，就可以一勞永逸地解決其余海盜，殊不知海盜各個(gè)幫派之間的爭斗并不比海盜與官府的斗爭和緩多少。即使是王直的手下，同是徽商—海盜集團(tuán)的一員徐海也是和他面和心不合。

但這并不能成為王直后來的所作所為可以被原諒的原因。逃到日本的王直，自立為王，自稱“凈海王”，出行模仿皇帝。嘉靖三十一年（1552年）他開始糾集倭寇侵?jǐn)_東南沿海。他以日本為基地，搶劫商船、攻擊大陸沿海地區(qū)，倭寇的許多行動都受其指使。東南沿海的倭寇之患之所以長期不能得到解決，其中就有這個(gè)原因。王直由一名官府的反抗者蛻變成了十惡不赦的民族敗類。王直與被其雇傭的倭寇在閩浙粵三省沿海地區(qū)，大肆搶掠，無惡不作，成為明政府的心腹之患。

嘉靖皇帝命胡宗憲總督軍務(wù)，在囚徒蔣洲的建議下，胡宗憲將王直的母親、妻兒拘捕，家產(chǎn)田地沒收。其后，蔣洲被封為市舶提舉正使前往日本說服王直回國。嘉靖三十四年（1555年）九月，蔣洲從浙江桃花渡出發(fā)，兩個(gè)月后到達(dá)日本的五島。在會談中，蔣洲說胡宗憲夸獎(jiǎng)王直為“偉人”。1556年王直派人與胡宗憲商談。王直的要求有三個(gè)：解除海禁，開市通商；至少被官封都督；釋放一家老小。

胡宗憲表面上答應(yīng)一切條件，但告訴王直須上報(bào)朝廷批準(zhǔn)。同時(shí)命令戚繼光、張四維伏兵海陸要津。王直被騙，于嘉靖三十六年（1557年）十一月登陸商談，先被軟禁后被送入獄中，與兩年后的十二月二十五日被處死。王直被殺，妻子成為家奴，其家族成員、部眾萬人被殺。