崇禎十三年，羅汝才進犯四川，秦良玉率軍迎敵。

汝才聞白桿軍至，不戰(zhàn)而逃。秦良玉指揮白桿軍追擊，至巫山重創(chuàng)羅汝才，奪其帥旗，生擒羅汝才的副手“塌天”。

崇禎十七年，張獻忠、羅汝才聯軍再犯四川。

川撫邵捷春不用秦良玉之計，以致全川淪陷。白桿軍也因寡不敵眾退回石柱，但張獻忠自始至終不敢派一兵一卒入石柱一步！

同年，李自成攻入北京，崇禎帝自盡。秦良玉聞訊服孝痛哭，幾度暈厥。

張獻忠派人送來官符引信，希望秦良玉歸順“大西”。

秦良玉接到官印，馬上當眾銷毀，慷慨言道：“吾兄弟二人皆死王事，吾以一孱婦蒙國恩二十年，今不幸至此地步，怎能以殘余之年以事逆賊！石柱一地有敢從賊者，族誅之！”

不久，噩耗傳來，良玉獨子馬祥麟戰(zhàn)死于襄陽。

死前，他給母親寫信：“兒誓與襄陽共存亡，愿大人勿以兒安危為念！”

秦良玉見此絕筆，心如刀割，提筆寫道：“好！好！好！真吾兒！”

隆武二年，福建隆武帝賜封秦良玉太子太保，忠貞侯。秦良玉以七十三歲高齡，仍然準備親統(tǒng)人馬前往福建抗清。然而，因為鄭芝龍的叛變，隆武帝被俘，未能成行。

永歷二年，永歷帝加封秦良玉太子太傅，授四川招討使?！?