中美合作所的情報單位密切配合美國海軍的太平洋艦隊，及時提供氣象情報和日軍艦船調動的情報；它所訓練、裝備、指揮的游擊部隊，與中國東南沿海淪陷區(qū)的抗日武裝（有正規(guī)軍也有民間力量）協(xié)同開展敵后游擊戰(zhàn)；在豫湘桂戰(zhàn)役中，破壞日軍交通線，掩護我方人員物資大撤退；在日本艦船出入的沿海港口布設大量水雷；營救了許多降落在淪陷區(qū)的美軍飛行員；與陳納德率領的美國志愿援華航空隊（即“飛虎隊”）密切合作，不僅為飛虎隊提供氣象情報以及日本船舶準確位置的情報，而且有效清除機場周圍的日本間諜及其電臺；在戰(zhàn)爭末期，由中美合作所訓練和指揮的游擊部隊，探測并清除廣東、福建沿海各港口的爆炸物、障礙物；在日本天皇宣布投降后，迅速制伏企圖反抗的殘余日軍，為正規(guī)部隊接管城市港口掃清障礙。

美國海軍部對于中美合作所的活動給予肯定，當日本戰(zhàn)敗并已經簽署了投降書之后，1945年9月13日，美國海軍在一次官方新聞發(fā)布會上，首次披露了一個“保守得最好的軍事秘密”：中美特種技術合作所，在美國太平洋艦隊徹底打擊日軍占領的島嶼、日本海軍及整個日本的過程中，作出了巨大的貢獻；如此成功來自中美兩國人民間自然而堅固的友誼，及其抗擊共同敵人的堅定決心；與美國設在中國的其他戰(zhàn)時機構不同，中美合作所是一支中美兩國人員并肩生活、工作和作戰(zhàn)的親密無間的隊伍。