1949年，崔琦在新寶鎮(zhèn)的石橋區(qū)高皇廟高小畢業(yè)。由于當(dāng)?shù)貨]有中學(xué)，三舅又全家移居澳門，所以，崔琦只好輟學(xué)在家。在此期間，他曾和大姐崔穎一起擔(dān)任過范莊村婦女識字班的教書工作，受到了大家的歡迎；同時(shí)，他還積極參加當(dāng)時(shí)為配合革命形勢而進(jìn)行的演劇和游藝活動，并領(lǐng)著村里的“花棍隊(duì)”奪得全區(qū)“打花棍”(一種在當(dāng)?shù)厥至餍械拿耖g傳統(tǒng)游藝活動)比賽第一名。

兩年過去了，當(dāng)?shù)匾廊粵]有成立中學(xué)，這可急壞了崔琦的母親。1951年母親毅然決定讓他到外地讀書。這年秋天，三姐崔璐領(lǐng)著崔琦來到北京的大姐崔穎處，然后在三舅和兩年前已在香港定居的二姐崔珂的幫助下，姐弟倆通過合法手續(xù)抵達(dá)香港，崔琦隨即進(jìn)入香港培正中學(xué)讀書。

崔琦在香港讀書期間，因?yàn)檎Z言交流不便及生活艱難等諸多原因，強(qiáng)烈思念在家鄉(xiāng)的母親，兩次寫信給母親要求回老家。母親收到信后，通過別人告訴崔琦不要想家，好好讀書求學(xué)才是對父母親最大的安慰。崔琦刻苦攻讀，靠全額獎學(xué)金完成中學(xué)學(xué)業(yè)，并于1958年獲得美國全額資助，進(jìn)入伊利諾斯州一所教會學(xué)校。這時(shí)，他的父親崔長生已身患重病，臥床不起。作為唯一的兒子，崔琦本應(yīng)回國為父盡孝，但母親卻始終對他隱瞞了這件事，直到1959年夏天父親去世，母親都沒對他透露一點(diǎn)兒消息。在這之后的9年間，母親不管自己受多大的罪，甚至在81歲高齡時(shí)住茅草庵，都沒有影響兒子的學(xué)業(yè)。1967年，崔琦在芝加哥大學(xué)獲物理學(xué)博士學(xué)位。一年后，母親王雙賢寂寞地離世，當(dāng)時(shí)只有大女兒崔穎一個(gè)人守在她身邊。