別看曾國(guó)藩幫助李鴻章，說(shuō)實(shí)話他的處境也不比李鴻章強(qiáng)到哪里去。自他再度擔(dān)任兩江總督后，他的心志已經(jīng)被消磨得差不多了。為了顧全大局，他背負(fù)了罵名，這對(duì)他的打擊是巨大的，而審理“刺馬”案，這又是一道坎。曾國(guó)藩也變得“油滑”起來(lái)，不想再因?yàn)檫@種難以處理的事情，給自己增加更多的煩惱，他在北京磨磨唧唧地不想赴任，和這個(gè)原因有很大的關(guān)系。當(dāng)時(shí)朝廷已經(jīng)增派刑部尚書(shū)鄭敦謹(jǐn)調(diào)查案件，這正好使曾國(guó)藩解脫了，他決定先讓鄭敦謹(jǐn)去，等調(diào)查結(jié)果出來(lái)，自己再開(kāi)始下一步行動(dòng)。

等到曾國(guó)藩正式到任兩江總督時(shí)，“刺馬”案的事情基本上有了眉目。經(jīng)過(guò)訊問(wèn)嫌犯張汶祥，得到了一個(gè)讓人咋舌的故事。張汶祥自稱(chēng)與馬新貽、曹二都是綠林人士，結(jié)拜為兄弟，后來(lái)馬新貽平步青云當(dāng)了大官，他看到曹二的老婆很漂亮，就和她私通?？伤酵ㄟ@事情畢竟不是光明正大的事情，更要命的是被曹二知道了。馬新貽就一不做二不休，給曹二扣了個(gè)通捻匪的罪名殺了。張汶祥得知此事，就發(fā)誓要為好友報(bào)仇，于是就發(fā)生了這起震驚全國(guó)的高官被刺案。訊問(wèn)的結(jié)果報(bào)到藩司梅啟照那里，這種涉及“作風(fēng)問(wèn)題”的供述，實(shí)在讓梅啟照很難交差，就責(zé)人繼續(xù)訊問(wèn)。老虎凳辣椒水用完了，張汶祥還是堅(jiān)持自己的供詞。沒(méi)辦法，梅啟照只好以“江浙海盜挾仇報(bào)復(fù)”下了定論。曾國(guó)藩這下輕松了，下屬都定了性了，自己就按照“實(shí)情”辦理就是了。而鄭敦謹(jǐn)佩服張汶祥的義氣，想減輕他的刑罰。曾國(guó)藩沒(méi)有同意，估計(jì)他考慮如果以案件真實(shí)面目上報(bào)必然影響整個(gè)清朝官員的形象，與其被人嗤笑，還不如早早結(jié)案完事。

很快，曾國(guó)藩前后上報(bào)了名為《復(fù)審兇犯行刺馬新貽緣由》、《復(fù)審馬新貽被刺一案犯供無(wú)主主使實(shí)情篇》的兩個(gè)折子。第一個(gè)折子為大家繪聲繪色講了一個(gè)從太平軍到海盜再到殺人兇手的離奇故事，而第二個(gè)折子則是解釋了一些對(duì)于案件的質(zhì)疑。由于官方的閃爍其詞和撲朔迷離的情節(jié)，導(dǎo)致小道消息滿天飛，這件“刺馬案”與“楊乃武與小白菜案”、“名伶楊月樓案”、“太原案”被列為“清末四大奇案”，足見(jiàn)此案的詭異。曾國(guó)藩也看出了這件事情拖下去會(huì)越鬧越大，搶先按“罪大惡極”將張汶祥凌遲處死，并在馬新貽靈柩前摘張汶祥的心作為祭奠，此案總算是有了結(jié)果。

而曾國(guó)藩在此案中，可以說(shuō)粗疏含混，很不像他原來(lái)那樣兢兢業(yè)業(yè)的樣子。可能是天津教案的陰影太重，也可能是受李鴻章“痞子腔”的影響，曾國(guó)藩對(duì)待敏感事件的態(tài)度有了很大的變化。