歸國后，李鴻章通過他的關(guān)系讓孫中山協(xié)助刺殺康有為。孫中山制定了行動方案后又開始搖擺不定，因為這時以康梁為首的保皇黨已經(jīng)開始以牙還牙地報復(fù)。北京的榮祿和剛毅、廣東的李鴻章和劉學(xué)詢均成為暗殺目標(biāo)。

在?；庶h眼里，劉學(xué)詢要比李鴻章、榮祿還要兇險。梁啟超對刺殺劉學(xué)詢最為積極，多次指出：“卯金（即劉）富而多謀，今以全力謀我，阻力之大過于榮（指榮祿），不可不先圖之?！薄半嘧硬辉?，我輩終無著手之地?！贝吡畈幌Т鷥r刺殺劉學(xué)詢，甚至計劃雇用日本浪人行刺。

1900年4月24日，劉學(xué)詢從澳門返回廣東，剛到廣州口岸，就被保皇黨的刺客擊中胸口。劉學(xué)詢血流不止，送往西醫(yī)就診，虧得他衣服穿得較多，子彈僅入皮肉三分，撿回了一條性命，但也足以使其膽戰(zhàn)心驚了?？梢娪袝r候槍的好壞和衣服的厚薄都能影響和改變歷史。

“庚子拳亂”，劉學(xué)詢極力慫恿李鴻章和孫中山聯(lián)合，趁亂搞“兩廣獨(dú)立”。李鴻章權(quán)衡一番，最后還是決定北上擒王，重攬大權(quán)。劉學(xué)詢心灰意冷，沒再跟隨，到了上海。

然而孫中山卻是精力充沛，百折不撓，當(dāng)時他人在臺灣，卻策劃了鄭士良的惠州起義和史堅如的廣州爆炸。因為當(dāng)時劉學(xué)詢在上海，孫中山?jīng)]能及時通知他，所以資金短缺，惠州起義雖然頗有聲勢，但事實上打了不少折扣。起義失敗后，孫中山曾經(jīng)派日本浪人平山周給劉學(xué)詢帶去一封很長的秘信，表示愿意奉劉為首：“或稱總統(tǒng)，或稱帝王，弟決奉足下當(dāng)之。故稱謂由足下裁決。”可惜的是，劉學(xué)詢并沒有接到這封信，要是當(dāng)年他及時接到這封信，按照他的野心和實力，看到惠州起義的聲勢，很有可能會全力以赴地投入支持。那樣的話，歷史或許真的要改寫了。

此后，他就再也沒有和孫中山的革命黨聯(lián)系，也沒有北上追隨李鴻章。隨著局勢的推移，他逐漸退出了政治舞臺。