無論是美利堅合眾國憲法還是邦聯(lián)憲法都規(guī)定總司令由總統(tǒng)擔(dān)任。具體而言，北、南兩軍的指揮權(quán)分別掌握在亞伯拉罕·林肯與杰斐遜·戴維斯的手中。頗具諷刺意味的是，出身文人的林肯最終成為指揮有方的戰(zhàn)時總統(tǒng)，而戎馬一生的戴維斯反倒顯得難堪重任。

亞伯拉罕·林肯在肩負(fù)起總統(tǒng)兼總司令的雙重責(zé)任時實際上毫無軍事經(jīng)驗可言。林肯雖然在“黑鷹戰(zhàn)爭”中曾擔(dān)任過極短時間民兵上尉，但從未接受過任何正規(guī)軍事訓(xùn)練。然而，林肯具有過人的視野與意志，這毋庸置疑成為聯(lián)邦贏得戰(zhàn)爭勝利最為重要的一個原因。正是林肯憑借不惜一切代價平定叛亂的堅定決心將北部緊緊團(tuán)結(jié)在一起，也正是林肯最終決定了北部的戰(zhàn)略，并通過手下的軍事將領(lǐng)們將這一戰(zhàn)略貫徹實施。

林肯與手下幾乎所有重要將領(lǐng)都不一樣（這些將領(lǐng)們的作戰(zhàn)信條就是有限戰(zhàn)爭，避免作戰(zhàn)并且占領(lǐng)重要領(lǐng)土），他并不關(guān)注攻城略地，而是相信粉碎南部的斗志、贏得勝利取決于與敵軍交戰(zhàn)，并且戰(zhàn)而勝之。正是林肯提出對南部實施封鎖合圍的計劃（林肯借用了溫菲爾德·斯科特“蟒蛇計劃”的設(shè)想，不過并不像斯科特那樣指望通過使南部陷入捉襟見肘的經(jīng)濟(jì)窘境，激發(fā)當(dāng)?shù)芈?lián)邦主義者的反抗情緒，從而在一年之內(nèi)結(jié)束戰(zhàn)爭）。他相信只要將南部牢牢封鎖，憑借北部在人數(shù)與資源上的優(yōu)勢，便可同時將南部諸州各個擊破，并且對邦聯(lián)軍戰(zhàn)而勝之，從而結(jié)束戰(zhàn)爭。

如果說面對負(fù)隅頑抗的南部叛軍，這一戰(zhàn)略歷時四年方才奏效，那么其不足之處并不在于計劃本身，而在于林肯未能找到一位聯(lián)邦將領(lǐng)能夠理解并接受“消滅敵軍有生力量是勝利關(guān)鍵”的理念。

此外，正是林肯開創(chuàng)并發(fā)展了現(xiàn)代指揮與參謀理念，盡管這種理念是以一種相當(dāng)含糊的方式進(jìn)行，期間不斷嘗試和犯錯。林肯于1861年11月撤去了年事已高、體重達(dá)159公斤且身體虛弱的溫菲爾德·斯科特的陸軍司令職務(wù)。取而代之的是在軍中人緣頗佳、年僅35歲的喬治·B·麥克萊倫少將。麥克萊倫同時還在1861年7月聯(lián)邦軍第一次馬納薩斯戰(zhàn)役慘敗之后出任波托馬克河兵團(tuán)司令。作為一名出色的組織者和教官，身高約1.73米的“小麥克”深受部下愛戴。但是，林肯正在找尋的是一位軍事戰(zhàn)略家，一位帶領(lǐng)部隊走向勝利的引導(dǎo)者，一位能夠指揮千軍萬馬、征戰(zhàn)沙場的領(lǐng)軍人物，而麥克萊倫完全不具備這些素質(zhì)。

麥克萊倫在林肯一番苦口婆心的勸誡之下，終于提出了他唯一的戰(zhàn)略計劃。該計劃體現(xiàn)了這位將軍在西點軍校接受的若米尼式軍事思想。按照計劃，麥克萊倫將率領(lǐng)27.5萬人沿海路進(jìn)發(fā)，溯詹姆斯河而上，攻占里士滿。然后全軍再次登船，以同樣的方式沿海岸線一路南下，直至新奧爾良。雖然利用海路發(fā)動兩棲作戰(zhàn)的計劃在戰(zhàn)略上多少有可取之處，但實際情況卻是麥克萊倫一無人手，二無補給，而且缺乏海上運輸執(zhí)行作戰(zhàn)計劃，加上僅僅奪取城池絲毫無法傷及邦聯(lián)軍隊，因此林肯不得不否決了這一計劃，而麥克萊倫也再未想出新的主意。