重回海軍受阻，劉華清于1965年1月被任命為第六機(jī)械工業(yè)部副部長(zhǎng)兼艦艇研究院院長(zhǎng)。

1966年，“文革”禍起。國(guó)防科委首當(dāng)其沖，五位副主任不是被罷官，就是遭批斗，無(wú)一幸免。危難之際，身兼中央軍委副主席、國(guó)務(wù)院副總理和國(guó)防科委主任的聶榮臻元帥急令劉華清到國(guó)防科委工作，并當(dāng)面告訴他：“命令怎么下，我去跟林彪商量?！?/p>

1966年8月，劉華清就任國(guó)防科委副主任。來(lái)不及辨識(shí)“風(fēng)向”，他就像消防隊(duì)長(zhǎng)似的，一頭扎進(jìn)勸導(dǎo)成千上萬(wàn)來(lái)京“造反”的師生隊(duì)伍中，很快便引火燒身，難以自拔。

羅舜初副主任被北京航空學(xué)院造反派揪到學(xué)校批斗，關(guān)押月余仍不放人。劉華清使盡渾身解數(shù)，終于將羅解救出來(lái)。

西安電訊工程學(xué)院師生要把獨(dú)腿將軍鐘赤兵副主任押往西安批斗。劉華清聞?dòng)?，火速出面斡旋，化解危機(jī)。

動(dòng)亂不止，登峰造極。11月初，斗爭(zhēng)矛頭直指聶榮臻元帥。劉華清再次受命出面平息事態(tài)，卻被造反派作為“人質(zhì)”扣押。葉劍英元帥得知情況，幾次派人給劉華清捎信，叮囑他一定要頂住，千萬(wàn)不能干擾正在前方指揮氫彈科研試驗(yàn)的聶榮臻元帥。劉華清死頂硬撐，困了就用稻草鋪地和衣而臥，甚至借“尼古丁”排憂解乏，從此染上“煙癮”。一直相持到1967年元旦過(guò)后，聶帥從西北返回北京，得知?jiǎng)⑷A清還被造反學(xué)生死死糾纏不得解脫，便毅然決定親自出面與學(xué)生交涉。中央“文革”領(lǐng)導(dǎo)小組要員聞?dòng)?，不得不派出陳伯達(dá)等人陪同前往現(xiàn)場(chǎng)，劉華清才得以返回工作崗位。

極“左”歲月，滄海橫流，令劉華清這條山鄉(xiāng)漢子忠誠(chéng)老實(shí)與襟懷坦蕩的人格本色大放異彩。與造反派對(duì)話，他有問(wèn)即答，答則必錯(cuò)，錯(cuò)即挨批。如此惡性循環(huán)，他仍“不思悔改”。矛盾與斗爭(zhēng)的焦點(diǎn)往往糾結(jié)在如何評(píng)價(jià)聶榮臻元帥，由此導(dǎo)致的兩次典型事件甚至驚動(dòng)了周恩來(lái)總理。

一次是1967年在國(guó)防科委大院毛主席塑像落成典禮上。劉華清講話稱(chēng)，聶榮臻同志是高舉毛澤東思想偉大紅旗的，從歷史上看是緊跟偉大領(lǐng)袖毛主席的，是堅(jiān)持毛主席革命路線的，對(duì)國(guó)防科研是有貢獻(xiàn)的。造反派將其講話概括為“一貫高舉、一貫緊跟、一貫正確”，驟然升溫對(duì)聶榮臻的批判。周總理知道后，馬上把劉華清找去，囑咐他不要給聶帥“幫倒忙”。