然而，好景不長(zhǎng)。到任不滿兩個(gè)月，政治風(fēng)向突變。11月下旬，中共中央在北京召開“打招呼會(huì)議”，“四人幫”掀起“批鄧、反擊右傾翻案風(fēng)”政治狂潮。胡耀邦、李昌遭到無(wú)情批斗，再次被剝奪工作權(quán)利。劉華清因疑患肺結(jié)核住院治療，待病因查清、康復(fù)出院，則比胡耀邦等人晚進(jìn)中科院兩個(gè)月，沒(méi)有參與被“四人幫”誣稱為“大毒草”的《匯報(bào)提綱》的調(diào)研和起草，僥幸躲過(guò)一劫。

1976年10月6日，以王洪文、張春橋、江青、姚文元為首的“四人幫”集團(tuán)被徹底粉碎，劉華清的政治生命與共和國(guó)的命運(yùn)一樣，重新煥發(fā)出勃勃生機(jī)。

1977年7月16日至21日，中共十屆三中全會(huì)在北京召開，鄧小平重新出山，恢復(fù)中共中央副主席、國(guó)務(wù)院副總理、中央軍委副主席和總參謀長(zhǎng)職務(wù)。

1977年12月23日，中央軍委任命劉華清為國(guó)防科委副主任。時(shí)隔八年之后，他終于得以重新歸隊(duì)，官?gòu)?fù)原職。

1979年2月19日，邊境自衛(wèi)反擊戰(zhàn)打響。值此非常時(shí)刻，鄧小平親自點(diǎn)將，任命劉華清為總參謀長(zhǎng)助理。一年后，鄧小平辭去總參謀長(zhǎng)兼職，由楊得志接任總參謀長(zhǎng)，劉華清晉升為副總參謀長(zhǎng)。

第二次調(diào)離海軍時(shí)，劉華清曾認(rèn)定：“海軍這條路算是走到頭了?！?未敢奢望第三次進(jìn)海軍，而且是當(dāng)海軍司令員。