林謀盛到達印度加爾各答之后，即致信給國民黨中央黨部秘書長吳鐵城，報告由新加坡撤退平安脫險的經(jīng)過。吳鐵城曾于1940年9月任國民黨中央密使來新加坡慰問僑團，對林謀盛所組織的抗日救亡工作十分賞識，因此林謀盛覺得他是一位可以投靠的重慶政府的高官。1942年4月12日，林謀盛飛抵重慶，備受吳鐵城的歡迎。在他為林謀盛舉行的洗塵宴上，還一再詢問陳嘉庚的下落，深為他隱居在爪哇島的險境擔憂。不過吳鐵城對陳嘉庚是有成見的，因為陳嘉庚與共產(chǎn)黨走得近，蔣介石也對他深為不滿，曾經(jīng)想撤換他的南僑籌賑會會長職務。次日，林謀盛又晉見了國民政府主席林森。林森在會見中始終大罵英國人，不僅罵他們擁握重兵卻守不住馬來亞，更罵英國人在1940年中國抗戰(zhàn)最艱苦的時候勾結日本人封鎖了滇緬公路，掐斷了中國運送抗戰(zhàn)物資的咽喉，差點置抗戰(zhàn)軍隊于死地。

林謀盛在幾天之后見到了蔣介石本人。蔣介石說：“好啊，你總算平安回來了?！毙牢筷P切之情溢于言表。于右任那天在場作陪，沒插話，也沒用心思聽，只見他手指在胡子上不停地劃來劃去，大概是在默練書法。軍統(tǒng)局長戴笠也請林謀盛吃過飯。席間林謀盛得知軍統(tǒng)局有地下人員在新加坡，于是托戴笠打聽家人的下落。數(shù)天后戴笠告知林謀盛，他的家人均告平安，還告知林謀盛在新加坡的公司被攤派了給日軍的奉納金七萬多元。得知家人平安，林謀盛懸著的心總算落了地。

不久后，林謀盛謀得一個職務：出任國民政府軍事委員會咨議及福建省臨時參議員。給他這個職務的理由大概是因為他祖籍是福建。他在這個職位待的時間很短，只有一個多月。到了當年6月，國民政府海外部針對有兩千華人海員流落在印度一事，與英國方面計劃組織一個“中國留印海員戰(zhàn)時工作隊”，用以協(xié)助當?shù)刈鱿谰葌ぷ鳌Ａ种\盛當時在重慶任這么個閑職悶得慌，一心想做點實際工作，于是就和一同從新加坡逃出來的莊惠泉報名參加這項工作。6月13日，他和莊惠泉再度回到加爾各答，兩人分別擔任總務組正副組長。

在加爾各答不久，林謀盛邂逅了新加坡撤退途中認識的英國軍官兀菲羅少校。兀菲羅少校告訴林謀盛，英國軍方正在組建一支代號為136的特種部隊，主要任務是滲透到馬來亞本土做顛覆和破壞工作，為收復馬來亞、新加坡做準備，問他愿不愿意參加。林謀盛一聽十分激動，因為他是新加坡人，應該挺身而出為星馬人民的自由而斗爭，而且他妻子、孩子都還在那里，恨不得馬上殺回去把日本人趕走，所以立刻答應了下來。但是他領教過英國殖民主義者的傲慢和自私無能，不愿被當成簡單工具。于是他建議這件事最好通過重慶政府方面，由中英兩國政府合作比較有利。英國人表示贊賞，因為他們十分需要華人方面的專業(yè)人才。經(jīng)過談判磋商，中英兩國很快簽了協(xié)議（中國方面簽字人是中央黨部秘書長吳鐵城，英國方面是英國駐華大使森蓀），由中方選派人員，英方負責訓練、裝備、運送和指揮聯(lián)絡。中國方面先后選送了一百多人參加136部隊，分別在孟買、加爾各答、錫蘭寶登高等地實行嚴格的訓練。林謀盛調到136部隊之后，把老朋友莊惠泉也叫來了。兩個人分別被委任為馬來亞華人區(qū)正副區(qū)長。林謀盛還因此獲得上校軍銜。