12 月13 日一早，日軍踏入了南京。松井石根是日軍華中方面軍的最高司令，但因病只能由其副手，來自皇族的朝香宮鳩彥代替他擔(dān)任南京一役的指揮官。此時(shí)的南京已經(jīng)一片混亂，中山路這條象征著國民黨期望實(shí)現(xiàn)現(xiàn)代化的林蔭大道也不復(fù)舊貌。竇奠安寫道：“中山路是一條長長的大街，街上污穢遍地，丟棄的制服、步槍、手槍、機(jī)關(guān)槍、野戰(zhàn)炮、刀具和行囊隨處可見。在有些地方，日本人不得不駕駛坦克碾壓以清理路面?！?/p>

程瑞芳在其日記中記錄了侵略者入城時(shí)的情形：“昨晚我軍退了，今早沒有聽見大炮聲。下午2 點(diǎn)，日兵由水西門進(jìn)城了。看守學(xué)院大門的一名警察看到日本兵進(jìn)城，一邊跑一邊脫警服，都駭?shù)玫沽耍樕先琢?，他真膽小?！钡诮酉聛淼膸滋炖铮絹碓蕉嗟娜颂拥搅私鹆陮W(xué)院，程瑞芳也開始明白那名警察如此驚恐的原因：

因日兵白日跑到他們家里抄錢、強(qiáng)奸。街上刺死的人不少，安全區(qū)內(nèi)都是如此，外邊更不少，沒有人敢去，被刺死的多半是青年男子。

在南京投降后不到1 周，便有近1 萬人睡進(jìn)了學(xué)院的走廊，“如同沙丁魚在盒子里”。不久后，明妮·魏特琳記錄道：“現(xiàn)在大火映紅了東北部、東部和南部的天空。每晚大火都將天空照得通明，白晝里濃煙滾滾，日本人的搶劫和破壞還在繼續(xù)著。戰(zhàn)爭的結(jié)果便是死亡和凄涼?！痹谥袊S多地方，外國人都能以旁觀者的身份置身事外，但選擇留在南京的這不到30 名西方人卻發(fā)現(xiàn)他們已被卷入其中，在日軍和手無寸鐵的中國人之間筑起了一道緩沖墻。組織建設(shè)國際安全區(qū)委員會(huì)的西方人并非受過專業(yè)訓(xùn)練的官員或公務(wù)員：拉貝是一個(gè)商人，羅伯特·O. 威爾森是一名醫(yī)生，斯邁思和魏特琳是大學(xué)教師。委員會(huì)成員推斷，日本人會(huì)依據(jù)戰(zhàn)爭法行事，同時(shí)也迫切希望恢復(fù)城市秩序。如此一來，在南京的中國人和外國人都會(huì)從中受益。再者，委員會(huì)成員還希望能憑借自己的第三者立場贏得某種權(quán)威性。這不乏先例，因?yàn)樗麄兪侵辛遥ò绹偷聡┑墓?。他們都沉浸于天真的幻想中，雖然這種幻想并非毫無根據(jù)。北平和天津被占領(lǐng)時(shí)就沒有引發(fā)混亂局面，即便是剛剛淪陷的上海，在國民政府撤退后，城市也只是陷入了一片死寂中。

但發(fā)生在南京的卻是一幅完全不同的景象，從占領(lǐng)那一刻起，日軍似乎就拋開了所有約束。在接下來整整6 周，一直到1938 年1 月，日軍華中方面軍的士兵們進(jìn)行了一場以“屠殺、強(qiáng)奸和搶劫”為主題的狂歡。他們下定決心要將南京鬧得天翻地覆，根本無意建立南京的新秩序，即便只是短暫的。在攻陷南京幾天后，日方高級官員要求拉貝恢復(fù)一個(gè)發(fā)電廠的運(yùn)轉(zhuǎn)，使之重新發(fā)電以提供電力。拉貝非常希望維持城市秩序，所以他答應(yīng)提供幫助。但他很快發(fā)現(xiàn)，在令人戰(zhàn)栗的恐怖氣氛下，他根本不可能招到工人：“日本士兵已經(jīng)完全失控了。在這種情況下，我是不可能為發(fā)電廠招募到工人的?！?/p>

外國旁觀者從南京被占領(lǐng)的第一天起就見證了那些慘不忍睹的場面。起初，日軍的屠殺對象只是那些偽裝成平民的軍人，盡管他們根本沒有認(rèn)真區(qū)分過。任何中國人都可能成為下一個(gè)犧牲者。在那段日子里，步槍的射擊聲一遍又一遍響起，但相比起來，被射殺者甚至可稱得上是幸運(yùn)的?；浇糖嗄陼?huì)南京分會(huì)教長費(fèi)吳生于12 月19 日記錄道：

我……也曾到我們使館的道格拉斯·金鏗斯家，國旗仍在，但他的家仆死在停車房……街上仍有許多尸體，我們所能看到的全是平民。佛教慈善組織紅卍字會(huì)愿意掩埋他們，但該會(huì)的卡車被偷了，用于送尸體火葬的棺材和若干佩戴會(huì)徽的工人都被弄走了。