1954年3月高教部下來調(diào)查，聽取北大工作匯報。事后高教部形成一個檢查報告，內(nèi)中稱：“北京大學(xué)在和馬寅初、湯用彤等的合作上基本做到尊重其職權(quán)，校內(nèi)一切公事都經(jīng)過馬寅初批閱，大事情都和他商量，做了的工作都向他匯報。在他出國的時候，江校長每月親筆向他報告工作。”所述的多是某一小段時間的事實，但實際上數(shù)年內(nèi)并不如此所為，這只能視之為官場慣常、應(yīng)付的書面表達方式。

真正的內(nèi)情通過一個細節(jié)可以窺探到：馬寅初不大管（或不能管）教學(xué)上的大事，卻對校內(nèi)清潔衛(wèi)生工的調(diào)動、職員的大小事都很關(guān)心，一有變化都要人向他報告。有一次北京政法學(xué)院工友因個人瑣事打了北大一職員，北大寫信給政法學(xué)院請求解決，馬寅初竟花了很多時間親自修改這封信件。

從目前保存下來的文件看，1953年、1954年江隆基寫了好幾件工作報告，都是直接以自己名義上報，一字不涉馬校長，譬如1953年8月27日，他用毛筆寫了萬言報告致中宣部、高教部、市委，內(nèi)容涉及學(xué)制延長一年、各系增設(shè)秘書一人并兼任支部書記、不適教員處理等重要行政事宜，全篇根本沒有提及馬寅初對這些事的表態(tài)如何。1953年10月4日晚，江隆基在臨湖軒與各系主任座談校內(nèi)工作安排，人員齊整，唯獨就缺馬寅初一人。

在如何使用黨外校長這一點上，清華大學(xué)黨委書記蔣南翔就比江隆基靈活巧妙。蔣南翔經(jīng)常會把對校內(nèi)重大事件的看法事先通告副校長劉仙洲及教務(wù)長錢偉長，并盡量讓他們出面主持，由他們給各系提出處理意見。這種溝通方式極為有效，劉仙洲的工作熱情比冷落的馬寅初要高漲許多。據(jù)高教部、教育部1954年3月24日《北大、清華、師大三校重點檢查統(tǒng)戰(zhàn)工作簡報》介紹，蔣南翔與劉仙洲共同管理教學(xué)，蔣南翔主管政治及人事工作，劉仙洲則兼管總務(wù)、圖書館、校長辦公室。劉對這樣的分工是滿意的，因而在工作中發(fā)揮了積極性，檢查各系教學(xué)計劃的會也主動由劉主持。簡報中對蔣南翔的統(tǒng)戰(zhàn)工作方法予以較高的認可：“南翔同志經(jīng)常將自己對校內(nèi)各種問題的看法，講給劉仙洲聽，以促進思想上的一致，便于他從思想上接受黨的領(lǐng)導(dǎo)?！?/p>

那幾年馬寅初在北大的境遇可以用“孤寂”來形容。細翻北大50年代中期檔案，可以發(fā)現(xiàn)上下重要溝通時往往都愿意繞過他這一關(guān)。偶有例外的是因高教部大學(xué)教育司一科長不通過北大校方，擅自決定聘請?zhí)K聯(lián)專家與留助教的數(shù)目與專業(yè)，高教部副部長楊秀峰1953年5月24日為此向北京市高校黨委會書記李樂光寫信致歉，并許諾將以馬敘倫部長名義正式函告馬寅初校長。