國立長沙臨時大學(xué)師生三路入滇示意圖西遷昆明時，國立長沙臨時大學(xué)師生兵分三路，大部分教師、家眷、女生和體弱的學(xué)生沿粵漢路和水路經(jīng)中國香港、越南而入中國云南；另一路線則是乘坐汽車，沿湘桂路經(jīng)中國廣西鎮(zhèn)南關(guān)、越南進(jìn)入中國云南；最艱苦危險的是第三條線路，由聞一多、黃子堅、曾昭掄、吳征鎰等11位教師和250名學(xué)生組成的“湘黔滇旅行團(tuán)”橫跨三省，沿湘黔公路步行前往中國云南，帶隊的兩個團(tuán)長，一個是張治中將軍派遣的中將黃師岳，一個是南開大學(xué)教務(wù)長黃鈺生。當(dāng)他們于1938年4月28日，歷時68天，行程3 500公里，從湖南徒步走到云南，面對著前來迎接的臨大常委梅貽琦，團(tuán)長黃師岳抬起手行了一個莊重的軍禮：“我把你的學(xué)生都給帶來了，一個都不錯，一個都不少，我交給你了?！边@一段艱苦卓絕的遷徙，被稱為教育史上的一次奇跡。

“湘黔滇旅行團(tuán)”抵達(dá)昆明，西南聯(lián)大常委梅貽琦親自前往迎接祝賀1942年，53歲的梅貽琦以清華大學(xué)校長的資格與北大校長蔣夢麟、南開校長張伯苓共同擔(dān)任西南聯(lián)大常委。因為張、蔣二人在重慶都另有要職，所以西南聯(lián)大的擔(dān)子就壓到了梅貽琦一個人肩上，用張伯苓對梅貽琦說的話就是“我的表你戴著”，而蔣夢麟則說“在聯(lián)大我不管就是管”。

北大、清華、南開各有各的傳統(tǒng)和風(fēng)格，要把這三個學(xué)校合并起來，又能互相融合并非易事。抗戰(zhàn)之初，國民政府曾經(jīng)設(shè)想組建東南、西北、西南三所聯(lián)合大學(xué)，其中，東南聯(lián)大胎死腹中，西北聯(lián)大先合后分，只有西南聯(lián)大從建立到抗戰(zhàn)勝利后解散，前后歷經(jīng)九年時間，成績卓然，這其中梅貽琦可以說是功不可沒。

三校聯(lián)合之初，就師生人數(shù)、資金數(shù)額、學(xué)科配備等實力比重而言，清華居首，北大次之，南開較弱，清華、南開本來有“通家之好”（梅貽琦是南開的首屆畢業(yè)生，張伯苓及其胞弟張彭春曾先后出任清華學(xué)校教務(wù)長，當(dāng)時代理南開事務(wù)的秘書長黃鈺生則畢業(yè)于清華），兩校之間的關(guān)系一直融洽，但是要讓一直以“最高學(xué)府”自詡的北大沒有意見，則是一件不容易的事情。

首先，梅貽琦在西南聯(lián)大處理三校關(guān)系時，始終不偏不倚，使得西南聯(lián)大能夠“同不妨異，異不害同；五色交輝，相得益彰；八音合奏，終和且平”。比如，梅貽琦為了解決抗戰(zhàn)時期西南聯(lián)大師生生活困難的問題，利用清華工科院系的人力和設(shè)備，在清華校友中募集資金，開辦了“清華服務(wù)社”，下設(shè)機(jī)械工廠、機(jī)制木材廠、農(nóng)場、碾米場等，其創(chuàng)造的收入不僅補(bǔ)貼清華教師，同時還用來補(bǔ)貼聯(lián)大教師。傅任敢總結(jié)梅貽琦之所以能夠如此的“關(guān)鍵與奧妙”，在于“梅校長的‘大’，他心中只有聯(lián)大，沒有清華了”。

其次，梅貽琦一直堅持“自由獨立，兼容并包”的辦學(xué)態(tài)度，西南聯(lián)大沒有因為政治原因辭退過一位教師，學(xué)生也可以自由選擇自己的信仰。當(dāng)時，國民政府欲加強(qiáng)對大學(xué)的控制，要求凡是院長一定要加入國民黨，西南聯(lián)大法商學(xué)院院長陳序經(jīng)對他的一個學(xué)生很堅決地說：“如果一定要我參加國民黨，我就不做這個院長！”1946年6月，梅貽琦在重慶和當(dāng)時的教育部部長朱家驊吃飯，他問朱家驊：大學(xué)可否不設(shè)訓(xùn)導(dǎo)長？青年團(tuán)可否不在校內(nèi)設(shè)分團(tuán)？一次在與傅斯年、楊振聲、聞一多、聞家駟、吳晗等左右兩派人物均有的聚會之后，梅貽琦在日記中寫道：“余對政治無深研究，于共產(chǎn)主義亦無大認(rèn)識，但頗懷疑。對于校局，則以為應(yīng)追隨蔡孑民先生兼容并包之態(tài)度，以恪盡學(xué)術(shù)自由之使命。昔日之所謂新舊，今之所謂左右，其在學(xué)校應(yīng)均予以自由探討之機(jī)會，情況正同。此昔日北大之所以為北大，而將來清華之為清華，正應(yīng)于此注意也?！?/p>