之所以樺山一行臨時決定分道揚鑣，是因為他們忽然得到一個“喜訊”，帝國政府終于決定啟動征臺計劃了。于是，這幫人遂臨時改變計劃，決定分路行動，兒玉一行繼續(xù)前往奇萊平原，樺山則留下接應(yīng)遠征軍。那么，日本政府為什么忽然又改弦更張了呢？

原來，自西鄉(xiāng)退隱之后，日本政局就動蕩不安。在野的征韓派與民權(quán)派組成強大的反政府聯(lián)盟，嚴(yán)重威脅到維新的穩(wěn)定推進。出于內(nèi)部問題外部化的考慮，大久保政權(quán)轉(zhuǎn)而支持出兵臺灣。

明治七年一月，太政大臣三條實美與右大臣巖倉具視都認為時下“對生蕃興問罪之師，實為必要的行動”。于是委托參議兼內(nèi)務(wù)卿大久保利通與參議兼大藏卿大隈重信聯(lián)合草擬了“臺灣蕃地處分要略”。

2月6日，在右大臣巖倉具視的家中召開了臺灣議題的內(nèi)閣會議。正式?jīng)Q定出兵。

閣議作出后，日本開始落實征臺事宜。在太政官內(nèi)設(shè)置了臺灣都督府。而李仙得也在3月13日向大隈重信遞交了第22號備忘錄“論占領(lǐng)及對生蕃之施政”和“論外國人之雇用辦法”。31日，李仙得又向西鄉(xiāng)從道提出了第23號備忘錄“論各船艦發(fā)纜程序以及雇用外國人著手占據(jù)之各方法”。其中很多建議被采納，為了凸顯這次行動的國際性，日本除用李仙得外，還雇傭了美國海軍少?？松忱眨S先鋒隊行動）、美國陸軍中尉奧瓦遜（負責(zé)建筑陣營）、英國人布朗（負責(zé)測量臺灣沿海及建設(shè)燈塔）、廈門洋行醫(yī)師曼遜（擔(dān)任原住民翻譯）同行壯膽。

4月，31歲的西鄉(xiāng)從道由陸軍少將升遷為陸軍中將，并被任命為“臺灣蕃地事務(wù)總裁”——這個名稱就非常不同尋常，標(biāo)舉了日本對臺灣主權(quán)的漠視。同時，陸軍少將谷干城、海軍少將赤松則良被任命為參軍。陸軍中佐佐久間左馬太、少佐福島九成為參謀。參議兼大藏卿大隈重信出任臺灣都督府事務(wù)局總裁。

4月6日，天皇召見了西鄉(xiāng)從道等三位將領(lǐng)，并發(fā)布敕書，稱：日本人受到暴殺，應(yīng)該興師問罪，給予相當(dāng)處分。彼等如不服罪，則臨機以兵力討之。爾后日本臣民一到當(dāng)?shù)?，?yīng)思防制土人暴害的辦法。此外，天皇還賜給西鄉(xiāng)從道西洋馬具一套和短槍一組。

4月9日，西鄉(xiāng)從道率領(lǐng)日進、孟春兩艘軍艦從品川港出發(fā)至長崎。抵達長崎后，和大久保進行了協(xié)商，并致函其兄隆盛，請求支援。西鄉(xiāng)隆盛自然大力支持，派出了300名精銳士族，以及由士官為中心組成的信號隊（45人），由大倉喜八郎帶領(lǐng)的500名各行業(yè)工匠前往支援。西鄉(xiāng)隆盛還親自到港口送行，以示激勵。

此外，日本遠征軍還帶去了和尚、記者等各色人物，以及182種西洋植物，不僅殖民而且殖植物，表達了日本要長久占領(lǐng)的目的。

此次行動日軍總計投入兵力為正規(guī)軍3658人，另“征集隊”295人，“義勇兵”51人。其中“征集隊”由為參戰(zhàn)而辭職的警保寮官員和巡警組成，“義勇兵”則以志愿征臺的士族為主。整支部隊對外自稱“臺灣生蕃探險隊”，真是荒唐莫名。