5月18日，日本軍與當(dāng)?shù)胤癜l(fā)生了第一次戰(zhàn)斗。5月22日，西鄉(xiāng)率領(lǐng)的1900人的后隊(duì)及給養(yǎng)運(yùn)輸船抵達(dá)瑯嶠灣，登陸射寮。同日200名日兵進(jìn)攻石門，與80余名原住民發(fā)生了雙方的第一次正面軍事沖突，牡丹社酋長(zhǎng)父子戰(zhàn)死。隨后日本掃蕩了牡丹社等多個(gè)番社，并開始建兵營(yíng)、修道路，造都督府，設(shè)醫(yī)院，修橋梁，筑道路，開荒屯田，作長(zhǎng)久之計(jì)，并向番民分發(fā)“燒餅旗”?？傊痪湓挘翰蛔吡恕?月21日，侵臺(tái)日軍指揮官西鄉(xiāng)從道甚至宣布已經(jīng)降服各社生番，大有開化番民，長(zhǎng)久控制的勢(shì)頭。

但是，日軍很快就遭遇了一個(gè)意料之外的強(qiáng)悍敵人，這個(gè)敵人就是大自然。

為了這次遠(yuǎn)征，日本籌備了1000只雞、6萬(wàn)個(gè)雞蛋、2300條鮭魚、60箱干鱈魚，還有大量的米、牛肉、咸魚、各類蔬菜。貌似準(zhǔn)備充分?？墒侨毡井?dāng)時(shí)并不具備遠(yuǎn)程運(yùn)輸?shù)谋ｕr技術(shù)，后勤安排是按照常規(guī)的三到五天的行程計(jì)劃的，而僅運(yùn)往臺(tái)灣就要十天，且不說(shuō)臺(tái)灣當(dāng)?shù)氐难谉釟夂?。結(jié)果就是肉和蔬菜到了臺(tái)灣就腐爛生蛆，其他食物也發(fā)生了不同程度的變質(zhì)。食物中毒加上傳染病橫行，共同給侵略者制造了一個(gè)災(zāi)難性的后果。

據(jù)參與是役的日本軍醫(yī)監(jiān)落合回憶，當(dāng)時(shí)日本士兵“所嘗到的艱難辛苦，究非筆墨所能詳述。在這海南絕島瘴癘之地……糧食本不完備，又加上運(yùn)輸困難，常為泥路及險(xiǎn)惡的斜坡所阻，戰(zhàn)斗部隊(duì)因此為饑渴所困，不知有多少次。有時(shí)只能靠腐爛發(fā)著惡臭的飯團(tuán)充饑……加之地勢(shì)炎熱如灼，設(shè)備又極簡(jiǎn)陋，所謂帳營(yíng)，也不過徒有其名，只是一塊天幕，有二三個(gè)月在其間煎熬，以致全軍都患痢疾，苦悶呻吟之聲，慘不忍聞”。甚至有五個(gè)病號(hào)因無(wú)法忍受，三人自縊，二人跳海。病情最嚴(yán)重的時(shí)候，西鄉(xiāng)本人跑了兩三次醫(yī)院，給他的勤務(wù)兵抓藥。其身先示范的作風(fēng)固然能收斂軍心，但西鄉(xiāng)自己卻已經(jīng)意識(shí)到，再耗下去，日軍必然“自動(dòng)瓦解”。據(jù)日軍戰(zhàn)后公布的數(shù)據(jù)，是役日軍死于戰(zhàn)事者僅12人，而死于疾病者則有550余名之多。

由于醫(yī)藥匱乏，到了9月末，病情已到了不可收拾的局面。日軍全軍幾乎無(wú)一人能幸免。疫情最糟糕的時(shí)候，一天中連死13人，有近一半的士兵已喪失吃飯的力氣。醫(yī)護(hù)人員自身也罹患了一樣的疾病倒臥在床。最后連服勞役的夫卒工作也只得雇傭附近的原住民協(xié)助。龜山分營(yíng)的日本兵營(yíng)連續(xù)兩次被颶風(fēng)吹倒，一開始日軍還進(jìn)行修復(fù)，但最后連修復(fù)的力氣也沒有了，竟任其傾倒在沙地上。同時(shí)，因?yàn)槭艿侥虾１╋L(fēng)肆虐的影響，糧食運(yùn)輸船無(wú)法靠岸，造成嚴(yán)重的軍中缺糧現(xiàn)象。

士兵如此，那些本著“長(zhǎng)治久安”的幻想來(lái)的移民們的境況更糟，“有從長(zhǎng)崎來(lái)的商販，分別經(jīng)營(yíng)屠牛店、蕎麥店、豆腐店等，試圖做軍隊(duì)的生意。剛開始的確門庭若市，但不到一個(gè)禮拜竟都罹患了惡疾，屠牛店、蕎麥店皆有人死去，其余的人也紛紛搭船離去?！弊詈筮B棺木店的老板也病死了，這一點(diǎn)尤其令日軍頭疼，因?yàn)槿铡⑶鍐试岬姆绞讲煌?，所以日軍只得選取簡(jiǎn)單材料，自行打造棺木。