明末清初，準(zhǔn)噶爾首領(lǐng)巴圖爾通過(guò)西藏達(dá)賴?yán)铽@得巴圖爾琿臺(tái)吉的稱號(hào)，其在信仰黃教的東部、西部蒙古諸部落中威望大增。巴圖爾很有政治抱負(fù)和謀略，為了振興準(zhǔn)噶爾蒙古，他采取了很多開(kāi)明有效的政治措施。

巴圖爾琿臺(tái)吉死后，其子僧格繼位。僧格在位沒(méi)幾年，就被同父異母的兄弟弒殺。正在西藏達(dá)賴?yán)镩T下修習(xí)沙門法的噶爾丹得到兄長(zhǎng)被謀殺的消息，在達(dá)賴?yán)锏壬咨蠈拥闹С窒?，打著為兄?fù)仇的旗號(hào)星夜兼程趕回新疆。噶爾丹是個(gè)野心勃勃的人，他的宏愿是一統(tǒng)蒙古、建立大蒙古帝國(guó)。

噶爾丹軍事上打擊政敵車臣、卓特巴巴圖爾的勢(shì)力，承襲為準(zhǔn)噶爾部大汗。他利用南疆和卓白山派和黑山派的矛盾，率兵滅亡了葉爾羌汗國(guó)，將南疆收入囊中。在政治上噶爾丹尋求達(dá)賴?yán)锏南逯?，被賜封為“博碩克圖汗”。與此同時(shí)，他還向清廷進(jìn)貢，上奏國(guó)內(nèi)重大事宜。

噶爾丹將準(zhǔn)噶爾的政治中心轉(zhuǎn)移到伊犁河谷后，其勢(shì)力不斷迅猛擴(kuò)張。為實(shí)施“東進(jìn)計(jì)劃”，噶爾丹妄圖吞并臣服于清朝的喀爾喀蒙古諸部，他率兵進(jìn)攻土謝圖汗，大肆搶劫牲畜和掠奪牧地，致使喀爾喀蒙古諸部損失慘重，被迫內(nèi)遷。此舉惹怒康熙皇帝，噶爾丹與清廷決裂。

噶爾丹得意忘形，進(jìn)一步揮師南下，屯駐于烏蘭布通，距離帝都北京僅700余里?？滴趸实叟豢啥?，御駕親征，經(jīng)過(guò)一番激戰(zhàn)后，擊潰噶爾丹的軍隊(duì)。噶爾丹逃竄流亡之際，他的侄子策妄阿拉布坦趁機(jī)占領(lǐng)了伊犁。

其后，噶爾丹集合舊部，再次入侵?？滴跤H率大軍與噶爾丹在昭莫多決戰(zhàn)，清軍幾路夾攻，噶爾丹慘敗。這一戰(zhàn)徹底打垮了噶爾丹，他走投無(wú)路，怨恨難平，暴斃而亡。

策妄阿拉布坦很有韜略和膽識(shí)，他繼位后大展宏圖，先是征服了哈薩克汗國(guó)，數(shù)次擊敗沙俄入侵，而后攻占了拉薩，在西藏建立了統(tǒng)治。策妄阿拉布坦以伊犁河谷為根據(jù)地，營(yíng)建宗教政治中心，使伊犁成為會(huì)宗之地。

準(zhǔn)噶爾人多從事游牧經(jīng)濟(jì)，為解決糧食需求，策妄阿拉布坦從南疆遷移維吾爾族農(nóng)民到伊犁河谷種地屯田，他們被稱為“塔蘭奇”，意思是種地的人。

策妄阿拉布坦死后，其子噶爾丹零策繼位。在這兩代父子的經(jīng)營(yíng)治理下，準(zhǔn)噶爾的勢(shì)力得到空前發(fā)展，疆域遼闊。清朝與準(zhǔn)噶爾部之間關(guān)系時(shí)好時(shí)壞，打來(lái)打去，互有勝負(fù)，陷入僵持，雙方精疲力竭，將士均有厭戰(zhàn)之意。后來(lái)清廷與噶爾丹零策協(xié)商，劃定了喀爾喀部與準(zhǔn)噶爾部的牧區(qū)界線，相互往來(lái)貿(mào)易，換取了20年的和平。

噶爾丹零策染上天花后病逝，準(zhǔn)噶爾部貴族因爭(zhēng)權(quán)奪利發(fā)生內(nèi)訌，四分五裂，實(shí)力遭到嚴(yán)重削弱。策妄阿拉布坦的外孫阿睦爾撒納與新汗王達(dá)瓦齊原是聯(lián)盟關(guān)系，后矛盾愈演愈烈，兵戎相見(jiàn)。阿睦爾撒納敗北后，投奔了清朝政府，在其再三游說(shuō)下，乾隆皇帝決定拔掉準(zhǔn)噶爾部這根扎在心頭的尖刺，況且這是康熙、雍正兩朝“籌辦未竟之事”。