改革開放至上世紀(jì)90年代，伊犁哈薩克自治州各方面工作都取得了不錯的成績，黨的組織建設(shè)也上了一個新臺階。面對復(fù)雜多變的國際形勢，反對民族分裂主義、維護(hù)民族團(tuán)結(jié)和祖國統(tǒng)一教育，顯得尤為突出和重要。1997年伊寧二五嚴(yán)重打砸搶騷亂事件，給各級黨委敲響了警鐘。集中治理整頓社會治安，嚴(yán)厲打擊暴力恐怖犯罪是各項工作的重中之重，下派大量干部分期分批到基層集中開展整治工作，對軟弱渙散、難以發(fā)揮作用的領(lǐng)導(dǎo)班子進(jìn)行及時調(diào)整和整頓，收效顯著。

2001年3月，為適應(yīng)社會經(jīng)濟(jì)發(fā)展、民族安定團(tuán)結(jié)的需要，新疆維吾爾自治區(qū)報經(jīng)國務(wù)院批準(zhǔn)，撤銷伊犁地區(qū)建制。伊犁哈薩克自治州黨委下轄塔城、阿勒泰兩個地委，直轄原伊犁地委所屬8縣一市委和奎屯市委。

深入學(xué)習(xí)和領(lǐng)會“三個代表”“科學(xué)發(fā)展觀”，堅決貫徹黨的十六大、十七大精神，對各級干部進(jìn)行信念教育，按照科學(xué)執(zhí)政、民主執(zhí)政、依法執(zhí)政的要求，建設(shè)各級領(lǐng)導(dǎo)班子，從機(jī)關(guān)、大中專畢業(yè)生中選拔優(yōu)秀年輕干部擔(dān)任鄉(xiāng)村和社區(qū)干部，保持黨同人民群眾的血肉聯(lián)系，開展黨員干部思想作風(fēng)建設(shè)。

經(jīng)過連續(xù)多年開展黨的先進(jìn)性教育和學(xué)習(xí)實(shí)踐科學(xué)發(fā)展觀活動，涌現(xiàn)了一批又一批為民務(wù)實(shí)、自覺維護(hù)民族團(tuán)結(jié)的先進(jìn)集體和先進(jìn)個人。其中，十八大代表、自治區(qū)優(yōu)秀黨員、模范村黨支部書記買買提江·吾買爾，全國“巾幗建功標(biāo)兵”、自治區(qū)民族團(tuán)結(jié)先進(jìn)個人、自治州優(yōu)秀共產(chǎn)黨員李元敏等是他們中間的典型代表。

2012年11月，黨的十八大明確要求全黨“必須牢記只有根植人民、造福人民，黨才能始終立于不敗之地；只有居安思危、勇于進(jìn)取，黨才能始終走在時代前列”。自治州黨委積極貫徹落實(shí)黨的十八精神，立足改革開放，各項事業(yè)不斷推進(jìn)。

2014年，黨風(fēng)廉政建設(shè)不斷深入，積極查找糾正“四風(fēng)”問題，一批違紀(jì)違法案件得到嚴(yán)肅查處，黨風(fēng)政風(fēng)進(jìn)一步好轉(zhuǎn)。結(jié)合新疆特殊的政治形勢和暴恐事件頻發(fā)的態(tài)勢，著力加強(qiáng)黨員干部政治堅強(qiáng)教育，樹立敢于擔(dān)當(dāng)、樂于奉獻(xiàn)精神。認(rèn)真學(xué)習(xí)領(lǐng)會習(xí)近平總書記關(guān)于中央新疆第二次座談會講話精神，學(xué)習(xí)領(lǐng)會自治區(qū)黨委八屆七次全委擴(kuò)大會議精神，深刻認(rèn)識中央關(guān)于新疆工作的戰(zhàn)略部署和各項要求，明確新疆穩(wěn)定與發(fā)展的辯證關(guān)系，從思想、行動上維護(hù)祖國統(tǒng)一和民族大團(tuán)結(jié)，反對民族分裂和一切非法宗教，各族黨員干部的思想達(dá)到新的統(tǒng)一。

在黨的領(lǐng)導(dǎo)下，伊犁哈薩克自治州經(jīng)歷了60年的風(fēng)風(fēng)雨雨、泥濘坎坷，最終踏上花香鳥語、安定幸福的小康之路。世界在發(fā)展，萬物在變化，面對新形勢、新機(jī)遇和新任務(wù)，伊犁州黨委團(tuán)結(jié)和帶領(lǐng)自治州各族人民，為實(shí)現(xiàn)伊犁的長治久安和中華民族偉大復(fù)興的中國夢，精誠團(tuán)結(jié)，勇往直前！