為此，中央書記處召開緊急會議，決定率中央機關(guān)及一、三軍團立即脫離險區(qū)，先行北上。可是，由鄧發(fā)率領(lǐng)的中央第二梯隊還在二十里以外的阿里，而該梯隊中還有一大批黨的高級干部，必須立即通知第二梯隊而又不能讓張國燾發(fā)現(xiàn)，以免他調(diào)動大軍對中央采取阻撓行動。負責(zé)這次緊急會議安全保衛(wèi)工作的時任三軍團保衛(wèi)局執(zhí)行部長楊奇清被毛澤東、周恩來、彭德懷、楊尚昆叫了過去，并由彭德懷簡明扼要地告訴他要把中央的緊急命令盡快送到第二梯隊。楊奇清應(yīng)聲請戰(zhàn)：“我親自送！”毛澤東搖了搖頭：“你目標太大?！敝芏鱽砼c彭德懷也表示了同樣的意見：不到萬不得已，楊奇清不要出馬，因為張國燾知道楊奇清的重要性，還因為張國燾已經(jīng)派出不少密探在暗中監(jiān)視黨中央——如果楊奇清在這非常時刻離開黨中央駐地前往第二梯隊，就必然會被密探們發(fā)覺而報告張國燾，引起懷疑。

楊奇清立刻找到政治可靠、辦事干練的保衛(wèi)局執(zhí)行部預(yù)審員葉運高，讓他來擔當此次緊急送信的特殊任務(wù)：“你跑步前進，不得有誤。8點出發(fā)，9點以前務(wù)必將命令親自交給鄧發(fā)同志。第二梯隊在凌晨3點前必須全部趕到阿西。已經(jīng)給你選好了一個手槍班，在路上如果遇到攔阻、人數(shù)不多就干掉；如果對方人多，就設(shè)法突圍；萬一你被他們抓住，一定要把信毀掉?！?/p>

很快，中央密令送到了第二梯隊。第二梯隊及時轉(zhuǎn)移，與中央機關(guān)和一、三軍團迅速撤離了危險區(qū)。等到張國燾收到密探們傳來的情報時，中央紅軍已遠在幾十里之外，他已經(jīng)鞭長莫及了。

1935年10月，中國工農(nóng)紅軍第一方面軍到達陜北。中央決定將徐海東部與劉志丹部合并組成紅十五軍團，調(diào)楊奇清擔任十五軍團保衛(wèi)局局長。次年6月，紅十五軍團與紅一軍團合并組成西征軍向隴東進發(fā)，鞏固和擴大陜甘根據(jù)地并接應(yīng)二、四方面軍出草地。隨后，紅十五軍團又為了打擊國民黨頑固派馬步芳的反動勢力，開辟陜甘寧邊區(qū)，進行西征。楊奇清負責(zé)西征軍的情報工作。他部署軍團保衛(wèi)局的干部們通過廣泛地做沿途百姓的工作，建立起情報工作，詳細了解敵人各方面的情況，使十五軍團的行動決策能做到“知己知彼，百戰(zhàn)不殆”。

1936年12月西安事變后，紅軍主力進駐陜西三原、耀縣一帶，楊奇清任中國工農(nóng)紅軍前敵司令部保衛(wèi)部部長。為了適應(yīng)革命形勢發(fā)展的需要，他在三原云陽鎮(zhèn)舉辦了較大規(guī)模的保衛(wèi)干部訓(xùn)練隊，既輪訓(xùn)在職的保衛(wèi)干部，也吸收一些優(yōu)秀的知識青年黨員，對于提高保衛(wèi)干部的素質(zhì)、擴大保衛(wèi)干部的隊伍起了重要作用。楊奇清不但要處理訓(xùn)練隊的各項事務(wù)，而且還親自給學(xué)員講課。這個訓(xùn)練隊的絕大部分學(xué)員，后來都成了保衛(wèi)戰(zhàn)線的骨干。