這樣處置了周新，朱棣也覺得草率。一天，朱棣降旨把有關周新的案卷全部調到手邊。里面有浙江總督和布政使的奏疏，有刑部力保周新的本章，還有浙江省百姓士紳上的萬民折，都要求保護直臣，嚴懲惡吏。據他派到民間刺探消息的內侍報告，杭州的一些老百姓，已經自發(fā)組織了一個請愿團，兩天前進了京，正在吏部、刑部等處為營救周新奔走。這一切都使他感到為難。

按說周新一案應發(fā)到刑部，由刑部、都察院、大理寺三大法司會審，但是他非常擔心刑部會替周新說話。何況只要官司移到刑部，許應先作為被告人，就要被拘捕審訊。在三大法司那森嚴的大堂上，如果許應先泄露了自己緝查朱允炆的隱私，那自己的顏面往哪里擺？所以朱棣下決心不讓刑部插手審理。

但是此案又絕不能發(fā)往自己最信任的錦衣衛(wèi)詔獄，因為這一案與錦衣衛(wèi)相牽連，如果由錦衣衛(wèi)審理，難免要受到言官的指責。

朱棣最痛恨的是周新放跑了他一心要抓的朱允炆，雖然這是紀綱憑空給周新安上的罪名，但朱棣卻深信不疑。自他登基以來，對那些忠于朱允炆的臣子，已經進行了大規(guī)模的殺戮，但他唯恐還有漏掉的，所以只要聽說誰與朱允炆有牽連，他是定斬不饒的。紀綱正是抓住了朱棣的這個心理特點，因而一告便準。但朱棣絕沒想到一個小小按察使竟會驚動這么多朝臣來替他說話，現在如果貿然殺掉周新，說不定會引起一場軒然大波，因此他幾次提起朱筆又都輕輕地放下了。朱棣左右權衡一時拿不定主意，就站起來在殿內來回踱步。

朱棣忽然也動了惻隱之心，他想起周新二十余年忠正廉潔，倒也值得可憐，不如順乎人心，將他放出官復原職罷了。這時他突然記起，上次審訊時，曾囑咐周新寫一道謝罪本章，不知他是否交上來了。如果謝罪本章已經送上來，正好順水推舟，赦他出去。于是，他喊道：“內侍！”

立即有兩名司禮監(jiān)秉筆太監(jiān)走進殿來候旨。朱棣問：“周新的奏章可曾送進來?”

太監(jiān)小心翼翼地回答：“已經送進來了。”

朱棣不滿地說：“為什么不隨周新案卷一齊呈報?”

太監(jiān)回稟道：“臣看周新的奏章，以為內中多有忌諱，沒敢呈送。”

朱棣把臉一沉說：“大膽，還不速速取來！”

那名太監(jiān)有些慌亂地叩了一個頭，趕緊把周新的奏折取來交給了朱棣。朱棣展開奏折，見折子中的蠅頭小楷寫得端端正正，字跡蒼勁有力，不知道的人絕不會相信這是一個遍身棒傷的人寫的，不覺點了點頭。但他看到奏折中的內容時，卻越看越生氣。原來周新在折中沒有一句謝罪的話，反而建議削減錦衣衛(wèi)官員到京師以外各省去緝查案件。這分明要斷皇帝的耳目，減弱皇權。朱棣不能忍耐了，他把周新的奏折狠狠地摔在了地上，提起朱筆，刷刷地寫下了“以逆臣罪名，立即處斬周新”的上諭。此后，六部言官中那些剛正之臣紛紛上本為周新鳴冤。這些奏本一概被朱棣留中不發(fā)。