在歐盟總部的架構(gòu)里，歐盟委員會(huì)相當(dāng)于“國(guó)務(wù)院”，歐盟委員會(huì)主席相當(dāng)于“總理”。正所謂“好事多磨”，巴羅佐還沒到布魯塞爾赴任就風(fēng)波不斷，讓他嘗到了“欺生”的味道。

第一個(gè)是組閣風(fēng)波，直接導(dǎo)致巴羅佐內(nèi)閣推遲上任近一個(gè)月。

按照歐盟的規(guī)則，歐盟委員會(huì)的組成人員分配原則是一個(gè)成員國(guó)一位，由成員國(guó)政府與歐盟委員會(huì)主席協(xié)商后提名，然后由歐洲議會(huì)全會(huì)對(duì)整個(gè)內(nèi)閣進(jìn)行表決批準(zhǔn)。然而，意大利提名的擬任內(nèi)政司法事務(wù)委員的歐洲事務(wù)部長(zhǎng)、天主教徒布蒂廖內(nèi)忽然頭腦發(fā)熱，對(duì)敏感的同性戀和婦女事宜出言不遜，得罪了許多歐洲議會(huì)議員。于是，一些歐洲議會(huì)議員威脅要對(duì)巴羅佐內(nèi)閣投反對(duì)票，導(dǎo)致了歐盟歷史上罕見的組閣危機(jī)。

盡管當(dāng)時(shí)擬投反對(duì)票的人數(shù)并未超過半數(shù)，不影響批準(zhǔn)結(jié)果，但巴羅佐不希望還沒上臺(tái)就跛腿，竟然推遲提交內(nèi)閣名單給歐洲議會(huì)。此后，經(jīng)過斡旋，意大利總理貝盧斯科尼同意重新提名當(dāng)時(shí)的外長(zhǎng)弗拉蒂尼頂替布蒂廖內(nèi)，巴羅佐內(nèi)閣終于在歐洲議會(huì)高票通過。不過，此時(shí)離法定正式就任時(shí)間已經(jīng)過去了近一個(gè)月。

第二個(gè)是豪華游艇風(fēng)波

2005年，德國(guó)《世界報(bào)》爆料稱，巴羅佐一家應(yīng)邀到希臘船業(yè)大亨、億萬(wàn)富翁Spiro Latsis的豪華游艇上度假一個(gè)星期，而這恰恰發(fā)生在巴羅佐領(lǐng)導(dǎo)的歐盟委員會(huì)批準(zhǔn)撥付Latisis的公司1000萬(wàn)歐元補(bǔ)貼之前一個(gè)月。巴羅佐后來解釋說，歐盟委員會(huì)的決定是在巴羅佐就任前一個(gè)月就已經(jīng)做出，屬于上屆歐盟委員會(huì)的決策，與他本人無關(guān)。

但是，英國(guó)的歐洲議會(huì)議員Nigel Farage并不善罷甘休，聯(lián)合另外70多名歐洲議會(huì)議員提出針對(duì)巴羅佐的“不信任案”動(dòng)議，要讓巴羅佐到歐洲議會(huì)接受質(zhì)詢。該動(dòng)議于2005年5月12日提出，巴羅佐于當(dāng)月26日接受了質(zhì)詢。記得，巴羅佐當(dāng)時(shí)語(yǔ)氣強(qiáng)烈地稱此動(dòng)議是“不公平、不公正、不合法和愚蠢”，并強(qiáng)調(diào)“我們從未涉及任何商業(yè)事務(wù)，玩游艇和我的工作之間沒有任何聯(lián)系。” 在支持巴羅佐的人民黨黨團(tuán)的運(yùn)作下，“不信任案”最終不了了之。