守天京的萬(wàn)余太平軍將士及官員弁目三千余人，全部戰(zhàn)死，無(wú)一人投降。洪仁玕保護(hù)幼主走安徽廣德。曾國(guó)藩在向朝廷報(bào)捷時(shí)說(shuō)：“洪逆倡亂粵西，于今十有五年，竊據(jù)金陵亦十二年，流毒海內(nèi)，神人共憤。其蹂躪竟及十六省，淪陷至六百余城之多……此次金陵城破，十余萬(wàn)賊無(wú)一降者，至聚眾自焚而不悔，實(shí)為古今罕見(jiàn)之劇寇?！?/p>

曾國(guó)藩說(shuō)無(wú)人投降，似乎是為湘軍陷城后的過(guò)重殺戮找借口。趙烈文在日記中說(shuō)，大部分太平軍士兵死于城陷時(shí)的戰(zhàn)斗，城破后死的反而不多，因?yàn)椴簧偃艘严蚬佘娡督?，并協(xié)助官軍搜掠財(cái)物，換取活命。城陷后死得更多的是無(wú)辜百姓。

江寧，全城陷入火海，直燒得天昏地暗、天愁地慘、天崩地裂，有些火是太平軍突圍時(shí)放的，有些是官軍搶劫財(cái)物后為了滅跡放的。從趙烈文的日記中，后人可以一睹天京城破后，一連七天七夜的搶掠、屠殺慘況：

計(jì)破城后，精壯長(zhǎng)毛除抗拒時(shí)被斬殺外，其余死者寥寥，大半為兵勇扛抬什物出城，或引各勇挖窖，得后即行縱放。城上四面縋下老廣賊匪不知若干，其老弱本地人民不能挑擔(dān)，又無(wú)窖可挖者，盡遭殺死。沿街死尸十之九皆老者，其幼孩未滿二三歲者亦斫戮以為戲。匍匐道上，婦女四十歲以下者，一人俱無(wú)，老者無(wú)不負(fù)傷，或十余刀，數(shù)十刀，哀號(hào)之聲達(dá)于四遠(yuǎn)，其亂如此，可為發(fā)指。

李鴻章沒(méi)參加江寧的攻城之戰(zhàn)。金陵城破后的第二天，即六月十七日，他上折表示擬抽隊(duì)會(huì)剿金陵。并寫(xiě)信告訴曾國(guó)荃，劉銘傳的隊(duì)伍將在七月中旬開(kāi)到金陵。當(dāng)時(shí)他還沒(méi)收到金陵城破的消息。等到他收到捷報(bào)后，便奏請(qǐng)改派各軍截剿戰(zhàn)敗外逃的太平軍。

六月二十日，李鴻章寫(xiě)信向曾國(guó)藩道賀：“江寧省城已于十六日克復(fù)，為之雀躍狂喜，師門(mén)與沅丈艱苦經(jīng)營(yíng)，憂勤顧慮，必須專(zhuān)克此城，以回東南數(shù)省劫運(yùn)，上酬主知，下副眾望。不世之功，必待非常之人。鴻章所為，每奉明詔與大咨，輒趦趄旁皇與不敢進(jìn)者也?！?/p>

他又寫(xiě)信向曾國(guó)荃道賀：“敬審擒獲忠逆及洪逆次兄，掃穴殲渠，功高百辟，快慰無(wú)似！兩年以來(lái)與忠逆搏戰(zhàn)最多，既深佩其狡猾，更積恨其忠勇，來(lái)諭阱虎乞憐，曾狗鼠之不若，殊可嗤也。洪秀全必須戮尸，以抒眾憤。其幼子想已竄出……偽府被焚，地窖當(dāng)必不少，如能掘得金穴，藉犒饑軍，稍償血戰(zhàn)之功，實(shí)所欣祝?！?/p>

捷報(bào)傳至紫禁城，兩宮太后命議政王、軍機(jī)大臣傳諭：

逆賊洪秀泉（全）等以數(shù)十萬(wàn)逆眾，久踞金陵，曾國(guó)荃等督兵圍攻，所部不滿五萬(wàn)，兩載以來(lái)，將城外賊壘悉數(shù)掃蕩，茲復(fù)于炎風(fēng)烈日之下，傷亡枕藉之余，并力猛攻，克拔堅(jiān)城，非曾國(guó)藩調(diào)度有方，曾國(guó)荃及各將士踴躍用命，不能建此奇勛。

朝廷論功行賞，曾國(guó)藩賞加太子太保銜，封一等侯爵（后賜侯號(hào)為毅勇），世襲罔替；曾國(guó)荃賞加太子少保銜，賜一等伯爵（威毅）；李鴻章賞加一等伯爵（肅毅）；均賞戴雙眼花翎。上諭對(duì)李鴻章的表彰詞為：“江蘇巡撫李鴻章統(tǒng)領(lǐng)中外水陸各軍，由上海一隅轉(zhuǎn)戰(zhàn)而前，連克蘇常府縣，并領(lǐng)兵出境，攻拔嘉興等處，現(xiàn)復(fù)協(xié)剿湖郡，扼守高（淳）、溧（水）一帶，使江南逆匪進(jìn)無(wú)援兵，退無(wú)竄路，實(shí)屬勇謀兼優(yōu)，著加恩錫封一等伯爵，并賞戴雙眼花翎。”

然而，勝利也帶來(lái)了一些意外的煩惱。有些人可共患難，但不可以同安樂(lè)，這個(gè)道理曾國(guó)藩當(dāng)然清楚，但沒(méi)想到這么快就應(yīng)驗(yàn)了。金陵攻克后，曾國(guó)藩在最早的捷報(bào)中，聲稱(chēng)太平天囯幼主已自焚死。但左宗棠的奏報(bào)中，卻毫不留情地指出幼主已突圍而去。這明顯是指曾國(guó)藩謊報(bào)軍情，夸大戰(zhàn)功。曾國(guó)藩?dú)鈵乐?，上奏稱(chēng)左宗棠于“杭州省城克復(fù)時(shí)，偽康王汪海洋、偽聽(tīng)王陳炳文兩股十萬(wàn)之余，全數(shù)逸出，尚未糾參” 。曾、左之間的矛盾，一下子公之于眾。兩人從此絕交，不通音問(wèn)。李鴻章與左宗棠，本來(lái)就有心結(jié)，這下自然是站在老師一邊，這又令他與左宗棠之間的裂痕，進(jìn)一步加深。