樊毅字智烈，南陽湖陽人。其祖父樊方興，梁散騎常侍、仁威將軍、司州刺史、魚復縣侯。父親樊文熾，梁散騎常侍、信武將軍、益州刺史、新蔡縣侯。樊毅出自將門，少習武善射。侯景之亂，樊毅率家兵隨叔父樊文皎援臺城。文皎于青溪陣亡，樊毅帶宗族子弟赴江陵，歸屬王僧辯，征討河東王蕭譽，因功授職為假節(jié)、威戎將軍、右中郎將。樊毅代兄樊俊任梁興太守，領(lǐng)三州游軍，隨宜豐侯蕭循征討陸陳書納于湘州。軍駐扎巴陵，還未安營扎寨，陸納潛軍夜襲，營內(nèi)叫嚷不安，將士們驚恐不已，樊毅只與左右數(shù)十人，于營門前奮力拼殺，斬十多首級，接著擊鼓傳命，軍心才定。因功授職為持節(jié)、通直散騎常侍、貞威將軍，封為夷道縣伯，食邑三百戶。不久任天門太守，晉爵為侯，增加食邑到一千戶。西魏圍攻江陵后，樊毅率兵赴援，江陵陷落后，被岳陽王拘捕，不久逃回。

　　高祖受禪，樊毅與弟樊猛起兵響應王琳，王琳敗后投奔北齊，太尉侯王真遣使招毅，樊毅率子弟和部下回朝。天嘉二年(561)，授任通直散騎常侍，接著隨侯王真進討巴、湘，累遷至武州刺史。太建初年，轉(zhuǎn)任豐州刺史，封為高昌縣侯，食邑一千戶。入京任左衛(wèi)將軍。五年眾軍北伐，樊毅率部攻打廣陵楚子城，攻下，又擊退北齊軍于潁口，北齊軍援助滄陵，再攻克。七年攻下潼州、下邳、高柵等大城。到了呂梁兵敗，詔令以樊毅為大都督，晉號平北將軍，率部渡過淮水，正對著清口筑城壘，與北周人相持，雨下了很久，城壘被浸壞，樊毅全軍回朝。不久遷任中領(lǐng)軍。十一年北周將領(lǐng)梁士彥帶兵圍攻壽陽，詔令以樊毅為都督北討前軍事，率水軍進至焦湖。不久授職為鎮(zhèn)西將軍、都督荊郢巴武四州水陸諸軍事。十二年晉督沔、漢諸軍事，因公事免職。十三年征辟授職為中護軍。不久遷任護軍將軍、荊州刺史。

　　后主即位，晉號征西將軍，改封為逍遙郡公，食邑三千戶，其他不變。入京任侍中、護軍將軍，到了隋兵渡江，樊毅對仆射袁憲說：“京口、采石，都為要沖，各需精兵數(shù)千，戰(zhàn)船二百，戰(zhàn)船都到江中，水陸共同防衛(wèi)。假如不這樣，大勢已去了?！敝T將都贊同他的建議。施文慶等人隱瞞隋兵消息，樊毅的計策未能實施。京城陷落，樊毅隨舊例入關(guān)，不久離世。