蕭寶夤，字智亮，蕭鸞的第六個(gè)兒子，蕭寶卷的同母弟弟。蕭鸞竊居皇位之后，封蕭寶夤為建安王。寶卷繼位后，任命他為車騎將軍、開府，領(lǐng)石頭城戍守軍事。寶卷昏憒狂虐，其直后劉靈運(yùn)等人謀求奉立蕭寶夤，秘密派人報(bào)告寶夤，寶夤答應(yīng)了這件事。于是迎接蕭寶夤率領(lǐng)石頭城文武官員兵卒向?qū)毦硭拥呐_(tái)城進(jìn)發(fā)，號稱清理君側(cè)，百姓隨從的有數(shù)百人。當(dāng)時(shí)正好是傍晚，城門關(guān)閉，寶夤于是焚燒三尚以及建鄴城，城上射下的箭矢殺死了數(shù)人，大家于是奔散而去。蕭寶夤棄車奔逃，被部尉捉拿送到寶卷那里，寶夤自己申述是被人所逼，寶卷也就不再怪罪他。寶卷弟弟寶融繼立，任命寶夤為衛(wèi)將軍、南徐州刺史，改封鄱陽王。
蕭衍攻克建業(yè)，殺其兄弟，準(zhǔn)備加害蕭寶夤，以兵守候他，但攻迫不太緊急。他家太監(jiān)顏文智與左右麻拱、黃神密謀，穿破墻壁，讓寶夤在夜里逃了出去。在江岸邊準(zhǔn)備好小船，脫下原來衣服，穿上烏布襦衣，腰間系上千文左右的錢，偷偷溜到江邊，脫掉鞋子，光腳行走，腳上的皮都走掉了。防守的人到天亮?xí)r才發(fā)現(xiàn)，追到江邊，寶夤裝扮成釣魚的，隨流漂浮上下十余里，追趕的人沒有懷疑，等到他們散去，才渡到長江西岸。于是寶夤委命投奔華文榮。文榮與其養(yǎng)子天龍、惠連等三人，棄家把蕭寶夤藏在山澗之中，租來驢子讓他坐上，晝伏夜行，景明二年(501)到了皇魏壽春的東城戍。戍主杜元倫查尋一番，知其確實(shí)是蕭氏之子，便以禮相待，馳馬稟告揚(yáng)州刺史、任城王元澄，元澄以車馬侍衛(wèi)迎接他。當(dāng)時(shí)寶夤十六歲，長時(shí)的徒步行走，使他形容憔悴，見到的人都以為他是被掠奪出賣的奴隸。元澄以客禮待他。寶夤請求元澄給他服喪的衣服，元澄派人曉示情禮，按喪兄的禮制，給他齊衰喪制的衣服，寶夤從命。元澄率領(lǐng)官僚前去吊唁，寶夤居處有禮，不飲酒不吃肉，不笑寡言，全同極哀的禮節(jié)。壽春城有許多故舊，都受其慰唁，只是不見夏侯一族，因?yàn)橄暮钇埻谑捬艿木壒省８娜帐拰氣沟皆文抢?，元澄深深地器重他?br />
景明三年(502)閏四月，帝下詔曰：“蕭寶夤深識(shí)大理，歸誠我魏，實(shí)屬有道之舉，他冒險(xiǎn)履艱，投命朝廷，微子、陳、韓也不能超過他?？膳汕灿鹆直O(jiān)、領(lǐng)主書劉桃符到任城王那里迎接。其資生所需之物，以及衣冠、車馬、在京的住房，交尚書都把它們準(zhǔn)備好?！钡仁拰氣沟搅司┏?，魏世宗很優(yōu)厚地對待他。寶夤伏訴皇闕之下，請兵向南征伐，雖遇暴風(fēng)大雨，他始終不移動(dòng)。
這年冬天，蕭衍江州刺史陳伯之與其長史褚胄等自壽春前來投降，蕭寶夤請軍立即前去受降。魏世宗以寶夤所述十分誠懇以及伯之所述，覺得時(shí)不可失，景明四年(503)二月，世宗于是召集高級官員到宮內(nèi)討論部署兵力的方法。四月，除蕭寶夤為使持節(jié)，都督東揚(yáng)、南徐、兗三州諸軍事，鎮(zhèn)東將軍，東揚(yáng)州刺史，丹陽郡開國公，齊王，配置兵力一萬人。任命文智等三人為積駑將軍，文榮等三人為強(qiáng)駑將軍，都為軍主。蕭寶夤雖然少被流俗所羈，但他志性雅重，過了喪服之期他仍然不食酒肉，慘形悴色，蔬食粗衣，從不嬉笑。等到受命南伐，貴臣顯要多前來憑托，他府上門庭賓客若市，掌管書寫記錄的官員也相尋而來，蕭寶夤接對應(yīng)答，分毫不失其理。
正始元年(504)三月，蕭寶夤到了汝陰，東城已被攻陷，于是停駐在壽春棲賢寺。這時(shí)，正逢敵姜慶真侵犯國境，老百姓紛紛歸附，敵人圍逼壽春，攻占據(jù)守在外城。寶夤親穿戰(zhàn)甲，率領(lǐng)部下打擊敵人，兩軍自四更交戰(zhàn)，戰(zhàn)斗持續(xù)到第二天晚上申時(shí)，敵人越來越多。蕭寶夤因兵少無援，退兵入金城。然后，又率軍出相國東門，督軍力戰(zhàn)，才把敵人打退。蕭寶夤壽春一戰(zhàn)，勇冠諸軍，聞見之人無不覺得他非常英勇。七月，還軍京師，朝廷改封其為梁郡開國公，食邑八百戶。
等到中山王元英南伐，蕭寶夤又上表請征。于是朝廷任命他為使持節(jié)、鎮(zhèn)東將軍、別將以繼元英，配備羽林、虎賁五百人。與元英一起頻頻破敗蕭衍部隊(duì)，乘勝又攻打鐘離?？烧昊春雍樗簽E，蕭寶夤與元英狼狽引退，士兵被淹死的十成有四五成。有關(guān)部門啟奏蕭寶夤據(jù)守東橋不力，才導(dǎo)致軍敗，理應(yīng)處之以極刑。帝詔曰：“蕭寶夤因難投誠，宜假以寬貸，可免死，免官削爵放還歸家?！?br />
不久，蕭寶夤娶南陽公主，帝賜帛一千匹，并賜給禮具。公主有婦德，侍奉蕭寶夤竭盡夫婦之禮，雖然二人成親多年，而她仍恭敬如初。蕭寶夤每每回家入室，公主必定站在門口等著他，相遇如賓，不是太妃病重，她從來沒有回娘家去過。寶夤性情溫順，待妻以禮，奉敬公主，夫妻和和睦睦，清河王元懌看在眼里，親近而看重他。
永平四年(511)，盧昶攻克蕭衍朐山戍，讓瑯笽戍主傅文驥駐守那里。蕭衍派兵攻打傅文驥，盧昶督軍救助，皇帝下詔讓蕭寶夤為使持節(jié)、假安南將軍、別將，長驅(qū)救戰(zhàn)，聽從盧昶調(diào)遣。帝賜給帛三百匹，世宗在東堂與他餞別。詔書曰：“蕭衍送死，連兵再犯我境，卿忠規(guī)內(nèi)樹，孝誠外亮，此番前去，必欲鞭尸吳墓，戮衍江陰，因此授卿以總統(tǒng)之職，朕完全依仗卿而靜候喜報(bào)，卿應(yīng)勉力征戰(zhàn)?！笔拰氣够卮鹫f：“仇恥未報(bào)，枕戈待旦，為臣雖無申包之志，但臣不敢忘伍子胥報(bào)仇之心。而今仰仗陛下神謀，為臣督促將帥，誓必摧敵氣勢，完成君王重托。陛下親為臣餞行，為臣不勝感泣。”說著淚如雨下，哽咽良久。后來，盧昶軍隊(duì)?wèi)K敗，只有蕭寶夤全師而還。
延昌初年，朝廷提拔他為安東將軍、瀛州刺史，復(fù)其齊王爵位。延昌四年(515)，遷任撫軍將軍、冀州刺史。等到大乘發(fā)生叛亂，蕭寶夤派兵討伐，屢屢被敵人戰(zhàn)敗。大軍到后，滅了敵人。靈太后臨朝，蕭寶夤大軍還歸京師。
蕭衍派他的將領(lǐng)康絢在浮山攔起堤壩，蓄淮河水準(zhǔn)備灌淹揚(yáng)州、徐州。朝廷提升蕭寶夤為使持節(jié)、都督東討諸軍事、鎮(zhèn)東將軍以討伐康絢。不久又封他為梁郡開國公，封邑在濟(jì)州濮陽。熙平初年(516～517)，敵人修成水壩，淮河水亂流，眼看就要危及揚(yáng)州、徐州，蕭寶夤在堰壩上游，更開新渠，引水注入淮澤，水勢稍微減小。他又派輕車將軍劉智文、虎威將軍劉延宗率領(lǐng)千余名壯士，乘著黑夜渡過淮河，放火焚燒敵人的竹木營寨，攻破敵人三處營壘，斬殺俘獲敵人數(shù)千名，斬殺敵人的直..將軍王升明后還歸本營，大火連燒數(shù)日。蕭衍將領(lǐng)垣孟孫、張僧副等率水軍三千人，渡過淮河，北攻統(tǒng)軍呂叵。蕭寶夤派府中司馬元達(dá)、統(tǒng)軍魏續(xù)年等率軍攻打，消滅了敵人，孟孫等人奔散退去。朝廷授他為左光祿大夫、殿中尚書。蕭寶夤又派軍主周恭叔率領(lǐng)數(shù)百壯士，乘夜晚渡到淮河以南，焚燒蕭衍的徐州刺史張豹子等十一座大營，敵人受到驚擾，互相殺害的很多。蕭寶夤還歸京城，又被朝廷除任為使持節(jié)、散騎常侍、都督荊、□、東洛三州諸軍事、衛(wèi)將軍、荊州刺史。寶夤未前去就任，又被任命為殿中尚書。
蕭寶夤在淮堰的時(shí)候，蕭衍給他寫了一封信說：“朕謝罪齊建安王寶夤。您的亡兄長沙宣武王，過去曾任職漢中，當(dāng)時(shí)正值北邊寇侵華陽，他身處絕隅，內(nèi)無蓄積兵糧，外無救援之軍，真可謂是守危疏勒，但他計(jì)超田單，卻終能保全境域破滅敵人，以弱為強(qiáng)。朝廷使者到州之日，君臣動(dòng)色，左右相賀，齊明帝每每念及此功，未嘗不停箸嗟嘆。等到張永、崔慧景事出，大將覆軍于外，小將懷異心于內(nèi)，事態(tài)危為累卵，形勢急迫過于一發(fā)千鈞。您的亡兄忠誠勇敢，精神奮發(fā)，旋師大峴，累日重圍敵人，一鼓作氣，擊潰敵人，平定慧景之亂，他的功勞超過齊桓晉文。您的亡弟衛(wèi)尉，兄弟同心戮力，盡心于帝廷內(nèi)外。然而，你們巨大的功勞不見回報(bào)，反而全家卻遭劫難，家中百口盡被處死。朕于齊明帝外有戡敵之力，內(nèi)盡帷幄之誠，日自三省，自己沒有些微過錯(cuò)，雖然自己身處邊外，也不免受到牽涉。齊明帝派劉山陰輕舟西上，被朕掩襲擒拿。當(dāng)時(shí)形勢危急，事情緊迫，確為不得已才那樣做的。當(dāng)時(shí)朕所以要誓師樊鄧，會(huì)擊孟津，本是想剪除梅蟲兒、茹法珍等，以雪冤酷，拔濟(jì)您身家親屬，以求還清白之身?？蛇m逢張稷、王珍國已建大事，寶日至、子晉屢動(dòng)危機(jī)，朕迫于樂推之心，順應(yīng)上天之命，迫不得已才就帝位，豈是朕當(dāng)初本意。之所以君臨天下，絕棄房室，斷除滋味，正是為了使四海之民見我為君本心而已。不要說今天朕的位置是那么重要，其實(shí)朕之視此，它還不如一草一芥的份量。雖說崆峒之跡難追，但汾陽之志何遠(yuǎn)。而今朕筑造此堰，卿您當(dāng)還不了解朕的用意。朕即使對昆蟲，猶且不欲加害，哪里談得上急于爭奪無用之地，以蒼生之命去打仗呢！正是由于李繼伯在壽陽，侵犯我邊境，日滋月甚?；蚬バ〕切∈?，或搶一村一里。如果朕小相應(yīng)付，國境終無寧日，會(huì)導(dǎo)致邊邑爭桑、吳楚連禍的局面。所以朕每每制止鎮(zhèn)戍將帥，不與計(jì)較。李繼伯既知朕這個(gè)想法，越發(fā)竊土更多。而今修造此堰，只是為了報(bào)答李繼伯侵略盜取之罪，這既不是什么大事，所以朕便不再移書告知魏廷。卿您幼年即有倜儻之心，早懷縱橫之氣。從前卿您在石頭城舉事，雖然不即成功，但行為亦是大丈夫之舉。而今羈留河、洛，確實(shí)與當(dāng)年情形相似。即使這樣，朕為卿著想，您還不如率領(lǐng)部隊(duì)，襲據(jù)彭城，朕當(dāng)別遣軍馬與卿呼應(yīng)。成功之后，朕便派您兄長子屏侍送卿國廟，并您家室以及諸侄從人。如果您打算歸北廷，當(dāng)更設(shè)奇計(jì)，以防機(jī)事差失，災(zāi)難又會(huì)來到，您千萬別像當(dāng)年韓信，出現(xiàn)受困于野雞的局面。”蕭寶夤上表把這封信送給朝廷，陳奏他的仇恨之意。朝廷下詔應(yīng)答。
蕭寶夤立志報(bào)仇雪恨，屢屢請求居邊。神龜年間，出任都督徐州、南兗州諸軍、車騎將軍、徐州刺史。于是在清河?xùn)|建起學(xué)館，月初月中引見當(dāng)?shù)匕傩盏淖拥?，和顏悅色，與他們一起討論經(jīng)義，蕭寶夤勤于政治，吏卒百姓都很敬愛他。共歷治三州，都以治績出名。
正光二年(521)，朝廷征拜他為車騎大將軍、尚書左仆射。蕭寶夤善于衙門公務(wù)，很有名聲。四年(523)，蕭寶夤上表說：
“臣聽說《堯典》有升貶之文，《周書》有考檢吏績之法，雖然其源頭難以尋探，但其道理也許可以尋知。大致在于官人用才，審于其人所在的狀況；練跡校名，驗(yàn)于政事虛實(shí)。哪能不以褒貶得之余論，優(yōu)劣著于歷試的呢？既聲譽(yù)盡于月初品評，品位定于黃紙，用效于名輩，事彰于臺(tái)閣，則賞罰標(biāo)準(zhǔn)，就有區(qū)別；是用還是不用，并不是沒有依據(jù)。即使是勇進(jìn)無退之輩，奔競于市里之中；過分無邊之請，奔馳于高門；顯貴之人還是要顧及到自己的聲譽(yù)品第，慎其予奪。器分定于下，爵位懸于上，不可妄自叨拈的緣故使其這樣。
“而今臣竊見考檢功績的典制，義理未明，臣敢盡衷言，試陳萬一。什么呢？臣竊思文武的名實(shí)，是人生的最高境界；德行的稱呼，為人們最重要的東西。忠貞之美，是為朝的美譽(yù)，仁義之號，是立身首端，自己不是職在九官之列，任充四域之職，授給這些稱號，賦予過譽(yù)大名，這將何以克止大名，應(yīng)對詢問。一段時(shí)間以來，官不論高下，人無論貴賤，全都飾辭假說，夸飾其美。涇渭同處一波，香惡共容一器，求官的人不能衡量己才大小，予官的人不能校其是非。于是便使官士相混，名與實(shí)錯(cuò)，雖說是考校功績，然事同普調(diào)，紛紛漫漫，哪能說得盡。
“又在京官員，一年一考。其中或有所事之主遷移數(shù)四，或所奉之君身名廢絕，或同僚離索，或同事凋零，雖然當(dāng)時(shí)文簿，記下其事，然日久月深之后，剝落都已干凈，同時(shí)之人都有去留，誰再掌握其當(dāng)初勤還是墮？或是停官休息數(shù)年，或是分離隔絕數(shù)千里，累年之后，朝廷才追訪其人聲跡，立其考功品第。這些人無不茍相悅附，共為唇齒，飾垢掩疵，妄加善評，只求得到官職就行了，其余什么都不顧惜。即使是賢達(dá)的君子，也難免染上這種病患；中人以下，還有什么好說的。官以求請而得到，身以請品而得立，上下互相蒙騙，再?zèng)]有比這更厲害的了。
“又經(jīng)常查訪人民的憂隱，都是守令的事，這種工作擔(dān)子不輕，責(zé)任也實(shí)在很重大。然而等到考校他們吏績，卻都以六年為一期，既而限滿代還，又要經(jīng)過六年才敘職，這樣就經(jīng)過了十二年，才能得到一個(gè)官階。而東西兩省，文武閑職、公府散佐、無事冗官，或者數(shù)旬才值一次班，或是一月才上兩次朝，等到考課之日，卻以四年為限。這樣十二年中，便會(huì)升三級。外任之官以職任辛勞，而升官之路至難；而此類散位虛名上的人，升官的路子卻很寬易。憑什么內(nèi)官外職的升遷懸殊，厚薄如此之大！
“臣又聽說，圣人的大寶叫位，想什么辦法守住位子叫仁。孟子也說：仁義忠信是天的爵位，公卿大夫是人的爵位。古代的人修立天爵而人爵隨之。所以雖然文飾質(zhì)樸異時(shí)不同，污濁隆盛殊世各異，各代無不實(shí)其名器，不隨便交人掌管。所以賞罰的權(quán)柄，無不是君主自持的。以至周代如此和藹，五叔卻無官職；漢代察舉，館陶徒請無復(fù)。這難道是那時(shí)的君主不重骨肉、厚私親？確實(shí)因?yàn)橘p罰之間，一念之差，則無以勸勉勤勞；至公做法稍有松懈，則邀官之徒便蠢動(dòng)相欺。所以人主至慎至惜，殷情考驗(yàn)如此。而況那些親非同脈，才非秀逸；或充他國之使，始無汗馬之勞；或說興利之策，終無十一之用。都是虛張無功，妄指贏益，坐以獲數(shù)階之官，冒成顯耀貴勢。這樣就會(huì)使巧詐萌生，詭辭蜂出，大家都挖空心思以求榮耀，千方百計(jì)去追逐名利。而掌握權(quán)柄的人，也知道這些情況，但是，抑制吧，其流已經(jīng)漫溢，引導(dǎo)吧，那還有什么綱紀(jì)而言。
“大凡琴瑟之音在于和諧，更張是為求其適合音調(diào)。去者既不可追，來者猶或宜改。臣查《周官》太宰之職：年終，則令官府各正其司守，接受大家評議，聽其述職，而詔于王；三年，則衡查群官的治績而決定誅賞。愚臣以為：今天可以大致依照其標(biāo)準(zhǔn)，在職官員，每年年終，本部門都明辨其居職日期，記述其才干德行好壞，審核其事實(shí)而注明上下，無稽說法，一律不取。列舉交給尚書，檢查其與事實(shí)符合與否。如果有紕繆，即糾正過來并處罰他們，不得又行推諉拖延，容其進(jìn)退。既定其優(yōu)劣，善惡交分。平庸下第之官，黜于凡俗以明王法；干練忠清的官員，選拔到重要崗位以記賞贊。匯總奏上。既奏之后，考功曹另外在黃紙、油帛上記寫。一份交給本部門的尚書與令、仆的官署，留府存檔；一份則交給侍中、黃門衙門，讓尚書掌管。這些要嚴(yán)加保管，不得開視，考核官績的時(shí)候，才能一起對照定奪。像這樣，就可保存實(shí)錄，制止奸詐行為。其內(nèi)官外職考定的辦法，裁定非庸職所管，臣請求引朝臣博議，以確立統(tǒng)一的辦法。像那些有殊謀異策、做的事情關(guān)系國家興廢，遠(yuǎn)近之人都眾口皆碑，物無異議的，自可臨時(shí)斟酌，不必拘泥常例。至于那些引比他人的訴求，貪榮求級的祈請，如果不把好關(guān)口，讓其溜過去了，則會(huì)蔓草難除，細(xì)流逐積，侵害國家大憲，擾亂美好章規(guī)。臣以為應(yīng)明加禁止斷除，以保全至治，開返本之路，杜塞弊端之門。像這樣那就會(huì)使吉士滿朝，優(yōu)劣煥然明晰了?！?br />
皇帝下詔交付官員廣泛討論，以定永恒法式，竟沒有結(jié)局。
正光五年(524)，蕭衍派其將裴邃、虞鴻等人率軍侵犯揚(yáng)州，皇帝下詔令蕭寶夤為使持節(jié)、散騎常侍、車騎大將軍、都督徐州東道諸軍事，率領(lǐng)諸將統(tǒng)兵討伐。接著揚(yáng)州刺史長孫稚大破裴邃軍馬，斬殺虞鴻，敵人于是奔散退去。
當(dāng)初，秦州城人薛珍、劉慶、杜遷等人反叛，殺了刺史李顏，推舉莫折大提為首，自稱秦王。大提不久死去，他的第四子念生竊取天子之號，改年號為“天建”，設(shè)立官員，以子阿胡為太子，其兄阿倪為西河王，弟天生為高陽王，伯父莫折珍為東郡王，伯父安保為平陽王。派天生率領(lǐng)部眾出隴東，攻陷氵開城，又攻下岐州，逮住元志、裴芬之等，于是侵犯雍州，屯軍黑水。朝廷十分擔(dān)憂，于是除任蕭寶夤為開府、西道行臺(tái)，率所部東行將統(tǒng)，為大都督西征西賊。魏肅宗到明堂為他餞別。
蕭寶夤與大都督崔延伯攻擊莫折天生，大破敵軍，斬獲敵人數(shù)十萬。追奔到了小隴，軍人掠奪民財(cái)，以致稽留不前，不速追討敵人，隴中道路又堵塞起來了。又進(jìn)軍討伐高平賊帥萬俟丑奴于安定，更有敗戰(zhàn)。當(dāng)時(shí)有天水人呂伯度兄弟，開始與念生一起叛逆，后來與兄呂眾在顯親自保，又聚眾討伐念生，戰(zhàn)敗之后，降歸胡琛。胡琛任命呂伯度為大都督、秦王，給他提供士兵馬匹，又征秦州，在成紀(jì)大敗念生的將領(lǐng)杜粲，又破其金城王莫折普賢于水洛城，于是到顯親。念生率領(lǐng)人馬，親自迎戰(zhàn)，伯度又被打得大敗。于是呂伯度背著胡琛，襲擊胡琛的將領(lǐng)劉拔，打敗擊退劉拔，派其兄子呂忻和率領(lǐng)人馬東引國軍。莫折念生迫于情急，于是詐降于蕭寶夤。朝廷喜伯度立義之功，授給他撫軍將軍、涇州刺史、平秦郡開國公的官爵，食邑三千戶。而大都督元修義、高聿，停軍隴口，久久不行西進(jìn)。莫折念生又反，呂伯度終被丑奴所殺。所以賊勢更甚。蕭寶夤不能制止。孝昌二年(526)四月，朝廷除授蕭寶夤為侍中、驃騎大將軍、儀同三司、假大將軍、尚書令，賜予后部鼓吹，增加封邑千戶。蕭寶夤初自黑水，終至平?jīng)?，與敵相對，數(shù)年攻戰(zhàn)，敵人也很懼怕他，關(guān)中地域得以保全，全賴寶夤之力。
孝昌三年(527)正月，除授司空公。蕭寶夤出師既久，兵將疲憊，這個(gè)月大敗，還軍雍州。仍停長安，收拾離散的人馬。有關(guān)部門議處寶夤死罪，帝詔恕罪削職為民。四月，朝廷又除授其為使持節(jié)，都督雍、涇、岐、南豳四州諸軍事，征西將軍，雍州刺史，假車騎大將軍，開府，西討大都督，關(guān)西軍馬，都受其節(jié)度。九月，莫折念生被其常山王杜粲所殺，一門盡被斬戮。杜粲據(jù)州請求歸降蕭寶夤。十月，朝廷除授他為散騎常侍、車騎將軍、尚書令，恢復(fù)舊封。
這時(shí)，太行山東、關(guān)西、寇賊橫行，王師屢屢敗北，人情沮喪。蕭寶夤自覺出軍累年，費(fèi)損很大，一旦兵敗，恐怕要遭猜忌罪責(zé)，心里很不安穩(wěn)。朝廷又派御史中尉酈道元為關(guān)中大使。寶夤說這是朝廷想算計(jì)他，更加惶恐不安。而長安輕薄之徒，又加勸說。道元行到陰盤驛，蕭寶夤密派其將郭子恢等攻而殺之，詐收道元尸體，上表謊稱其為敵人所害。又殺了都督、南平王仲礒。這個(gè)月，蕭寶夤反叛朝廷，僭立帝號，大赦部管域內(nèi)，稱號隆緒元年，設(shè)置百官。又派郭子恢東侵潼關(guān)，行臺(tái)張始榮圍攻華州刺史崔襲。帝下詔讓尚書仆射行臺(tái)長孫稚討伐。當(dāng)時(shí)北地人毛鴻賓與其兄毛遐招集義民為兵，準(zhǔn)備討伐蕭寶夤。寶夤派其大將軍盧祖遷等攻打毛遐，被遐所殺。寶夤又派其將侯終德前去攻打毛遐。恰逢郭子恢被官軍打敗，長孫稚又派子長孫子彥在華州攻破始榮，終德因此受挫，回戈復(fù)取蕭寶夤。軍隊(duì)到了白門，蕭寶夤方才覺察到，率軍與終德交戰(zhàn)，戰(zhàn)敗，寶夤攜公主以及小兒子與百余名部下，從城后門出逃，渡過渭橋，投奔寧夷巴人張宕昌、劉興周家。不久奔?xì)w丑奴，丑奴以蕭寶夤為太傅。
永安三年(530)，都督爾朱天光派賀拔岳等在安定大破丑奴，追擒丑奴、寶夤，一并送到京城。帝詔安置在閶闔門外都街之中，京師百姓，都來觀看，一共經(jīng)歷三天。吏部尚書李神俊、黃門侍郎高道穆都與蕭寶夤素有舊情，二人相約，一同言于莊帝，說“其叛逆也是前朝的事”，希望能赦免死罪。恰逢應(yīng)詔王道習(xí)當(dāng)時(shí)從外面進(jìn)來，莊帝問道習(xí)在外面聽說了什么。道習(xí)說：“只聽說陛下不想殺掉蕭寶夤。”帝問緣故。道習(xí)說：“人們說：李尚書、高黃門與蕭寶夤交情很好，二人都身處近臣位置，必定能夠保全寶夤性命?！钡懒?xí)說：“如說寶夤叛逆是在前朝，便可寬恕他。但蕭寶夤敗于長安，走為丑奴太傅，難道不是陛下您臨治之日？賊臣不殺，法律怎么實(shí)施呢？”莊帝覺得有道理，于是賜寶夤在太仆碆牛署自殺。蕭寶夤將死時(shí)，李神俊提酒前來與他敘舊，二人對之，李神俊淚下。而蕭寶夤泰然自若，一點(diǎn)也不害怕，只說“推天委命，只恨不能終其臣節(jié)”而已。公主攜家眷與蕭寶夤訣別，痛哭極哀。寶夤死時(shí)，面不改色。蕭寶夤有三個(gè)兒子，都是公主所生，但都平庸陋劣。
蕭衍攻克建業(yè)，殺其兄弟，準(zhǔn)備加害蕭寶夤，以兵守候他，但攻迫不太緊急。他家太監(jiān)顏文智與左右麻拱、黃神密謀，穿破墻壁，讓寶夤在夜里逃了出去。在江岸邊準(zhǔn)備好小船，脫下原來衣服，穿上烏布襦衣，腰間系上千文左右的錢，偷偷溜到江邊，脫掉鞋子，光腳行走，腳上的皮都走掉了。防守的人到天亮?xí)r才發(fā)現(xiàn)，追到江邊，寶夤裝扮成釣魚的，隨流漂浮上下十余里，追趕的人沒有懷疑，等到他們散去，才渡到長江西岸。于是寶夤委命投奔華文榮。文榮與其養(yǎng)子天龍、惠連等三人，棄家把蕭寶夤藏在山澗之中，租來驢子讓他坐上，晝伏夜行，景明二年(501)到了皇魏壽春的東城戍。戍主杜元倫查尋一番，知其確實(shí)是蕭氏之子，便以禮相待，馳馬稟告揚(yáng)州刺史、任城王元澄，元澄以車馬侍衛(wèi)迎接他。當(dāng)時(shí)寶夤十六歲，長時(shí)的徒步行走，使他形容憔悴，見到的人都以為他是被掠奪出賣的奴隸。元澄以客禮待他。寶夤請求元澄給他服喪的衣服，元澄派人曉示情禮，按喪兄的禮制，給他齊衰喪制的衣服，寶夤從命。元澄率領(lǐng)官僚前去吊唁，寶夤居處有禮，不飲酒不吃肉，不笑寡言，全同極哀的禮節(jié)。壽春城有許多故舊，都受其慰唁，只是不見夏侯一族，因?yàn)橄暮钇埻谑捬艿木壒省８娜帐拰氣沟皆文抢?，元澄深深地器重他?br />
景明三年(502)閏四月，帝下詔曰：“蕭寶夤深識(shí)大理，歸誠我魏，實(shí)屬有道之舉，他冒險(xiǎn)履艱，投命朝廷，微子、陳、韓也不能超過他?？膳汕灿鹆直O(jiān)、領(lǐng)主書劉桃符到任城王那里迎接。其資生所需之物，以及衣冠、車馬、在京的住房，交尚書都把它們準(zhǔn)備好?！钡仁拰氣沟搅司┏?，魏世宗很優(yōu)厚地對待他。寶夤伏訴皇闕之下，請兵向南征伐，雖遇暴風(fēng)大雨，他始終不移動(dòng)。
這年冬天，蕭衍江州刺史陳伯之與其長史褚胄等自壽春前來投降，蕭寶夤請軍立即前去受降。魏世宗以寶夤所述十分誠懇以及伯之所述，覺得時(shí)不可失，景明四年(503)二月，世宗于是召集高級官員到宮內(nèi)討論部署兵力的方法。四月，除蕭寶夤為使持節(jié)，都督東揚(yáng)、南徐、兗三州諸軍事，鎮(zhèn)東將軍，東揚(yáng)州刺史，丹陽郡開國公，齊王，配置兵力一萬人。任命文智等三人為積駑將軍，文榮等三人為強(qiáng)駑將軍，都為軍主。蕭寶夤雖然少被流俗所羈，但他志性雅重，過了喪服之期他仍然不食酒肉，慘形悴色，蔬食粗衣，從不嬉笑。等到受命南伐，貴臣顯要多前來憑托，他府上門庭賓客若市，掌管書寫記錄的官員也相尋而來，蕭寶夤接對應(yīng)答，分毫不失其理。
正始元年(504)三月，蕭寶夤到了汝陰，東城已被攻陷，于是停駐在壽春棲賢寺。這時(shí)，正逢敵姜慶真侵犯國境，老百姓紛紛歸附，敵人圍逼壽春，攻占據(jù)守在外城。寶夤親穿戰(zhàn)甲，率領(lǐng)部下打擊敵人，兩軍自四更交戰(zhàn)，戰(zhàn)斗持續(xù)到第二天晚上申時(shí)，敵人越來越多。蕭寶夤因兵少無援，退兵入金城。然后，又率軍出相國東門，督軍力戰(zhàn)，才把敵人打退。蕭寶夤壽春一戰(zhàn)，勇冠諸軍，聞見之人無不覺得他非常英勇。七月，還軍京師，朝廷改封其為梁郡開國公，食邑八百戶。
等到中山王元英南伐，蕭寶夤又上表請征。于是朝廷任命他為使持節(jié)、鎮(zhèn)東將軍、別將以繼元英，配備羽林、虎賁五百人。與元英一起頻頻破敗蕭衍部隊(duì)，乘勝又攻打鐘離?？烧昊春雍樗簽E，蕭寶夤與元英狼狽引退，士兵被淹死的十成有四五成。有關(guān)部門啟奏蕭寶夤據(jù)守東橋不力，才導(dǎo)致軍敗，理應(yīng)處之以極刑。帝詔曰：“蕭寶夤因難投誠，宜假以寬貸，可免死，免官削爵放還歸家?！?br />
不久，蕭寶夤娶南陽公主，帝賜帛一千匹，并賜給禮具。公主有婦德，侍奉蕭寶夤竭盡夫婦之禮，雖然二人成親多年，而她仍恭敬如初。蕭寶夤每每回家入室，公主必定站在門口等著他，相遇如賓，不是太妃病重，她從來沒有回娘家去過。寶夤性情溫順，待妻以禮，奉敬公主，夫妻和和睦睦，清河王元懌看在眼里，親近而看重他。
永平四年(511)，盧昶攻克蕭衍朐山戍，讓瑯笽戍主傅文驥駐守那里。蕭衍派兵攻打傅文驥，盧昶督軍救助，皇帝下詔讓蕭寶夤為使持節(jié)、假安南將軍、別將，長驅(qū)救戰(zhàn)，聽從盧昶調(diào)遣。帝賜給帛三百匹，世宗在東堂與他餞別。詔書曰：“蕭衍送死，連兵再犯我境，卿忠規(guī)內(nèi)樹，孝誠外亮，此番前去，必欲鞭尸吳墓，戮衍江陰，因此授卿以總統(tǒng)之職，朕完全依仗卿而靜候喜報(bào)，卿應(yīng)勉力征戰(zhàn)?！笔拰氣够卮鹫f：“仇恥未報(bào)，枕戈待旦，為臣雖無申包之志，但臣不敢忘伍子胥報(bào)仇之心。而今仰仗陛下神謀，為臣督促將帥，誓必摧敵氣勢，完成君王重托。陛下親為臣餞行，為臣不勝感泣。”說著淚如雨下，哽咽良久。后來，盧昶軍隊(duì)?wèi)K敗，只有蕭寶夤全師而還。
延昌初年，朝廷提拔他為安東將軍、瀛州刺史，復(fù)其齊王爵位。延昌四年(515)，遷任撫軍將軍、冀州刺史。等到大乘發(fā)生叛亂，蕭寶夤派兵討伐，屢屢被敵人戰(zhàn)敗。大軍到后，滅了敵人。靈太后臨朝，蕭寶夤大軍還歸京師。
蕭衍派他的將領(lǐng)康絢在浮山攔起堤壩，蓄淮河水準(zhǔn)備灌淹揚(yáng)州、徐州。朝廷提升蕭寶夤為使持節(jié)、都督東討諸軍事、鎮(zhèn)東將軍以討伐康絢。不久又封他為梁郡開國公，封邑在濟(jì)州濮陽。熙平初年(516～517)，敵人修成水壩，淮河水亂流，眼看就要危及揚(yáng)州、徐州，蕭寶夤在堰壩上游，更開新渠，引水注入淮澤，水勢稍微減小。他又派輕車將軍劉智文、虎威將軍劉延宗率領(lǐng)千余名壯士，乘著黑夜渡過淮河，放火焚燒敵人的竹木營寨，攻破敵人三處營壘，斬殺俘獲敵人數(shù)千名，斬殺敵人的直..將軍王升明后還歸本營，大火連燒數(shù)日。蕭衍將領(lǐng)垣孟孫、張僧副等率水軍三千人，渡過淮河，北攻統(tǒng)軍呂叵。蕭寶夤派府中司馬元達(dá)、統(tǒng)軍魏續(xù)年等率軍攻打，消滅了敵人，孟孫等人奔散退去。朝廷授他為左光祿大夫、殿中尚書。蕭寶夤又派軍主周恭叔率領(lǐng)數(shù)百壯士，乘夜晚渡到淮河以南，焚燒蕭衍的徐州刺史張豹子等十一座大營，敵人受到驚擾，互相殺害的很多。蕭寶夤還歸京城，又被朝廷除任為使持節(jié)、散騎常侍、都督荊、□、東洛三州諸軍事、衛(wèi)將軍、荊州刺史。寶夤未前去就任，又被任命為殿中尚書。
蕭寶夤在淮堰的時(shí)候，蕭衍給他寫了一封信說：“朕謝罪齊建安王寶夤。您的亡兄長沙宣武王，過去曾任職漢中，當(dāng)時(shí)正值北邊寇侵華陽，他身處絕隅，內(nèi)無蓄積兵糧，外無救援之軍，真可謂是守危疏勒，但他計(jì)超田單，卻終能保全境域破滅敵人，以弱為強(qiáng)。朝廷使者到州之日，君臣動(dòng)色，左右相賀，齊明帝每每念及此功，未嘗不停箸嗟嘆。等到張永、崔慧景事出，大將覆軍于外，小將懷異心于內(nèi)，事態(tài)危為累卵，形勢急迫過于一發(fā)千鈞。您的亡兄忠誠勇敢，精神奮發(fā)，旋師大峴，累日重圍敵人，一鼓作氣，擊潰敵人，平定慧景之亂，他的功勞超過齊桓晉文。您的亡弟衛(wèi)尉，兄弟同心戮力，盡心于帝廷內(nèi)外。然而，你們巨大的功勞不見回報(bào)，反而全家卻遭劫難，家中百口盡被處死。朕于齊明帝外有戡敵之力，內(nèi)盡帷幄之誠，日自三省，自己沒有些微過錯(cuò)，雖然自己身處邊外，也不免受到牽涉。齊明帝派劉山陰輕舟西上，被朕掩襲擒拿。當(dāng)時(shí)形勢危急，事情緊迫，確為不得已才那樣做的。當(dāng)時(shí)朕所以要誓師樊鄧，會(huì)擊孟津，本是想剪除梅蟲兒、茹法珍等，以雪冤酷，拔濟(jì)您身家親屬，以求還清白之身?？蛇m逢張稷、王珍國已建大事，寶日至、子晉屢動(dòng)危機(jī)，朕迫于樂推之心，順應(yīng)上天之命，迫不得已才就帝位，豈是朕當(dāng)初本意。之所以君臨天下，絕棄房室，斷除滋味，正是為了使四海之民見我為君本心而已。不要說今天朕的位置是那么重要，其實(shí)朕之視此，它還不如一草一芥的份量。雖說崆峒之跡難追，但汾陽之志何遠(yuǎn)。而今朕筑造此堰，卿您當(dāng)還不了解朕的用意。朕即使對昆蟲，猶且不欲加害，哪里談得上急于爭奪無用之地，以蒼生之命去打仗呢！正是由于李繼伯在壽陽，侵犯我邊境，日滋月甚?；蚬バ〕切∈?，或搶一村一里。如果朕小相應(yīng)付，國境終無寧日，會(huì)導(dǎo)致邊邑爭桑、吳楚連禍的局面。所以朕每每制止鎮(zhèn)戍將帥，不與計(jì)較。李繼伯既知朕這個(gè)想法，越發(fā)竊土更多。而今修造此堰，只是為了報(bào)答李繼伯侵略盜取之罪，這既不是什么大事，所以朕便不再移書告知魏廷。卿您幼年即有倜儻之心，早懷縱橫之氣。從前卿您在石頭城舉事，雖然不即成功，但行為亦是大丈夫之舉。而今羈留河、洛，確實(shí)與當(dāng)年情形相似。即使這樣，朕為卿著想，您還不如率領(lǐng)部隊(duì)，襲據(jù)彭城，朕當(dāng)別遣軍馬與卿呼應(yīng)。成功之后，朕便派您兄長子屏侍送卿國廟，并您家室以及諸侄從人。如果您打算歸北廷，當(dāng)更設(shè)奇計(jì)，以防機(jī)事差失，災(zāi)難又會(huì)來到，您千萬別像當(dāng)年韓信，出現(xiàn)受困于野雞的局面。”蕭寶夤上表把這封信送給朝廷，陳奏他的仇恨之意。朝廷下詔應(yīng)答。
蕭寶夤立志報(bào)仇雪恨，屢屢請求居邊。神龜年間，出任都督徐州、南兗州諸軍、車騎將軍、徐州刺史。于是在清河?xùn)|建起學(xué)館，月初月中引見當(dāng)?shù)匕傩盏淖拥?，和顏悅色，與他們一起討論經(jīng)義，蕭寶夤勤于政治，吏卒百姓都很敬愛他。共歷治三州，都以治績出名。
正光二年(521)，朝廷征拜他為車騎大將軍、尚書左仆射。蕭寶夤善于衙門公務(wù)，很有名聲。四年(523)，蕭寶夤上表說：
“臣聽說《堯典》有升貶之文，《周書》有考檢吏績之法，雖然其源頭難以尋探，但其道理也許可以尋知。大致在于官人用才，審于其人所在的狀況；練跡校名，驗(yàn)于政事虛實(shí)。哪能不以褒貶得之余論，優(yōu)劣著于歷試的呢？既聲譽(yù)盡于月初品評，品位定于黃紙，用效于名輩，事彰于臺(tái)閣，則賞罰標(biāo)準(zhǔn)，就有區(qū)別；是用還是不用，并不是沒有依據(jù)。即使是勇進(jìn)無退之輩，奔競于市里之中；過分無邊之請，奔馳于高門；顯貴之人還是要顧及到自己的聲譽(yù)品第，慎其予奪。器分定于下，爵位懸于上，不可妄自叨拈的緣故使其這樣。
“而今臣竊見考檢功績的典制，義理未明，臣敢盡衷言，試陳萬一。什么呢？臣竊思文武的名實(shí)，是人生的最高境界；德行的稱呼，為人們最重要的東西。忠貞之美，是為朝的美譽(yù)，仁義之號，是立身首端，自己不是職在九官之列，任充四域之職，授給這些稱號，賦予過譽(yù)大名，這將何以克止大名，應(yīng)對詢問。一段時(shí)間以來，官不論高下，人無論貴賤，全都飾辭假說，夸飾其美。涇渭同處一波，香惡共容一器，求官的人不能衡量己才大小，予官的人不能校其是非。于是便使官士相混，名與實(shí)錯(cuò)，雖說是考校功績，然事同普調(diào)，紛紛漫漫，哪能說得盡。
“又在京官員，一年一考。其中或有所事之主遷移數(shù)四，或所奉之君身名廢絕，或同僚離索，或同事凋零，雖然當(dāng)時(shí)文簿，記下其事，然日久月深之后，剝落都已干凈，同時(shí)之人都有去留，誰再掌握其當(dāng)初勤還是墮？或是停官休息數(shù)年，或是分離隔絕數(shù)千里，累年之后，朝廷才追訪其人聲跡，立其考功品第。這些人無不茍相悅附，共為唇齒，飾垢掩疵，妄加善評，只求得到官職就行了，其余什么都不顧惜。即使是賢達(dá)的君子，也難免染上這種病患；中人以下，還有什么好說的。官以求請而得到，身以請品而得立，上下互相蒙騙，再?zèng)]有比這更厲害的了。
“又經(jīng)常查訪人民的憂隱，都是守令的事，這種工作擔(dān)子不輕，責(zé)任也實(shí)在很重大。然而等到考校他們吏績，卻都以六年為一期，既而限滿代還，又要經(jīng)過六年才敘職，這樣就經(jīng)過了十二年，才能得到一個(gè)官階。而東西兩省，文武閑職、公府散佐、無事冗官，或者數(shù)旬才值一次班，或是一月才上兩次朝，等到考課之日，卻以四年為限。這樣十二年中，便會(huì)升三級。外任之官以職任辛勞，而升官之路至難；而此類散位虛名上的人，升官的路子卻很寬易。憑什么內(nèi)官外職的升遷懸殊，厚薄如此之大！
“臣又聽說，圣人的大寶叫位，想什么辦法守住位子叫仁。孟子也說：仁義忠信是天的爵位，公卿大夫是人的爵位。古代的人修立天爵而人爵隨之。所以雖然文飾質(zhì)樸異時(shí)不同，污濁隆盛殊世各異，各代無不實(shí)其名器，不隨便交人掌管。所以賞罰的權(quán)柄，無不是君主自持的。以至周代如此和藹，五叔卻無官職；漢代察舉，館陶徒請無復(fù)。這難道是那時(shí)的君主不重骨肉、厚私親？確實(shí)因?yàn)橘p罰之間，一念之差，則無以勸勉勤勞；至公做法稍有松懈，則邀官之徒便蠢動(dòng)相欺。所以人主至慎至惜，殷情考驗(yàn)如此。而況那些親非同脈，才非秀逸；或充他國之使，始無汗馬之勞；或說興利之策，終無十一之用。都是虛張無功，妄指贏益，坐以獲數(shù)階之官，冒成顯耀貴勢。這樣就會(huì)使巧詐萌生，詭辭蜂出，大家都挖空心思以求榮耀，千方百計(jì)去追逐名利。而掌握權(quán)柄的人，也知道這些情況，但是，抑制吧，其流已經(jīng)漫溢，引導(dǎo)吧，那還有什么綱紀(jì)而言。
“大凡琴瑟之音在于和諧，更張是為求其適合音調(diào)。去者既不可追，來者猶或宜改。臣查《周官》太宰之職：年終，則令官府各正其司守，接受大家評議，聽其述職，而詔于王；三年，則衡查群官的治績而決定誅賞。愚臣以為：今天可以大致依照其標(biāo)準(zhǔn)，在職官員，每年年終，本部門都明辨其居職日期，記述其才干德行好壞，審核其事實(shí)而注明上下，無稽說法，一律不取。列舉交給尚書，檢查其與事實(shí)符合與否。如果有紕繆，即糾正過來并處罰他們，不得又行推諉拖延，容其進(jìn)退。既定其優(yōu)劣，善惡交分。平庸下第之官，黜于凡俗以明王法；干練忠清的官員，選拔到重要崗位以記賞贊。匯總奏上。既奏之后，考功曹另外在黃紙、油帛上記寫。一份交給本部門的尚書與令、仆的官署，留府存檔；一份則交給侍中、黃門衙門，讓尚書掌管。這些要嚴(yán)加保管，不得開視，考核官績的時(shí)候，才能一起對照定奪。像這樣，就可保存實(shí)錄，制止奸詐行為。其內(nèi)官外職考定的辦法，裁定非庸職所管，臣請求引朝臣博議，以確立統(tǒng)一的辦法。像那些有殊謀異策、做的事情關(guān)系國家興廢，遠(yuǎn)近之人都眾口皆碑，物無異議的，自可臨時(shí)斟酌，不必拘泥常例。至于那些引比他人的訴求，貪榮求級的祈請，如果不把好關(guān)口，讓其溜過去了，則會(huì)蔓草難除，細(xì)流逐積，侵害國家大憲，擾亂美好章規(guī)。臣以為應(yīng)明加禁止斷除，以保全至治，開返本之路，杜塞弊端之門。像這樣那就會(huì)使吉士滿朝，優(yōu)劣煥然明晰了?！?br />
皇帝下詔交付官員廣泛討論，以定永恒法式，竟沒有結(jié)局。
正光五年(524)，蕭衍派其將裴邃、虞鴻等人率軍侵犯揚(yáng)州，皇帝下詔令蕭寶夤為使持節(jié)、散騎常侍、車騎大將軍、都督徐州東道諸軍事，率領(lǐng)諸將統(tǒng)兵討伐。接著揚(yáng)州刺史長孫稚大破裴邃軍馬，斬殺虞鴻，敵人于是奔散退去。
當(dāng)初，秦州城人薛珍、劉慶、杜遷等人反叛，殺了刺史李顏，推舉莫折大提為首，自稱秦王。大提不久死去，他的第四子念生竊取天子之號，改年號為“天建”，設(shè)立官員，以子阿胡為太子，其兄阿倪為西河王，弟天生為高陽王，伯父莫折珍為東郡王，伯父安保為平陽王。派天生率領(lǐng)部眾出隴東，攻陷氵開城，又攻下岐州，逮住元志、裴芬之等，于是侵犯雍州，屯軍黑水。朝廷十分擔(dān)憂，于是除任蕭寶夤為開府、西道行臺(tái)，率所部東行將統(tǒng)，為大都督西征西賊。魏肅宗到明堂為他餞別。
蕭寶夤與大都督崔延伯攻擊莫折天生，大破敵軍，斬獲敵人數(shù)十萬。追奔到了小隴，軍人掠奪民財(cái)，以致稽留不前，不速追討敵人，隴中道路又堵塞起來了。又進(jìn)軍討伐高平賊帥萬俟丑奴于安定，更有敗戰(zhàn)。當(dāng)時(shí)有天水人呂伯度兄弟，開始與念生一起叛逆，后來與兄呂眾在顯親自保，又聚眾討伐念生，戰(zhàn)敗之后，降歸胡琛。胡琛任命呂伯度為大都督、秦王，給他提供士兵馬匹，又征秦州，在成紀(jì)大敗念生的將領(lǐng)杜粲，又破其金城王莫折普賢于水洛城，于是到顯親。念生率領(lǐng)人馬，親自迎戰(zhàn)，伯度又被打得大敗。于是呂伯度背著胡琛，襲擊胡琛的將領(lǐng)劉拔，打敗擊退劉拔，派其兄子呂忻和率領(lǐng)人馬東引國軍。莫折念生迫于情急，于是詐降于蕭寶夤。朝廷喜伯度立義之功，授給他撫軍將軍、涇州刺史、平秦郡開國公的官爵，食邑三千戶。而大都督元修義、高聿，停軍隴口，久久不行西進(jìn)。莫折念生又反，呂伯度終被丑奴所殺。所以賊勢更甚。蕭寶夤不能制止。孝昌二年(526)四月，朝廷除授蕭寶夤為侍中、驃騎大將軍、儀同三司、假大將軍、尚書令，賜予后部鼓吹，增加封邑千戶。蕭寶夤初自黑水，終至平?jīng)?，與敵相對，數(shù)年攻戰(zhàn)，敵人也很懼怕他，關(guān)中地域得以保全，全賴寶夤之力。
孝昌三年(527)正月，除授司空公。蕭寶夤出師既久，兵將疲憊，這個(gè)月大敗，還軍雍州。仍停長安，收拾離散的人馬。有關(guān)部門議處寶夤死罪，帝詔恕罪削職為民。四月，朝廷又除授其為使持節(jié)，都督雍、涇、岐、南豳四州諸軍事，征西將軍，雍州刺史，假車騎大將軍，開府，西討大都督，關(guān)西軍馬，都受其節(jié)度。九月，莫折念生被其常山王杜粲所殺，一門盡被斬戮。杜粲據(jù)州請求歸降蕭寶夤。十月，朝廷除授他為散騎常侍、車騎將軍、尚書令，恢復(fù)舊封。
這時(shí)，太行山東、關(guān)西、寇賊橫行，王師屢屢敗北，人情沮喪。蕭寶夤自覺出軍累年，費(fèi)損很大，一旦兵敗，恐怕要遭猜忌罪責(zé)，心里很不安穩(wěn)。朝廷又派御史中尉酈道元為關(guān)中大使。寶夤說這是朝廷想算計(jì)他，更加惶恐不安。而長安輕薄之徒，又加勸說。道元行到陰盤驛，蕭寶夤密派其將郭子恢等攻而殺之，詐收道元尸體，上表謊稱其為敵人所害。又殺了都督、南平王仲礒。這個(gè)月，蕭寶夤反叛朝廷，僭立帝號，大赦部管域內(nèi)，稱號隆緒元年，設(shè)置百官。又派郭子恢東侵潼關(guān)，行臺(tái)張始榮圍攻華州刺史崔襲。帝下詔讓尚書仆射行臺(tái)長孫稚討伐。當(dāng)時(shí)北地人毛鴻賓與其兄毛遐招集義民為兵，準(zhǔn)備討伐蕭寶夤。寶夤派其大將軍盧祖遷等攻打毛遐，被遐所殺。寶夤又派其將侯終德前去攻打毛遐。恰逢郭子恢被官軍打敗，長孫稚又派子長孫子彥在華州攻破始榮，終德因此受挫，回戈復(fù)取蕭寶夤。軍隊(duì)到了白門，蕭寶夤方才覺察到，率軍與終德交戰(zhàn)，戰(zhàn)敗，寶夤攜公主以及小兒子與百余名部下，從城后門出逃，渡過渭橋，投奔寧夷巴人張宕昌、劉興周家。不久奔?xì)w丑奴，丑奴以蕭寶夤為太傅。
永安三年(530)，都督爾朱天光派賀拔岳等在安定大破丑奴，追擒丑奴、寶夤，一并送到京城。帝詔安置在閶闔門外都街之中，京師百姓，都來觀看，一共經(jīng)歷三天。吏部尚書李神俊、黃門侍郎高道穆都與蕭寶夤素有舊情，二人相約，一同言于莊帝，說“其叛逆也是前朝的事”，希望能赦免死罪。恰逢應(yīng)詔王道習(xí)當(dāng)時(shí)從外面進(jìn)來，莊帝問道習(xí)在外面聽說了什么。道習(xí)說：“只聽說陛下不想殺掉蕭寶夤。”帝問緣故。道習(xí)說：“人們說：李尚書、高黃門與蕭寶夤交情很好，二人都身處近臣位置，必定能夠保全寶夤性命?！钡懒?xí)說：“如說寶夤叛逆是在前朝，便可寬恕他。但蕭寶夤敗于長安，走為丑奴太傅，難道不是陛下您臨治之日？賊臣不殺，法律怎么實(shí)施呢？”莊帝覺得有道理，于是賜寶夤在太仆碆牛署自殺。蕭寶夤將死時(shí)，李神俊提酒前來與他敘舊，二人對之，李神俊淚下。而蕭寶夤泰然自若，一點(diǎn)也不害怕，只說“推天委命，只恨不能終其臣節(jié)”而已。公主攜家眷與蕭寶夤訣別，痛哭極哀。寶夤死時(shí)，面不改色。蕭寶夤有三個(gè)兒子，都是公主所生，但都平庸陋劣。
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