呂祉字安老，建州建陽人。宣和初年，以上舍生得到官職。建炎二年(1128)，任右正言，因為上章論事忤逆當(dāng)朝執(zhí)政，出任明州通判。

　　紹興元年(1131)，湖南、湖北地區(qū)盜賊蜂起，呂祉任荊湖提刑，來到之后，招降捕獲有方，一年后盜賊平定。進任直秘閣，不久召他到行在。淮南宣撫使韓世忠準備出師，奏請讓呂祉議軍事，朝廷任命呂祉直徽猷閣，充任參議官，呂祉推辭沒有到任。

　　紹興三年(1133)，升任直龍圖閣、知建康府。呂祉到任后，與通判府事吳若、安撫司準備差遣陳充共同商議，著作《東南防守利便》三卷上報朝廷，大概是說：“立國于東南地區(qū)，應(yīng)當(dāng)聯(lián)絡(luò)淮甸、荊、蜀成一體，現(xiàn)在臨安地處偏僻的海邊，應(yīng)移居長江一帶，然后才能夠維系南北離散的民心?！?br />
　　紹興四年(1134)冬，金軍進攻淮河地區(qū)，江左地區(qū)戒嚴，只有韓世忠率領(lǐng)精兵駐屯在高郵。金軍攻陷漣水之后，攻破山陽、盱眙，于是進犯承州。呂祉上奏說“：應(yīng)派兵作為韓世忠的后援?！焙髞碓鴽]到，韓世忠退保鎮(zhèn)江。呂祉再次上奏“：把江北地區(qū)置之度外，不是朝廷任命宣撫兩淮地區(qū)的本意，并且恐怕失去中原民心。只有緊急派遣諸將，并且請皇上親率六軍，才能使上下齊心協(xié)力，可以不戰(zhàn)而勝?！庇谑歉咦谙略t親征。高宗到達平江，金朝退兵。

　　紹興五年(1135)，任命呂祉為中書門下省檢正諸房文字，不久任兵部侍郎兼戶部侍郎、給事中。紹興六年(1136)，改任刑部侍郎、都督府參議軍事，不久改任吏部侍郎。劉豫兵分數(shù)路入侵，當(dāng)時高宗停駐平江，有人請求高宗回臨安，并下令守衛(wèi)長江防備海上。呂祉獨自抗?fàn)幷f“：士氣應(yīng)當(dāng)振作，敵人鋒芒可以挫敗，不能急忙后退示弱?！眲Ⅶ肼适f大軍，已進至濠、壽州。劉光世在合肥，想移居太平州，軍隊已經(jīng)行動，于是命令呂祉奔馳到軍前，督促劉光世回到合肥。紹興七年(1137)，遷升兵部尚書、督府參謀軍事，前往淮西安撫各軍。

　　張浚由于劉光世堅持不戰(zhàn)的議論，罷免他，于是命令行營左護軍前統(tǒng)制王德任都統(tǒng)制，又以統(tǒng)制官酈瓊擔(dān)任王德的副手。酈瓊同王德素來不和，呂祉回到朝廷，酈瓊和王德互相到都督府和御史臺控告對方，于是命令王德返回建康，將他的軍隊隸屬于都督府。八月，又命令呂祉前往廬州節(jié)制各軍。呂祉到廬州，酈瓊等人再次控告王德。呂祉勸諭他說“：如果以為你們是對的，那是誑騙人。但張丞相只喜歡人向前，倘若能夠立功，即使有很大的過錯也會忽略不問，何況這點小小的嫌疑呢？我當(dāng)盡力為你們辯明，保證沒有其他疑慮?！贬B瓊等人感動淚下。

　　事情稍為安定，呂祉于是秘密上奏請求罷免酈瓊和統(tǒng)制官靳賽的兵權(quán)。但屬下書吏將其泄漏給酈瓊，酈瓊派人攔截呂祉派遣的送信人員，全部得到呂祉的奏章，酈瓊十分怨恨。恰逢朝廷任命張俊為淮西安撫使，置宣撫司于盱眙；楊存中任淮西制置使，劉钅奇為副使，置于廬州；詔令酈瓊趕赴行在。酈瓊害怕了，于是反叛。眾將早晨拜見呂祉，坐下后，酈瓊從袖中取出文書，交給中軍統(tǒng)制官張王景說：“眾位將官有什么罪，張統(tǒng)制竟然將這些事報告朝廷呢？”呂祉看見大驚，想返回逃走，來不及，被酈瓊逮住。張王景和兵馬鈐轄喬仲福，統(tǒng)制劉永、衡友被處死。酈瓊于是率領(lǐng)全軍四萬人渡過淮河投降劉豫，挾持呂祉到三塔，距離淮河三十里。呂祉下馬說：“劉豫是逆臣賊子，我怎能見他？”眾人逼迫呂祉上馬，呂祉大罵說“：死就死在這里！”又對其眾說：“劉豫是叛臣，你們軍中難道沒有英雄豪杰，就這樣跟隨酈瓊而去嗎？”眾人頗受感動，共有一千多人在他周圍環(huán)立不走。酈瓊恐怕動搖眾心，急忙策馬首先渡過淮河，呂祉遇害。

　　當(dāng)時有人得到包裹呂祉頭發(fā)的毛巾回到吳中，呂祉妻子吳氏手持毛巾自縊身亡殉葬，聽說的人都感到哀傷，慶元年間，詔令為呂祉立廟賜匾，以表彰他的忠誠。