馬森，字孔養(yǎng)，懷安人。父親馬俊，晚年得子，家仆抱他不慎墜地摔死。馬俊哄騙妻子說“：我的過失??！”沒有追究仆人的罪過。過了一年有了馬森。嘉靖十四年(1535)，中進(jìn)士，授職為戶部主事，歷任太平知府。民間有兄弟間訴訟的案子，馬森給他們鏡子命令彼此照照，說“：如果兩個(gè)人老了，忍心損傷兄弟情份嗎？”都感激得流淚含羞而去。又升遷江西按察使。有位進(jìn)士寵愛別的女人而殺害妻子，撫按想輕判，馬森最終使他伏法。

　　歷任左布政使，擢升巡撫右副都御史。入朝任刑部右侍郎，改派到戶部。起初，馬森在江西舉薦布政使宋淳。宋淳后來巡撫南、贛，因貪贓敗績，馬森因過失調(diào)任大理卿。幾度駁辯疑案，與刑部尚書鄭曉、都御史周延并稱“三平”。因病歸鄉(xiāng)，重新啟任南京工部右侍郎。改派到戶部，督察倉場(chǎng)，不久轉(zhuǎn)任左侍郎。以右都御史身分總督漕運(yùn)，兼任鳳陽巡撫，晉升南京戶部尚書。隆慶初年，改任北部的官職。

　　當(dāng)時(shí)，皇帝登基詔書減免了國家一半的田租。太倉的年收入減少，不能應(yīng)付開支，而且京、通二倉的儲(chǔ)藏?zé)o幾。馬森查對(duì)搜剔，處理十多件事。又列出錢谷出入的數(shù)目，勸諫皇帝節(jié)儉?；实塾H擬詔書責(zé)令他安排處置，馬森上奏：“祖宗的舊制度，黃河、淮河以南地區(qū)供給京師四百萬銀兩，黃河、淮河以北地區(qū)供給邊關(guān)八百萬銀兩。一年的收入，足以供給一年的費(fèi)用。后來邊陲戰(zhàn)事頻繁，開支逐漸繁多，一變而有外籍部隊(duì)的年度給養(yǎng)，再變而有本地部隊(duì)的年度給養(yǎng)。起初的費(fèi)用只三百五十萬兩，后來漸漸增至六百三十多萬兩。屯田的十有七、八受虧損，鹽法也十折四、五，民糧運(yùn)輸十有二、三被拖欠，全部用補(bǔ)給邊關(guān)的年度費(fèi)用彌補(bǔ)。在邊關(guān)則兵卒馬騎少于往昔，在太倉則輸入之?dāng)?shù)不及以往，而且耗費(fèi)數(shù)倍于以前。又下詔書減免賦稅，所以今日宣告匱乏，比往年更甚。我以前的籌劃，算及錙銖細(xì)利，不過是解救燃眉之急，但對(duì)國家大體，民眾的元?dú)?，沒有閑暇做進(jìn)一步考慮。而當(dāng)集思廣益，指令朝廷中大臣各陳己見?！庇肿嗾?qǐng)河?xùn)|、四川、云南、福建、廣東、靈州的鹽課事宜。詔令都依從了他的請(qǐng)求?；实墼?jīng)任命宦官崔敏撥戶部的六萬銀兩買黃金。馬森堅(jiān)持不贊同，而且聲稱，以往皇帝的詔令都由內(nèi)閣下發(fā)，沒有由司禮徑直傳遞的，此事才休止。既而皇帝又下令購置珠寶，馬森也極力爭(zhēng)辯，沒有聽從。隆慶三年(1569)，以母親年邁為由請(qǐng)求回家養(yǎng)老送終?；实圪p賜他乘驛車歸鄉(xiāng)的禮遇，后來幾度舉薦他都不出山。

　　馬森任考官時(shí)，夏言的女婿出自他的門下，想介紹他見夏言，他辭謝而沒有前往。嚴(yán)嵩聽說后很喜歡他，馬森也沒有趨附。被徐階看重后，引薦錄用。居住鄉(xiāng)里，支持巡撫龐尚鵬施行一條鞭法，鄉(xiāng)里的人替他修筑報(bào)功祠。萬歷八年(1580)去世。追贈(zèng)太子少保，謚號(hào)恭敏。