馮琦，字用韞，臨朐人。幼時(shí)聰敏絕倫。十九歲，考取萬(wàn)歷五年(1577)的進(jìn)士，改任庶吉士，授職編修。參與修成《會(huì)典》，晉升為侍講，充任日講官，任過(guò)庶子。一并加封三王的議論興起，他投書(shū)王錫爵與他極力爭(zhēng)辯。晉升為少詹事，負(fù)責(zé)翰林院的事務(wù)。調(diào)任禮部右侍郎，改任吏部職。處理政務(wù)勤奮敏捷，極力抑制鉆營(yíng)投機(jī)的人，尚書(shū)李戴很器重他。

　　萬(wàn)歷二十七年(1599)九月，太白星、太陰星同時(shí)在午時(shí)出現(xiàn)；又值狄道發(fā)生山崩，平地隆起大小五座山丘。馮琦草擬奏章，與尚書(shū)李戴一起勸諫：

　　“近來(lái)目睹太陰星經(jīng)過(guò)天宇，太白星白天出現(xiàn)，已非常奇異。至于山陷成谷，地隆為山，自從開(kāi)天辟地，只有唐垂拱中有過(guò)此事，而現(xiàn)在卻又見(jiàn)到了。暗自思慮上天的無(wú)私，只聽(tīng)百姓的。想稟承天意，應(yīng)當(dāng)順應(yīng)民心。如天下的賦稅數(shù)額，比二十年前，增加四成。但百姓中富足的，卻減少五成。東征西討，人們苦于兵事。

　　“自從派出了礦稅使，則民間的苦痛更甚。加上水旱蝗災(zāi)，流民充塞道路，京城地區(qū)盜賊公然出現(xiàn)，這不是小小的變故。各位宦官使者領(lǐng)命出京師，隨從奸詐之徒，動(dòng)輒成百上千。陛下想通商，他們卻專門(mén)困禁商業(yè)。陛下想愛(ài)護(hù)百姓，他們卻專門(mén)殘害百姓。近日有兩種奇怪的奸詐事：其一，工于窺察陛下的心思，撰成奏章，假借武弁之手呈上；其二，致力盤(pán)剝平民，先有謀略，假借宦官之手施行。如鬼怪般運(yùn)用機(jī)巧，錙銖之財(cái)也盡皆?shī)Z取。遠(yuǎn)近人一樣嘆息，貧富者均陷困境。貧窮者家中沒(méi)有儲(chǔ)蓄，只有靠小本經(jīng)營(yíng)。但仍然奪取他們幾錢(qián)的小利，斷絕他們一天的生資。至于富人，更加蒙受毒害?；蛘哒_陷他們漏稅、偷礦，或者誣陷他們販鹽、盜木。布下詭計(jì)，聲勢(shì)赫然嚇人。等到奪取了錢(qián)財(cái)，就靜寂得無(wú)事一般。小百姓吃盡苦卻不敢聲張，無(wú)地容身。好處被群奸得到，怨恨匯聚朝廷。因刺骨般的貧窮，懷抱傷心的痛楚，一人呼喚就容易暴動(dòng)，一旦暴動(dòng)就難以平息?，F(xiàn)在依舊平安，百姓卻怨恨洶洶，假若有不測(cè)之變，天下有誰(shuí)來(lái)保護(hù)？口孛拜被殺，關(guān)白死去，這都是招募百姓壯丁當(dāng)兵，用百姓的錢(qián)財(cái)做糧餉的結(jié)果。如果一方的窮苦百姓倡導(dǎo)暴亂，而且四面的民眾響應(yīng)，國(guó)家從哪里征兵，從哪里取得軍餉？陛下不妨派遣忠實(shí)、親信的人，采訪都城內(nèi)外，里巷的歌謠，讓他們一一報(bào)告，那么百姓的怨忿、困苦，就可以目睹。上天心性仁愛(ài)，明確宣告責(zé)罰，真的是想要陛下猛然覺(jué)悟，消除禍亂。

　　“禮部修身自省的奏章沒(méi)被批復(fù)，而奸人搜括民財(cái)?shù)淖嗾聟s又被同意施行，像采納何其賢的胡言，命令全部解送全國(guó)滯留官銀。四方的錢(qián)谷，都有定額，所謂滯留，意思大概是指經(jīng)費(fèi)的節(jié)余。近來(lái)征調(diào)頻繁，正額尚且不夠，哪來(lái)的剩余？這道命令一下達(dá)，催促緊急，必然會(huì)分割公款來(lái)充數(shù)。經(jīng)費(fèi)籌措無(wú)著，還是加派到民間，這種事是必定不能做的。又如仇世亨奏疏徐鼐掘墳?zāi)沟氖?，照理說(shuō)，沒(méi)有一座墳?zāi)孤癫刂f(wàn)兩銅錢(qián)。假使有，也應(yīng)當(dāng)下令撫按核實(shí)、勘探。先確定他們盜墓的罪行，而后沒(méi)收墓中的藏寶。沒(méi)有罪狀不明，先沒(méi)收資財(cái)?shù)氖?。早上遞入片紙，晚上傳出嚴(yán)令，縱然抱有深重的冤屈，誰(shuí)敢辯論道理？不但使這些家族破敗，還將波及很多人。一旦受株連，立刻就會(huì)家破人亡。在京城尚且經(jīng)過(guò)多次審議，萬(wàn)里之外卻只根據(jù)一面之詞。于是使狡猾的人，掌握了生殺大權(quán)。這種風(fēng)氣一興起，誰(shuí)不效法？已經(jīng)下達(dá)獎(jiǎng)勵(lì)生發(fā)隱匿緡錢(qián)的命令，又開(kāi)啟告密的風(fēng)氣。我們剛想陳訴，而奸人的奏章又獲得御旨。五天之內(nèi)，已經(jīng)搜取了天下二百萬(wàn)兩公私金銀。奸詐之中又生奸詐，事例之外又創(chuàng)事例。我們先前希望它們一天天減少，現(xiàn)在更加憂慮它們一天天地增加，不使百姓困苦，錢(qián)財(cái)竭盡，激發(fā)起大亂不會(huì)終止。希望陛下嚴(yán)肅思慮將來(lái)，緊急與朝廷大臣共同修漏補(bǔ)缺，不要讓海內(nèi)的赤子聚結(jié)怨忿于盛朝，千秋青史留下對(duì)圣德的譏諷?！鄙褡跊](méi)有答復(fù)。

　　不久，他轉(zhuǎn)任左侍郎，受任禮部尚書(shū)。神宗將要冊(cè)立東宮太子，詔令時(shí)間緊迫，執(zhí)掌監(jiān)司的宦官以供給經(jīng)費(fèi)不足為借口。馮琦道：“今天禮儀為重，不可與他們爭(zhēng)辯。”他的弟弟戶部主事馮瑗剛好運(yùn)送四萬(wàn)兩餉銀出京城，馮琦立即將他追回，提供經(jīng)費(fèi)，事情才得以辦成。

　　萬(wàn)歷三十年(1602)，神宗患病，下令停止征收礦稅，不久又后悔了。馮琦與同僚們聯(lián)合上奏爭(zhēng)辯，并且懇請(qǐng)皇帝親自到郊廟祭祀，上殿受理朝拜，皇帝不接納。湖廣稅監(jiān)陳奉因?yàn)榕按傩毡怀坊?，陜西的黃河干涸，馮琦諫言遼東的高淮、山東的陳增、廣東的李鳳、陜西的梁永、云南的楊榮，肆虐的程度不低于陳奉，請(qǐng)求將他們一起撤回，神宗都沒(méi)有答復(fù)。南京守備宦官邢隆請(qǐng)求另外給關(guān)防征稅，馮琦不同意，就把御前牙關(guān)防稅給了他。

　　當(dāng)時(shí)士大夫多信奉佛教，士人寫(xiě)作往往吸取佛教之意，而鄙棄經(jīng)書(shū)的傳注。前任尚書(shū)余繼登奏請(qǐng)約束、禁止，然而習(xí)俗風(fēng)尚如故。馮琦又極力陳述它的弊端，皇帝下詔戒止。

　　馮琦熟習(xí)典故，學(xué)習(xí)有根底。多次陳述正直的言論，朝廷內(nèi)外都希望看到他的風(fēng)采，皇帝也很眷戀、倚重他。內(nèi)閣缺人，神宗已經(jīng)選用了朱國(guó)祚和馮琦。但是沈一貫秘密上書(shū)，稱他們兩人的年紀(jì)不大，不妨稍過(guò)一段時(shí)間再說(shuō)，先任用年長(zhǎng)者。于是改任沈鯉、朱賡。馮琦一向有病，因此更加沉重。十六次奏疏請(qǐng)求退休，皇帝不同意。死于任上，年僅四十六歲。遺下奏疏請(qǐng)求皇帝嚴(yán)肅明理之作，發(fā)下奏疏，補(bǔ)充空缺的官職，對(duì)下面的臣民表示誠(chéng)意，收攏人心。語(yǔ)言很懇切誠(chéng)摯。神宗對(duì)他悼念、惋惜。追贈(zèng)太子少保。天啟初年，謚號(hào)文敏。