潘季馴，字時良，烏程人。嘉靖二十九年(1550)的進士。授職為九江推官。升任御史，為廣東巡按。推行均平里甲法，廣東的人覺得大為便利。臨到將離職時，他還上奏請求告誡后來的人遵守此法，皇帝依從了他。晉升為大理寺丞。四十四年，他由左少卿晉升為右僉都御史，總管河道。他與朱衡共同開挖新河，被加封為右副都御史。不久因奔父母的喪事而離職。

　　隆慶四年(1570)，黃河在邳州和睢寧決堤。他出任原職，再度負責河道，堵塞決口。第二年，工程完成，因驅(qū)使漕運船只進入新河漂散沉沒了很多而獲罪，被勘河給事中雒遵彈劾而遭罷免。

　　萬歷四年(1576)夏天，他再次出任官職，擔任江西巡撫。第二年冬天，被召為刑部右侍郎。當時，黃河在崔鎮(zhèn)決口，滔滔黃水向北奔流，清河口淤塞，整個淮河河床南移，高堰的湖堤嚴重損壞，淮、揚、高郵、寶應(yīng)地區(qū)都是一片汪洋。大學士張居正很憂慮。河漕尚書吳桂芳提議恢復先前的黃河故道，但是總河都御史傅希摯想堵塞決口，約束河水回歸河槽，兩個人的意見不合。遇上吳桂芳去世，六年的夏天，皇帝任命潘季馴任右都御史兼任工部左侍郎取代他。潘季馴認為黃河故道長期廢置，雖然再疏浚，它的深度和寬度必定不如現(xiàn)在的河道，提議在崔鎮(zhèn)筑堤堵塞決口，筑長堤以防止?jié)Q。又上奏：“淮河清澈黃河混濁，淮河水弱黃河水強，一斗黃河水，沙占十分之六，夏秋時期達到十分之八，如果不是很湍急，必然導致淤塞滯流。應(yīng)借淮河的清水沖刷黃河的濁水，在高堰筑堤約束淮河的水流入清口，使之與黃河的水勢匹敵，兩條河水合流，那么?？诰妥匀皇杩Ａ恕＞褪菂枪鸱妓_辟的草灣也可以不再修治?！彼麠l陳六件事，詔令同意他的意見。

　　第二年冬天，兩條河的工程完工。第三年春天，他被加封為太子太保，升任工部尚書兼左副都御史。潘季馴初次到黃河上游，視察虞城、夏邑、商丘，估量地勢。舊黃河的上游，從新集經(jīng)過趙家圈、蕭縣，徐州小浮橋，水勢極為深廣。自從嘉靖中期黃河北移，河床變淺，遷移無常，曹、單、豐、沛地區(qū)人民常受淹沒之苦，他上奏請求恢復舊河道。給事中王道成認為剛在崔鎮(zhèn)、高堰筑堤，很難同時興工。河南的撫按大臣也陳述三個困難，于是終止了此議。他調(diào)任南京兵部尚書。萬歷十一年(1583)正月他改任刑部職務(wù)。

　　潘季馴的復出，是因為張居正的支持。張居正死后，家屬全部被幽禁，兒子張敬修上吊自殺。潘季馴勸諫：“張居正的母親年過八十，早晚會去世，請求下詔以特別的恩惠寬恕她。”又認為治張居正的罪太急迫了，宣稱張居正的家屬死于此案的已達數(shù)十人。在此之前，御史李植、江東等人與大臣申時行、楊巍相互攻擊。潘季馴極力支持申時行、楊巍，痛斥言官，言官們很惱怒。于是李植彈劾潘季馴與張居正結(jié)黨相庇護，將他削職為民。

　　萬歷十三年(1585)，御史李棟上奏替他鳴冤：“隆慶年間，黃河在崔鎮(zhèn)決口，將漕運通道阻梗。多年來，百姓定居，黃河水安然流淌，人們都說：‘這是潘尚書的功勞?！^去已故大臣宋禮治理會通河，至今都受益，陛下應(yīng)允了督臣萬恭的請求，給予他謚號和蔭庇。現(xiàn)在潘季馴的功績不在宋禮之下，卻在身存之日，成為一般平民，難道這不損害大臣建功立業(yè)之心，損害朝廷酬報功勛的典制嗎？”御史董子行也稱潘季馴的罪行輕處罰重。詔令將他們的俸祿全部剝奪了，此后舉薦的人不斷。

　　萬歷十六年(1588)，給事中梅國樓又舉薦他。于是啟用潘季馴任右都御史，全權(quán)督察河道。從吳桂芳之后，治河與漕運由一人總理，此時又設(shè)置專職官吏。第二年，黃河水暴漲，沖入夏鎮(zhèn)，毀壞田園房屋，居民多被淹死。潘季馴又筑堤堵塞決口。十九年冬天，他被加封為太子太保、工部尚書兼右都御史。

　　潘季馴總計四次奉命治理黃河，前后達二十七年，熟習地形的險夷。增筑堤防，設(shè)置專員，修建水閘，以至于木石舂埽，他都處理周詳，因此積勞成疾。多次上奏請求退休，皇帝不允許。萬歷二十年(1592)，泗州發(fā)大水，城中積水達三尺高，禍患到祖陵。議論者有的主張挖開傅寧湖從六合入江，有的主張疏浚周家橋注入高、寶諸湖，有的人主張開挖壽州的瓦埠河分流淮河上游的水，有的人主張開放張福堤由淮河排泄河水。潘季馴稱祖陵的王氣不能輕易排泄，但是巡撫周肕、陳于陛，巡按高舉稱周家橋在祖陵之后百里之地，可以疏浚，意見不一，都給事中楊其休請求允許潘季馴離去。他回鄉(xiāng)三年后去世，享年七十五歲。