朱衡，字土南，萬(wàn)安人。嘉靖十一年(1532)的進(jìn)士。歷任尤溪、婺源知縣，有治績(jī)聲譽(yù)。調(diào)任刑部主事，歷任郎中。外調(diào)擔(dān)任福建提學(xué)副使，升至山東布政使。嘉靖三十九年升職為右副都御史，轄治山東。他上奏說(shuō)：“近來(lái)遼東饑荒，暫時(shí)放松登、萊地區(qū)的商禁，轉(zhuǎn)運(yùn)粟去接濟(jì)他們。狡猾的商人就偷偷運(yùn)載其他商品，往來(lái)販賣，并開(kāi)拓青州以西的道路。逃命至海島的人，與他們暗中勾結(jié)，應(yīng)當(dāng)禁止此事?！被实勐?tīng)從了建議，召見(jiàn)他擔(dān)任工部右侍郎。

　　嘉靖四十四年(1565)他升任南京刑部尚書。當(dāng)年秋天，黃河在沛縣飛云橋決堤，向東注入昭陽(yáng)湖，漕運(yùn)的河道淤塞了一百多里。朱衡被改任工部尚書兼右副都御史，總管治河運(yùn)漕糧。朱衡騎快馬趕往決口處，舊渠已經(jīng)成為陸地。但以前的御史盛應(yīng)期所開(kāi)鑿的新河，從南陽(yáng)以南向東至夏村，再向東南至留城，舊址尚在。當(dāng)?shù)氐貏?shì)高，黃河決口瀉至昭陽(yáng)湖，不能再向東流，可以貫通漕運(yùn)水道，于是決定開(kāi)挖新河道，在呂孟湖筑堤以防潰決。河道都御史潘季馴認(rèn)為疏浚舊渠方便些，意見(jiàn)與朱衡不合。朱衡更加堅(jiān)持自己的意見(jiàn)，引導(dǎo)鲇魚、薛沙等河流的水至新渠，修筑馬家橋堤以便遏制飛云橋的決口，親自監(jiān)督施工。彈劾并罷免了曹濮的副使柴淶，對(duì)不出力的官吏、兵卒從重懲治，于是議論紛紛。第二年，給事中鄭欽彈劾朱衡為貪功而虐待百姓，詔令給事中何起鳴前往核查，工程臨近竣工。等到秋天，黃河在馬家橋決堤，議論的人紛紛說(shuō)不能成功，何起鳴起初贊同朱衡的意見(jiàn)，現(xiàn)在也改變了觀點(diǎn)，與給事中王元春、御史黃襄接連上奏請(qǐng)求罷免朱衡。遇上新河修成，議論才平息。新河長(zhǎng)一百九十四里。漕運(yùn)的船只由境山入河，航行至南陽(yáng)。不久，潘季馴因父母喪事而離去，詔令朱衡兼管他的事務(wù)。

　　隆慶元年(1567)他被加封為太子少保。山間的水驟然溢出，使新河決堤，損壞數(shù)百艘漕運(yùn)的船只。給事中吳時(shí)來(lái)說(shuō)：“新河接納東昌、兗州以南的費(fèi)、嶧、鄒、滕等河水。用一道堤防捍衛(wèi)數(shù)條河流，豈能不決堤。應(yīng)該分流以減小水勢(shì)?！敝旌饩烷_(kāi)挖了四條支流，將河水引入赤山湖。第二年秋天，他被召回工部。第三年，朱衡上奏說(shuō)：“死去的大臣宋禮疏浚整治舊渠測(cè)量水平高度，計(jì)算出濟(jì)寧的平地與徐州的境山之巔相持平，北面高南面低，河流落差達(dá)二十丈。所以魯橋閘稍稍開(kāi)啟，其南面就馬上干涸，船行駛半個(gè)月才能抵達(dá)。東昌、兗州的百姓增設(shè)閘門以抬高水位，一百六十年都出苦力服差役。近來(lái)改鑿新渠，遠(yuǎn)遠(yuǎn)地避開(kāi)黃河，舍低就高，地形平坦，各座閘門不必繁瑣地開(kāi)啟與關(guān)閉，船一天可以航行一百多里，民夫、差役基本上無(wú)事可做。最近河道都御史翁大立奏請(qǐng)裁減民夫，應(yīng)該可以聽(tīng)從?！币虼颂蕴宋迕l官，六千多余民夫和差役，用這些雇工的開(kāi)支作為修渠的經(jīng)費(fèi)。

　　隆慶四年(1570)秋天，黃河在睢寧決堤，啟用潘季馴全權(quán)負(fù)責(zé)。第二年冬天，巡視河道的給事中雒遵彈劾罷免了潘季馴，稱可以出使的朝廷大臣，沒(méi)有超過(guò)朱衡的人。六年正月詔令他兼任左副都御史，負(fù)責(zé)整治河道。穆宗逝世，大學(xué)士高拱以修山陵的工程的名義奏請(qǐng)召回朱衡。遇上邳州的工程也剛好完工，朱衡就返回了朝廷。

　　朱衡先后在工部禁止無(wú)益工作，裁減多余的開(kāi)支，節(jié)省的經(jīng)費(fèi)很多。穆宗時(shí)期，內(nèi)府的監(jiān)局加征工程的材料，濫開(kāi)支不做估量，朱衡隨時(shí)提出來(lái)奏呈皇帝。不久，詔令南京的織造太監(jiān)李佑催辦一千八百多匹袍緞，朱衡趁著言官孫枝、姚繼可、嚴(yán)用和、駱問(wèn)禮先后勸諫之機(jī)，再度上奏請(qǐng)求，皇帝依從了他?；实弁闯馓O(jiān)崔敏，傳令南京增造十多萬(wàn)匹綢緞，朱衡建議停止新增的紡織額，只責(zé)成每年的定額，得以減少了三分之二的新增紡織額。皇帝命令建造鏊山燈，估計(jì)要耗費(fèi)三萬(wàn)多兩白銀，又命令在長(zhǎng)信門建造光泰殿、瑞祥閣，朱衡都上奏勸阻了。等到神宗即位，首先就命令停止織造，但太監(jiān)不馬上奉行詔令，并且請(qǐng)求增添織染所的顏料。朱衡上奏爭(zhēng)辯，都請(qǐng)求成功了。皇太后傳諭撥發(fā)金幣在涿州修造碧霞元君廟。朱衡又爭(zhēng)辯，皇帝答復(fù)知道了。

　　朱衡性格剛直，遇事不屈服，不被張居正所喜歡。萬(wàn)歷二年(1574)，給事中林學(xué)..彈劾朱衡剛愎自用。朱衡再度上奏請(qǐng)求退休。詔令加封他為太子太保，乘驛車回鄉(xiāng)。當(dāng)年夏天，大雨毀壞了昭陵的綾恩殿，追究督工官的罪，剝奪了他的太子太保頭銜。他七十三歲去世。