魏允貞，字懋忠，南樂人。萬歷五年(1577)中進士，授職荊州推官。大學士張居正回家安葬，群吏爭先恐后趕去，魏允貞一個人沒有去，而且還鞭打他的仆人。

　　評定政績時他列為最佳一等，升為御史。吏部尚書梁夢龍被罷官。魏允貞說：“吏部官職重要，過去都在會同推薦選任之前，有關(guān)官吏都受到當政之人和司禮中官的影響，所以任用了一些不恰當?shù)娜??！被实劢邮芰怂囊庖?，特地任用嚴清，中外感到信服。不久，他彈劾兵部尚書吳兌，吳兌引咎辭職。

　　過了不久，他上疏陳明有關(guān)時弊的四事，說：“自從張居正竊取權(quán)柄，吏、兵二部升遷、授職須先報告他，所以任用的都是與他有私交的人。陛下應(yīng)當與輔臣好好考察兩部的負責人，讓他們有自己管轄的事宜。使輔臣不要侵犯部臣的權(quán)力而謀取私利，部臣也不能乘輔臣的空隙自行其私，則官風自會整肅。自從張居正的三個兒子連連進入制科，遺留的禍患到現(xiàn)在還未停止。請從今天開始輔臣子弟中了進士，等到離職后才允許參加廷試，或許可以使寵幸之門稍有杜絕。自從張居正討厭聽到正直的言論，每遇到科道員有空缺，都選擇才性便于利用、善于諂媚、迎逢的人授給，致使正當?shù)难哉撀牪坏搅?，小人得志。從現(xiàn)在開始考察、選任官吏時，陛下應(yīng)該嚴厲告誡有關(guān)部門，不要重蹈故轍。自從與俺答互市以后，邊備松弛。三軍的月餉，克扣一半以充市場賞賜，又克扣另一半給達官要人，士兵沒有隔夜的糧，怎么能抵御邊寇呢？來自遼東的戰(zhàn)功，尤其到了令人驚異的程度。軍隊的聲譽日益振奮，而人口天天比過去有所減少。奏報失實，升遷出格，賞罰無章，何以能衛(wèi)國？”奏疏上傳后，皇上把它下到都察院。

　　先前，張居正對其子有私心，其他輔臣呂調(diào)陽兒子興周，張四維兒子泰征、甲征，申行時兒子用懋，都相繼舉進士。甲征、用懋即將廷試，魏允貞的上疏剛好送上。張四維大怒，說：“臣在政府做事，沒有什么不應(yīng)當聽說的。因為前人行私，就不讓臣過問吏、兵二部事，這不是制度。”因而為他兒子辯誣，而且乞求告老回鄉(xiāng)。申時行也上疏爭辯，皇上一同安慰挽留，責備魏允貞言詞過當。戶部員外郎李三才上奏認為魏允貞是對的，他倆一同被貶官調(diào)出京城。魏允貞得到許州判官。給事中、御史周邦杰、趙卿等上疏申說救助，皇上一概不予接納。魏允貞雖然被貶，但從此輔臣當權(quán)時，其子沒有再登進士的。過了很久，逐級升到右通政使。

　　萬歷二十一年(1593)以右僉都御史巡撫山西。魏允貞平素剛正、果斷、清廉、脫俗。因為山西地瘠民貧，力主裁減幕府的每歲上供和州縣的冗費，用這樣節(jié)約的萬余銀錢修治亭障，修建烽火臺，購置器具、馬匹以換取糧食。又上奏請求免除平陽站每歲的定額銀八萬，用山西省郵傳節(jié)余的費用來補充。雁門、平定軍因為逃避屯田糧稅而逃跑，魏允貞上奏免除兩軍的地租，下令恢復(fù)開墾。岢嵐互市，省撫賞給銀錢六萬。汾州有兩個郡王，管理人員與軍民雜處，知州職位太低不能制服，魏允貞奏請改為府。自從互市后，邊政廢弛，魏允貞看到了要害，修筑邊墻萬余丈。聲名大振，皇上數(shù)次嘉獎他的才能。恰好下詔讓宦官張忠在山西采礦，魏允貞上疏極力主張不可，皇上沒有答復(fù)他。不久，西河王知燧請求開鑿解州、安邑、絳縣的礦產(chǎn)，以儀賓督促有關(guān)事宜。指揮王守信請求開鑿平定、稷山各礦山?；实鄱寂鷱?fù)同意。魏允貞恐怕老百姓受到更多的干擾，請求命令讓張忠一個人管理，皇上也不同意。

　　三殿受災(zāi)，皇上下詔懇求大臣講實話。魏允貞認為過錯在于輔臣，歷數(shù)趙志皋、張位的罪行。并且說：“這二個人在二月加了恩寵，過了一個月兩宮發(fā)生災(zāi)亂。今年又加恩，三殿又受災(zāi)，天意??！”張位極力為自己辯解，請求罷官?；噬习参?，予以挽留，責備魏允貞是邊臣不當議論朝政，因為屢被推舉不被任用，遂放肆亂言，被停發(fā)俸祿五個月。不久，魏允貞上疏推舉被人忽視的賢明人士，請召回王家屏、陳有年、沈鯉、李世達、王汝訓(xùn)和小官史孟麟、張棟、萬國欽、馬經(jīng)綸、顧憲成、趙南星、鄒元標等，上疏被留在禁中。過了很久，他才按程序提拔為右副都御史。

　　萬歷二十八年(1600)春天，上疏陳明時政的過失，說：“從地方考察選取的各位臣僚，幾經(jīng)論辯、推薦，皇上還是沒有輕意地授予一官。那個魯坤、馬堂、高淮、孫朝之輩，做了什么事，推舉了什么人，皇上讓他們擁有權(quán)力橫行朝中，生殺予奪，全由他們一句話。朝廷大臣所陳明的都是國家大計，一切擱置閣中，不予實行，更有甚者被嚴加責備。那些監(jiān)稅之徒，都是無賴小人，為老百姓所不齒，卻早晨上奏，晚上得到批復(fù)，如聲音與回音一樣相隨。我百思不得其解。小官吏下鄉(xiāng)，民間仍被干擾，更何況官役四出，如虎若狼，老百姓傾家蕩產(chǎn)、家破人亡。如吳寶秀、華鈺等人，就慘到極點，可陛下沒有一點念及到他們。錢糧的出入，上下拖延，還有很多弊病。這些人大權(quán)在握，動輒數(shù)萬。有關(guān)官吏不敢過問，撫按也不敢上報。難道沒有吸民脂民膏而自己發(fā)財?shù)膯?？可陛下也沒有一點察覺。黃金取于云南，不滿足不停止索取。珍珠取自大海，不弄完不停止。錦緞取于蘇杭，不到極端奇巧不停止。元老聽任他們閑置，而正直的大臣幾乎全被永遠禁止參予朝政，陛下愛賢明的人士，還不如愛珠玉錦緞?！鄙鲜枳嗌?，皇上也不理會。

　　起先，張忠因開礦到山西，后來孫朝也來收稅，責備、哀求的呼聲來自四方，魏允貞每次予以裁定、抑制。恰好張忠打死太平典史武三杰，孫朝的使者逼死建雄縣丞李逢春，魏允貞上疏揭露他們的罪行。孫朝發(fā)怒，彈劾魏允貞違抗命令、肆意阻撓。皇上將魏允貞的奏疏留下，而把孫朝的奏疏下到部院。吏部尚書李戴、都御史溫純等極力稱贊魏允貞的賢明，請求將魏允貞的奏疏下到部院進行評議?；噬习阉麄兊囊庖姸剂粝铝恕Ｉ轿鬈娒駭?shù)千人怕魏允貞離去，相繼到京城喊冤，兩京的御史也連連上奏救援?；噬嫌谑菍蓚€人都不問罪。第二年，張忠因為夏縣知縣袁應(yīng)春對他不禮貌，彈劾，并要求貶他的官。魏允貞請求留任袁應(yīng)春，皇上不答應(yīng)。

　　魏允貞的父親年已九十多，魏允貞年年乞求侍養(yǎng)，奏章上了二十回。朝廷大臣認為皇上特使為害百姓，不是魏允貞不能制服，所以留任了他。這一年五月魏允貞的要求更堅決，才讓他回家鄉(xiāng)。官吏、百姓為他立祠。不久，朝廷的視察人員上奏魏允貞守邊疆的功勞，在家提升為兵部右侍郎。很快他就去世了。天啟初年，追封謚號為介肅。