余懋衡，字持國(guó)，江西婺源人。萬(wàn)歷二十年(1592)中進(jìn)士，授職永新知縣。升為御史，當(dāng)時(shí)因?yàn)樾藿ù蟮?，礦稅使被派往各地，驕橫異常。余懋衡上奏說(shuō)：“與其騷擾平民，榷稅至于雞豬，還不如明明白白告訴天下人，稍為增加田賦，共同贊助大殿工程?，F(xiàn)在避開(kāi)增加賦稅的名聲，實(shí)際上是竭澤而漁的辦法，這樣的害處比增加賦稅要大十倍。”違背圣旨，余懋衡被停發(fā)俸祿一年。

　　巡按陜西，稅監(jiān)梁永將私人財(cái)產(chǎn)運(yùn)到畿輔，役使人馬甚眾。余懋衡上奏彈劾他，梁永恨得要命，唆使其幫兇樂(lè)綱賄賂廚師想毒死余懋衡。兩次中毒，余懋衡都沒(méi)死，拷問(wèn)廚師，獲取樂(lè)綱給予的賄賂和剩下的毒藥，于是，上疏極力彈劾梁永，御史官也爭(zhēng)相彈劾梁永，皇上都不訊問(wèn)。梁永害怕軍民為難他，召進(jìn)一些亡命之徒自衛(wèi)。御史王基洪聲言梁永一定會(huì)造反，將梁永殺掠官吏、百姓的事一一陳上。巡撫顧其志為梁永隱諱，梁永于是為自己辯護(hù)?；实蹜岩捎氛f(shuō)的不是實(shí)話?？上虒帯㈤L(zhǎng)安二個(gè)知縣與梁永的對(duì)立更加厲害。梁永黨徒王九功等多私人武裝，怕被有關(guān)官吏察覺(jué)，托詞說(shuō)是梁永調(diào)遣，拉幫結(jié)伙乘馬馳走?？h吏在華陰追上他們，相互之間發(fā)生戰(zhàn)斗，不久都被抓住，余懋衡于是以謀反之罪控告梁永。梁永很害怕，他的爪牙也逃散了，只有樂(lè)綱還在，他教梁永誣告咸寧知縣朝薦，朝薦被逮捕。梁永不久也被撤回京城，關(guān)中才安寧下來(lái)。余懋衡不久后因家人去世回到家鄉(xiāng)。后被起用掌管河南道。升為大理右寺丞，聲稱有病歸家。

　　天啟元年(1621)他又被起用為大理左少卿，官至右僉都御史，與尚書(shū)張世經(jīng)共同管理京城軍隊(duì)政事。又任右副都御史，改做兵部右侍郎，都是管理軍隊(duì)。三年八月朝官推舉南京吏部尚書(shū)，李三才為第一人選，余懋衡為第二人選；推舉吏部左侍郎，以馮從吾為第一人選，以曹于汴為第二人選?；噬隙加玫诙诉x。大學(xué)士葉向高等極力認(rèn)為不行，皇上不聽(tīng)。余懋衡、曹于汴也認(rèn)為自己資歷不及李三才等，極力推辭新的任命，聲稱有病回到家鄉(xiāng)。

　　第二年十月，余懋衡又被授予前職。他看到宦官勢(shì)力正大，堅(jiān)決不肯就任。不久奸臣張納肆意詆毀講學(xué)各位大臣，其中以余懋衡、馮從吾和孫慎行為首，于是，余懋衡等被削職。崇禎初年，方又官?gòu)?fù)原職。